EEG ANALYSIS :

La cepa R. sp. LPU83 contiene cuatro replicones con un tamaño total de 7,63 Mpb con un contenido GC de 59.64 %. El cromosoma de la misma posee un tamaño de 4195305 pb, que codifica para 4150 marcos de lectura abiertos (ORFs, del inglés Open Reading Frames) (densidad genética de 0,99 genes por Kpb) y un contenido GC de 60,19 %. El plásmido pLPU83c, de 1,92 Mpb, codifica para 2008 ORFs (densidad genética de 1,05 genes por Kpb) y tiene un contenido GC menor al del cromosoma, de 59,16 %. Los scaffolds del plásmido simbiótico, pLPU83b, tienen un contenido GC de 58,64 %; dicho replicón tiene un tamaño aproximado de 1,37 Mpb y codifica para 1567 ORFs, revelando una densidad genética levemente superior a las previamente mencionadas (1,14 genes por Kpb). Por último, el plásmido pLPU83a, de 151,68 Kpb, tiene un contenido GC de 59,65 % y codifica para 174 ORFs, con una densidad genética similar al pLPU83b (1,14 genes por Kpb) (Tabla IV.1). En las Figuras IV.3, IV.4 y IV.5 pueden observarse los esquemas del cromosoma circular, pLPU83c y pLPU83a, respectivamente.

En el genoma de R. sp. LPU83 se encuentran tres operones de ARNr, todos ubicados en el cromosoma, y 52 ARNt, de los cuales solamente uno no se encuentra en del cromosoma y se halla en el plásmido pLPU83c. Al analizar el diagrama del cromosoma (Figura IV.3) se observan regiones donde el contenido GC está por debajo del promedio, tres de esas regiones coinciden con la presencia de fagos integrados en R. sp. LPU83 (Figura IV.3, señalado con flechas rojas).

Un análisis comúnmente realizado en los genomas bacterianos es analizar la diferencia de contenido de G entre las dos hebras (GC-skew). En general, al analizar la composición de bases de una de las hebras de ADN en los cromosomas se observa una distribución no aleatoria, donde suelen acumularse G en la hebra líder de la replicación. El GC-skew se

Figura IV.3. Esquema del cromosoma de R. sp. LPU83. El cromosoma de R. sp. LPU83 tiene un tamaño 

de 4,19 Mpb. Referencias de los círculos del exterior al interior: ORFs en la hebra directa (5’ a 3’ en 

sentido horario); ORFs en la hebra complementaria; distribución de ARNt (barras negras); esquema del 

contenido GC; GC‐skew. Los ORFs se encuentran coloreados de acuerdo a su COGs y según las 

referencias en la figura. Las flechas rojas indican el lugar de los fagos integrados. Las flechas negras 

calcula como (G-C)/(G+C) de una cantidad de nucleótidos (ventana) de la hebra estudiada, y proporciona un porcentaje del exceso de G sobre C. Este cálculo se realiza a lo largo de una de las hebras de la molécula de ADN. Es por esto que en la región donde la hebra líder de la replicación es la hebra estudiada, la cantidad de G suele ser mayor que la de C, y así el valor de GC-skew es positivo, mientras que cuando la hebra estudiada es la hebra retrasada, se acumulan C y el valor de GC-skew se vuelve negativo. El GC-skew permite determinar rápidamente cuáles serían los sitios de origen y terminación de la replicación en los cromosomas bacterianos, mientras que este hecho no prevalece en arqueas. El GC-skew se encuentra sujeto a cambios que tienden a la acumulación de G en la hebra líder con el paso del tiempo, por lo que rearreglos recientes en la estructura del ADN pueden ser detectados de acuerdo a los patrones obtenidos (Lobry, 1996; Bentley & Parkhill, 2004). En las Figuras IV.3, IV.4 y IV.5 se observa el GC-skew para los replicones de la cepa R. sp. LPU83. En el cromosoma se pueden observar los supuestos sitios de inicio y terminación de la replicación, donde cambia en la representación el signo de este indicador (sitios indicados

Figura IV.4. Mapa físico del megaplásmido pLPU83c. El plásmido pLPU83c tiene un tamaño de 1,92 

Mpb. Referencias de los círculos del exterior al interior: ORFs en la hebra directa (5’ a 3’ en sentido 

horario); ORFs  en  la  hebra  complementaria;  distribución de ARNt (barras  negras); esquema  del 

contenido GC; GC‐skew. Los ORFs se encuentran coloreados de acuerdo a su COGs y según las 

con flechas negras). Los genes parAB-gidB se ubican próximos al sitio de inicio de la replicación indicados por el análisis GC-skew en R. sp. LPU83. Si miramos con detenimiento el sitio de terminación de la replicación se puede observar que no se encuentra situado simétricamente, por lo cual podríamos estar en presencia de algún tipo de rearreglo reciente. De manera similar a lo descripto en los plásmidos de R. etli CFN42 (González, et al., 2006), en los plásmidos de R. sp. LPU83 no se detecta un GC-skew considerable.

Se ha evidenciado que en los replicones de una misma cepa pueden existir grandes duplicaciones de secuencias (Stiens, et al., 2006). Con el fin de determinar si la cepa R. sp. LPU83 presentaba este tipo de rearreglos evaluamos la presencia de grandes secuencias repetitivas en el genoma. Luego de realizar dicho análisis no hemos logrado identificar tales repeticiones entre los replicones, y sólo hemos detectado pequeñas regiones menores a 4 Kpb, entre ellas, algunas transposasas.

Figura IV.5. Esquema del plásmido pLPU83a. El plásmido pLPU83a tiene un tamaño de 151,68 Kpb. 

Referencias de los círculos del exterior al interior: ORFs en la hebra directa (5’ a 3’ en sentido horario); 

ORFs en la hebra complementaria; Esquema del contenido GC; GC‐skew. Los ORFs se encuentran 

coloreados de acuerdo a su COGs y según las referencias en la figura. Se detalla la posición de los genes 

Tabla IV.1. Análisis general del genoma de R. sp. LPU83. 

IV.3.a. Funciones asociadas a los diferentes replicones. Distribución de