Luis de León nació en Belmonte en 1527, fue miembro de una familia pudiente, de linaje. Su padre un abogado de renombre, en 1541 fue nombrado oidor de la Real Cancillería de Granada, dejando a Luis en Valladolid para que concluyera sus estudios. En 1542 Fray Luis es enviado a Salamanca para que estudiase derecho. En 1543 entró como novicio al convento de San Pedro, de la orden San Agustín. No le importó dejar el renombre, la
posición económica con la que contaba o los frutos que su carrera podían dejar a lo largo de su vida laboral. En 1544 pronunció los votos. En 1550 enseñó teología en el convento, en 1556 permaneció en el convento de Soria por seis meses; se matriculó en la universidad de Alcalá de Henares en octubre del mismo año. Continuó los cursos de la Biblia a cargo del profesor fray Cipriano de la Huerga, quien fuese considerado un maestro por Fray Luis de León. Obtuvo el grado de bachiller en 1557. El 7 de mayo de 1560 obtuvo el grado de licenciado en Teología, y el 30 de octubre de maestro. En esa misma fecha se llamó a concurso para la cátedra de la Biblia, por cuatro años, Luis de León quedó en tercer lugar, sobre un total de ocho candidatos; quedando victorioso Gaspar de Grajal. En 1561 Fray Luis de León escribió su primera prosa: La traducción y comentario del cantar de los cantares. Dicha traducción lo hizo, por pedido de la monja carmelita Isabel Osorio que desconocía el latín y no podía valerse por la Vulgata (versión latina de la Biblia que San Jerónimo preparó en el siglo IV, que desde entonces fue un texto de la iglesia).Alguien encontró el manuscrito, se cree que era el joven que limpiaba la celda de Isabel, sacó una copia y la hizo circular, sin autorización del propio autor pese a su prohibición, las copias circularon por toda América Latina, hecho que los enemigos aprovecharon para perjudicarlo.
Fray Luis solía ser impulsivo ante cualquier injusticia en especial al defender sus ideas u opiniones, sin preocuparse de las consecuencias que podría traer dicha actitud. Es en una disputa por la cátedra en la universidad donde se manifiesta tal carácter. Llenándose de enemigo en especial los dominicos y jerónimos.
En 1561 quedó libre una plaza para comentar la doctrina de Santo Tomás de Aquino y se dio origen a una gran competencia en el cual Fray Luis participa y gana. En 1565 se enfrentó a su antiguo rival de 1561 y obtuvo la cátedra de Durando, aquella dedicada a la explicación y exposición de las doctrinas de Durand. Los estudios bíblicos fueron cobrando importancia y se genera cierta disputa para ver qué libro debía tomarse como base, lo que causó la división de la universidad en dos bandos; algunos sostenían que sólo se debía trabajar con la Vulgata y los progresistas, que el único texto inspirado por el Espíritu Santo era el hebreo y por lo tanto se tenía que usar aquel. Debido a tal situación Luis de León consiguió más enemigos. 1569, año en el que todo empeoró, Se formó una comisión de teólogos en Salamanca para corregir una edición de la Biblia, Saliendo a relucir los dos bandos, de los nueve integrantes fue Fray Luis y su amigo Grajal y Martín Martínez, quienes encabezaron la línea progresista; los demás a la cabeza de León de Castro se ubicaban en la línea conservadora. Castro era un hombre terco, pedante y obstinado que no aceptaba ideas diferentes a la suya, repudiaba a los que llamaba judaizantes y amigos de las novedades; Se empleaba el término judaizantes para aquellos judíos que fueron convertidos falsamente al cristianismo y continuaban practicando su religión. Por ello para Castro, solo aquel que era judío podía preferir el texto en hebreo. Los enfrentamientos de mayor intensidad se dieron entre Fray Luis y Castro, quien estaba despechado y buscaba venganza a toda costa. Otro era el padre Bartolomé Medina, quien había sufrido varias derrotas por parte de Fray Luis y al igual que Castro no dejaría pasar la oportunidad para vengarse. Todo comenzó con interrogatorios hacia los estudiantes, para averiguar sus actitudes y conversaciones.
Ser profesor se había vuelto angustioso, pero Fray Luis continuaba con su cátedra, incluso sin perder popularidad entre sus estudiantes quienes acudían a sus clases por su estilo escolástico, brillante y dialéctico, el cual le había dado un papel preponderante en la universidad. En julio de 1571 los enemigos de Fray Luis habían logrado reunir material para la acusación de ―diecisiete proposiciones sospechosas, sostenidas por personas de Salamanca‖, fue Medina quien entregó la acusación a sus superior y más tarde llegaría a la inquisición. Medina acusó a fray Luis de León, Grajal y Martínez, cuando fue llamado a declarar como autores de las proposiciones. Siendo todos arrestados en 1572 y conducidos a la cárcel de Valladolid. Luis fue acusado de traducir el Cantar de los cantares, no respetar las interpretaciones bíblicas de los santos, desautorizar a la Vulgata, de ser afecto a ―las novedades‖. Las acusaciones ocupaban una lista larga, ya que todos sus enemigos habían aprovechado para acusarlo. Incluso se le reprochó por su origen hebreo, su bisabuela paterna era una judía conversa), en el siglo XVI era una acusación grave ya que tener sangre judía, significaba un verdadero problema, que inhabilitaba ejercer cualquier cargo civil o eclesiástico, la desconfianza que existía hacia los ―cristianos nuevos‖ era por los llamados ―judaizantes‖; la mayoría de los familiares de Fray Luis fueron castigados por la inquisición por tal motivo. Y en el proceso él declaró que su familia era de cristianos viejos, pudo ser una mentira como también desconocimiento de su linaje judío, ya que muchas familias preferían ocultar ese detalle.
