Modified PpiB-PRPG

In document Translational Incorporation of Unsaturated Amino Acids (Page 164-169)

Iodine (7.9 mM, 8.0 µL) in a 50% solution of THF was added to PpiB-PRPG substituted with

(S)-4,5-dehydroleucine (2) (28 µM, 75 µL). The resulting solution was gently mixed and

incubated for 10 min at 4 °C, before it was lyophilized. A solution of TFA (0.1%, 200 µL) was

then added followed by centrifugation at 5000 x g for 2 min at 4 °C. The colourless

supernatant was subjected to reverse-phase HPLC (Waters Symmetry 300 C18 150 x 4.6 mm,

5 µm) using a gradient mobile phase of 0.1% TFA in H2O/MeCN (100:0) to (0:100) over 30

min at a flow rate of 1 mL min-1. The peak collected at t

R =13.2 min was then subjected to LC-

MS (Waters Symmetry C8 150 x 4.6 mm, 5 µm) using a gradient mobile phase of 0.1% formic

(30:70) 24 min ! (95:5) 25 min at a flow rate of 0.30 mL min-1. LC t

R =14.8 min. MS (40 eV):

m/z (%): 531 (21) [+7H+], 620 (100) [+6H+], 744 (18) [+5H+], 930 (6) [+4H+]. From the standard

curve, 0.34 nmol of PRPG had been produced indicating a ca. 16% conversion. This was

corrected by densitometric analysis with ImageJ for only full-length protein to give a

conversion of ca. 38%.

4.6

References

[1] R. Lax, PharmManufact. Int. Pept. Rev. 2010, 10-15.

[2] T. K. Uhlig, Themis; Martinelli, Fillippo Giancarlo; Oppicim Carlo Alberto; Heiligers, Dave; Hills, Diederik; Calvo, Xavier Ribes; Verhaert, P., EuPA Open Proteomics 2014, 4, 58-69.

[3] Chem. Eng. News 2005, 83, 17-24.

[4] S. Cavalli, F. Albericio, A. Kros, Chem. Soc. Rev. 2010, 39, 241-263.

[5] J. B. Matson, R. H. Zha, S. I. Stupp, Curr. Opin. Solid State Mat. Sci. 2011, 15, 225-235. [6] J. Howl, Peptide synthesis and applications, Vol. 298, Humana Press, Totowa, N.J., 2005. [7] V. R. Pattabiraman, J. W. Bode, Nature 2011, 480, 471-479.

[8] P. Thapa, R.-Y. Zhang, V. Menon, J.-P. Bingham, Molecules 2014, 19, 14461-14483.

[9] P. t Hart, L. H. J. Kleijn, G. de Bruin, S. F. Oppedijk, J. Kemmink, N. I. Martin, Org. Biomol. Chem. 2014, 12, 913-918.

[10] R. Maharani, R. T. C. Brownlee, A. B. Hughes, B. M. Abbott, Tetrahedron 2014, 70, 2351-2358. [11] V. R. Pattabiraman, S. M. K. McKinnie, J. C. Vederas, Angew. Chem., Int. Ed. 2008, 47, 9472-

9475.

[12] P. M. Levine, T. W. Craven, R. Bonneau, K. Kirshenbaum, Org. Biomol. Chem. 2013, 11, 4142- 4146.

[13] M. A. Brimble, P. J. Edwards, P. W. R. Harris, G. E. Norris, M. L. Patchett, T. H. Wright, S.-H. Yang, S. E. Carley, Chem. - Eur. J. 2015, 21, 3556-3561.

[14] B. Dang, T. Kubota, A. M. Correa, F. Bezanilla, S. B. H. Kent, Angew. Chem., Int. Ed. 2014, 53, 8970-8974.

[15] K. Yazawa, K. Numata, Molecules 2014, 19, 13755-13774.

[16] J. K. Klint, S. Senff, N. J. Saez, R. Seshadri, H. Y. Lau, N. S. Bende, E. A. B. Undheim, L. D. Rash, M. Mobli, G. F. King, PLoS One 2013, 8, e63865.

[17] B. Bommarius, H. Jenssen, M. Elliot, J. Kindrachuk, M. Pasupuleti, H. Gieren, K.-E. Jaeger, R. E. W. Hancock, D. Kalmari, Peptides 2010, 31, 1957-1965.

[18] R. Wetzel, D. V. Goeddel, Peptides 1983, 5, 1-64.

[19] G. Hannig, S. C. Makrides, Trends Biotechnol. 1998, 16, 54-60. [20] F. A. O. Marston, Biochem. J. 1986, 240, 1-12.

[21] G. Wang, Pharmaceuticals 2014, 7, 545-594, 550.

!

113

[24] H. Peng, M. Yang, W.-S. Huang, J. Ding, H.-D. Qu, J.-J. Cai, N. Zhang, K.-J. Wang, Protein Expression Purif. 2010, 70, 109-115.

[25] P. Amparyup, H. Kondo, I. Hirono, T. Aoki, A. Tassanakajon, Mol. Immunol. 2008, 45, 1085- 1093.

[26] A. S. Spirin, V. I. Baranov, L. A. Ryabova, S. Y. Ovodov, Y. B. Alakhov, Science 1988, 242, 1162- 1164.

[27] A. A. Vassilevski, S. A. Kozlov, E. V. Grishin, Recent Pat. Inflammation Allergy Drug Discovery

2008, 2, 58-63.

[28] E. R. LaVallie, E. A. DiBlasio, S. Kovacic, K. L. Grant, P. F. Schendel, J. M. McCoy,

Biotechnology 1993, 11, 187-193.

[29] E. R. La Vallie, Z. Lu, E. A. Diblasio-Smith, L. A. Collins-Racie, J. M. McCoy, Methods Enzymol.

2000, 326, 322-340.

[30] J. H. Lee, J. H. Kim, S. W. Hwang, W. J. Lee, H. K. Yoon, H. S. Lee, S. S. Hong, Biochem. Biophys. Res. Commun. 2000, 277, 575-580.

[31] V. Vidovic, L. Prongidi-Fix, B. Bechinger, S. Werten, J. Pept. Sci. 2009, 15, 278-284. [32] A. Kuliopulos, C. T. Walsh, J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 4599-4607.

[33] S. H. Shen, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1984, 81, 4627-4631. [34] M. Lennick, J. R. Haynes, S. H. Shen, Gene 1987, 61, 103-112.

[35] J. H. Lee, M. S. Kim, J. H. Cho, S. C. Kim, Appl. Microbiol. Biotechnol. 2002, 58, 790-796. [36] A. Radzicka, R. Wolfenden, J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 6105-6109.

[37] R. M. Smith, D. E. Hansen, J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 8910-8913.

[38] T. W. Greene, P. G. M. Wuts, Protective Groups in Organic Synthesis. 2nd Ed, John Wiley and Sons, Inc., 1991.

[39] F. B. Perler, E. O. Davis, G. E. Dean, F. S. Gimble, W. E. Jack, N. Neff, C. J. Noren, J. Thorner, M. Belfort, Nucleic Acids Res. 1994, 22, 1125-1127.

[40] M.-Q. Xu, T. C. Evans, Jr., Methods Mol. Biol. (N. Y., NY, U. S.) 2003, 205, 43-68. [41] M. Wellhöfer, W. Sprinzl, R. Hahn, A. Jungbauer, J. Chromatogr. A 2013, 1304, 92-100.

[42] C. Achmueller, W. Kaar, K. Ahrer, P. Wechner, R. Hahn, F. Werther, H. Schmidinger, M. Cserjan-Puschmann, F. Clementschitsch, G. Striedner, K. Bayer, A. Jungbauer, B. Auer, Nat. Methods 2007, 4, 1037-1043.

[43] R. S. Esipov, M. A. Kostromina, Appl. Biochem. Biotechnol. 2015, 175, 2468-2488.

[44] P. L. Starokadomskyy, O. V. Okunev, D. M. Irodov, V. A. Kordium, Molecular Biology 2008, 42, 966-972.

[45] R. S. Esipov, V. N. Stepanenko, A. I. Gurevich, L. A. Chupova, A. I. Miroshnikov, Protein Pept. Lett. 2006, 13, 343-347.

[46] R. S. Esipov, V. N. Stepanenko, L. A. Chupova, U. A. Boyarskikh, M. L. Filipenko, A. I. Miroshnikov, Protein Expression Purif. 2008, 61, 1-6.

[47] M. A. Kostromina, R. S. Esipov, A. I. Miroshnikov, Bioorg. Khim. 2012, 38, 166-176.

[48] Y. Q. Chen, S. Q. Zhang, B. C. Li, W. Qiu, B. Jiao, J. Zhang, Z. Y. Diao, Protein Expression Purif.

2008, 57, 303-311.

[49] I. Hong, Y.-S. Kim, S.-G. Choi, J. Microbiol. Biotechnol. 2010, 20, 350-355. [50] B. Keil, Specificity of Proteolysis, Springer Berlin Heidelberg, 1992. [51] E. Flaschel, K. Friehs, Biotechnol. Adv. 1993, 11, 31-77.