El juicio fue dilatado sin razón alguna. La vida que le tocó vivir a fray Luis de León en la cárcel fue muy dura, pero lo que más le aquejaba era no poder recibir los sacramentos e incluso suplicó que le enviaran a un convento para morir como cristiano y no como un infiel. En 1575 murió su amigo Grajal. Pese a tantas carencias y vicisitudes, la producción
Luis se mantuvieron, escribió un comentario latino al salmo 26; contextualizando el texto a su propia vivencia, ese mismo tiempo imitó a Petrarca con su poesía que comienza con ―Virgen que el sol más pura‖, por ello no cabe duda que el poeta atravesó penurias. Realizó un comentario a Job, y se asume que fue incluso antes De los nombres de Cristo. El 7 de diciembre el Tribunal Supremo de Madrid se anuló la sentencia de fray Luis y se ordenó su libertad, con la condición que desde ese momento tendría que ser prudente y moderado de como mire o trate las cosas. Descansó unos días y volvió a la universidad de Salamanca para reclamar su cátedra, donde tuvo una entrada triunfal, muchos lo saludaron y recibieron de forma calurosa. Mientras estuvo encarcelado se publicó la plaza y se realizó un concurso para ocuparla, Medina había ganado dicha cátedra pero luego la dejó, ocupando su lugar el padre García del Castillo. Cuando Fray Luis retornó, renunció y pidió que se le asignara otra. Se creó una cátedra para él solo, el único que se opuso fue Medina.
El 29 de enero de 1577 retomó su cátedra, muchos ansiosos de participar en su cátedra, asistieron; aunque algunos solo por curiosidad, otros buscando algún pretexto para acusarlo de nuevo. Pero fray Luis fue con el único propósito de dictar su clase sin darles el gusto a sus detractores; luego de casi cinco años comenzó la lección con una frase muy recordada ―Dicebamus hesterna die… (Como decíamos ayer)‖
En 1578 fue designado miembro de la comisión por el papa Gregorio XIII, para que examinase el proyecto de la reforma del calendario. Ese mismo año en el mes de agosto aproximadamente, obtuvo la cátedra de Filosofía Moral. En 1579 se dispuso a concurso la cátedra de la Biblia, cátedra que Luis anhelaba y también la ganó. Muchos reclamaron pero todo salió a favor de fray Luis. Fue obligado a publicar todos sus escritos e incluso las que
le faltaban, en 1578. Ya en 1580 salió a la luz la explicación de del salmo 26 y la primera versión del Cantar de los cantares, fue la primera vez que un libro de Fray Luis había sido publicado. Fue denunciado ante el tribunal de la Inquisición, pero no llegó a más. Se vio acusado en un nuevo proceso de la inquisición cuando hubo un debate sobre los méritos alcanzados por Jesucristo durante su estancia en la tierra, aunque no fue preso la universidad vivió una gran agitación; sin perder seguidores y popularidad continuó con su vida laboral. Corrigió en 1583 dos obras: La perfecta casada y los dos primeros libros de De los nombres de Cristo. En 1585 fue publicado la segunda edición de De los nombres de Cristo. El consejo real le ordenó en 1587 que editara las obras de Santa Teresa de Jesús, fallecida hace cinco años atrás. También escribió una apología, contra los que se oponían a la publicación de los escritos de la santa. Fue a pedido de la emperatriz María de Austria (1528-1603), hermana de Felipe II y esposa de Maximiliano II; que publicó De la vida, muerte, virtudes y milagros de la santa madre Teresa de Jesús. Continuó creando conventos y en 1589 aproximadamente, fue la época de mayor felicidad para fray Luis de León ya que sus ideas estaban por encima de la Vulgata y tenían confirmación pontificia. En 1589 publicó diversos trabajos bíblicos en latín: comentarios al profeta Abdias, la epístola a Gálatas, y la tercera edición del Cantar de los cantares. Una enfermedad renal lo mantuvo en cama por temporadas largas, muy cansado ya con sesenta y dos años, enseñaba con mucha dificultad; por lo que se le concedió una licencia, hecho que no lo dejó postrado intelectualmente. Publicó en 1591 la Exposición del libro de Job. El 16 de julio, pese a contar con mucho malestar y mal de salud, retorno a clases en la universidad. En agosto, se iba a celebrar un capítulo provincial de la orden a la cual el asistió. Pero el viaje resquebrajó su estado de salud y tuvo un destino fatal. Falleció el 23 a medianoche.
A fray Luis de León no le importaba publicar sus obras, las sometía a una larga elaboración interior, razón por la cual después de su muerte muchas de sus obras quedaron inéditas. Quienes se encargaron de sus papeles, sumados a los incendios en 1589 y 1744, destruyeron parte del convento y se perdió gran cantidad de manuscritos. (Entenza de solare, 1967).