[53] L. Beaulieu, D. Tolkatchev, J.-F. Jette, D. Groleau, M. Subirade, Can. J. Microbiol. 2007, 53, 1246-1258.

[54] Q.-F. Zhou, X.-G. Luo, L. Ye, T. Xi, Curr. Microbiol. 2007, 54, 366-370. [55] K. L. Piers, M. H. Brown, R. E. W. Hancock, Gene 1993, 134, 7-13.

[56] X.-J. Feng, J.-H. Wang, A.-S. Shan, D. Teng, Y.-L. Yang, Y. Yao, G.-P. Yang, Y.-C Shao, S. Liu, F. Zhang, Protein Expression Purif. 2006, 47, 110-117.

[57] S. Nallamsetty, R. B. Kapust, J. Toezser, S. Cherry, J. E. Tropea, T. D. Copeland, D. S. Waugh,

Protein Expression Purif. 2004, 38, 108-115.

[58] M. Satakarni, R. Curtis, Protein Expression Purif. 2011, 78, 113-119.

[59] C. T. Walsh, S. Garneau-Tsodikova, G. J. Gatto, Jr., Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 7342-7372. [60] A. Korepanova, J. D. Moore, H. B. Nguyen, Y. Hua, T. A. Cross, F. Gao, Protein Expression

Purif. 2007, 53, 24-30.

[61] R. B. Mackin, M. H. Choquette, Protein Expression Purif. 2003, 27, 210-219. [62] M. Pazgier, J. Lubkowski, Protein Expression Purif. 2006, 49, 1-8.

[63] H. Zhang, M. Li, S. Shi, C. Yin, S. Jia, Z. Wang, Y. Liu, Protein J. 2014, 33, 157-164. [64] K. Tani, B. M. Stoltz, Nature 2006, 441, 731-734.

[65] L.-M. Dutca, K.-S. Ko, N. L. Pohl, N. M. Kostić, Inorg. Chem. 2005, 44, 5141-5146. [66] N. M. Milovic, L.-M. Dutca, N. M. Kostić, Chem. - Eur. J. 2003, 9, 5097-5106. [67] L. Zhu, L. Qin, T. N. Parac, N. M. Kostić, J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 5218-5224.

[68] F. Miskevich, A. Davis, P. Leeprapaiwong, V. Giganti, N. M. Kostić, L. A. Angel, J. Inorg. Biochem. 2011, 105, 675-683.

[69] E. Kopera, A. Belczyk-Ciesielska, W. Bal, PLoS One 2012, 7, e36350.

[70] A. M. Protas, H. H. N. Ariani, A. Bonna, A. Polkowska-Nowakowska, J. Poznanski, W. Bal, J. Inorg. Biochem. 2013, 127, 99-106.

[71] C. V. Kumar, A. Buranaprapuk, A. Cho, A. Chaudhari, Chem. Commun. 2000, 597-598.

[72] K. Stroobants, P. H. Ho, E. Moelants, P. Proost, T. N. Parac-Vogt, J. Inorg. Biochem. 2014, 136, 73-80.

[73] K. Stroobants, E. Moelants, H. G. T. Ly, P. Proost, K. Bartik, T. N. Parac-Vogt, Chem. - Eur. J.

2013, 19, 2848-2858.

[74] M. R. Ermacora, J. M. Delfino, B. Cuenoud, A. Schepartz, R. O. Fox, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1992, 89, 6383-6387.

[75] T. M. Rana, C. F. Meares, J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 2457-2458.

[76] T. M. Rana, C. F. Meares, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1991, 88, 10578-10582. [77] A. Schepartz, B. Cuenoud, J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 3247-3249.

[78] E. L. Hegg, J. N. Burstyn, J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 7015-7016. [79] D. Hoyer, H. Cho, P. G. Schultz, J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 3249-3250.

[80] Y. Seki, K. Tanabe, D. Sasaki, Y. Sohma, K. Oisaki, M. Kanai, Angew. Chem., Int. Ed. 2014, 53, 6501-6505.

[81] S. H. Yoo, B. J. Lee, H. Kim, J. Suh, J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 9593-9602.

[82] D. P. Humphreys, L. M. King, S. M. West, A. P. Chapman, M. Sehdev, M. W. Redden, D. J. Glover, B. J. Smith, P. E. Stephens, Protein Eng. 2000, 13, 201-206.

!

115

[85] H.-B. Park, S.-H. Pyo, S.-S. Hong, J.-H. Kim, Biotechnol. Lett. 2001, 23, 637-641.

[86] J. Hu, H. Qin, M. Sharma, T. A. Cross, F. P. Gao, Biochim. Biophys. Acta 2008, 1778, 1060-1066. [87] L. Zhou, Z. Zhao, B. Li, Y. Cai, S. Zhang, Protein Expression Purif. 2009, 64, 225-230.

[88] P. R. Szoka, A. B. Schreiber, H. Chan, J. Murthy, DNA 1986, 5, 11-20.

[89] R. Ramos, S. Moreira, A. Rodrigues, M. Gama, L. Domingues, Biotechnol. Prog. 2013, 29, 17-22. [90] J. S. Huston, D. Levinson, M. Mudgett-Hunter, M. S. Tai, J. Novotny, M. N. Margolies, R. J.

Ridge, R. E. Bruccoleri, E. Haber, et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1988, 85, 5879-5883. [91] J. A. Knott, C. A. Sullivan, A. Weston, Eur. J. Biochem. 1988, 174, 405-410.

[92] S. Villa, G. De Fazio, S. Donini, G. Tarchi, U. Canosi, Eur. J. Biochem. 1988, 171, 137-141. [93] D. Huesken, T. Beckers, J. W. Engels, Eur. J. Biochem. 1990, 193, 387-394.

[94] W. D. Fairlie, A. D. Uboldi, S. D. P. De, G. J. Hemmings, N. A. Nicola, M. Baca, Protein Expression Purif. 2002, 26, 171-178.

[95] H. Dobeli, H. Andres, N. Breyer, N. Draeger, D. Sizmann, M. T. Zuber, B. Weinert, B. Wipf,

Protein Expression Purif. 1998, 12, 404-414.

[96] V. S. Skosyrev, E. A. Kulesskiy, A. V. Yakhnin, Y. V. Temirov, L. M. Vinokurov, Protein Expression Purif. 2003, 28, 350-356.

[97] J. Englander, L. Cohen, B. Arshava, R. Estephan, J. M. Becker, F. Naider, Biopolymers 2006, 84, 508-518.

[98] T.-J. Park, S.-S. Choi, G.-A. Gang, Y. Kim, Protein Expression Purif. 2008, 62, 139-145. [99] R. Kaiser, L. Metzka, Anal. Biochem. 1999, 266, 1-8.

[100] T. F. Spande, B. Witkop, Y. Degani, A. Patchornik, Advan. Protein Chem. 1970, 24, 97-260. [101] N. Izumiya, J. E. Francis, A. V. Robertsou, B. Witkop, J. Am. Chem. Soc. 1962, 84, 1702-1709. [102] L. K. Ramachandran, B. Witkop, Methods Enzymol. 1967, 11, 283-299.

[103] B. Wang, M. Lodder, J. Zhou, T. T. Baird, Jr., K. C. Brown, C. S. Craik, S. M. Hecht, J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 7402-7403.

[104] T. Baird, Jr., B. Wang, M. Lodder, S. M. Hecht, C. S. Craik, Tetrahedron 2000, 56, 9477-9485. [105] B. Wang, K. C. Brown, M. Lodder, C. S. Craik, S. M. Hecht, Biochemistry 2002, 41, 2805-2813. [106] L. K. Ramachandran, Chem. Rev. 1956, 56, 199-218.

[107] B. J. Edagwa, C. M. Taylor, J. Org. Chem. 2009, 74, 4132-4136. [108] J. Fillman, N. Albertson, J. Am. Chem. Soc. 1948, 70, 171-174.

[109] H. L. Goering, S. J. Cristol, K. Dittmer, J. Am. Chem. Soc. 1948, 70, 3310-3313. [110] D. K. Dutta, K. C. Lekhok, R. C. Boruah, J. S. Sandhu, Chem. Ind. 1991, 175. [111] S. Irifune, T. Kibayashi, Y. Ishii, M. Ogawa, Synthesis 1988, 366-369. [112] H. M. Weiss, J. Chem. Educ. 1995, 72, 848-849.

[113] P. J. Kropp, K. A. Daus, M. W. Tubergen, K. D. Kepler, V. P. Wilson, S. L. Craig, M. M. Baillargeon, G. W. Breton, J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 3071-3079.

[114] D. J. Stigers, Z. I. Watts, J. E. Hennessy, H. K. Kim, R. Martini, M. C. Taylor, K. Ozawa, J. W. Keillor, N. E. Dixon, C. J. Easton, Chem. Commun. 2011, 47, 1839-1841.

[115] I. N. Arthur, J. E. Hennessy, D. Padmakshan, D. J. Stigers, S. Lesturgez, S. A. Fraser, M. Liutkus, G. Otting, J. G. Oakeshott, C. J. Easton, Chem. - Eur. J. 2013, 19, 6824-6830.

5

In document Translational Incorporation of Unsaturated Amino Acids (Page 164-169)