En el año 711, la conquista musulmana puso fin a la España visigótica y la Iglesia hubo de sufrir allí la dura suerte que le tocó también conocer en otras muchas regiones del mundo latino y oriental. En el siglo VII, que presenció la cristianización de todas las poblaciones establecidas en los territorios románicos de Occidente y el progreso de la penetración evangélica más allá de las antiguas fronteras europeas del Imperio, en ese mismo siglo nació en Oriente y se extendió con pasmosa rapidez una nueva religión, el Islam, que durante más de mil años había de hacer difícil la supervivencia de las iglesias en las tierras sometidas a su poder y constituiría una permanente amenaza para muchos pueblos cristianos.
El Islamismo tuvo por fundador a Mahoma (570-632), el Profeta de la nueva religión que predicó a sus seguidores la creencia en el Dios único –Allah–, de quien él habría recibido la revelación recogida en el Corán, el libro santo de los musulmanes. Mahoma se presentaba así como el último en la serie de los grandes profetas, en la que figuraban Abraham y Jesús, y habría sido escogido por Allah para transmitir a los hombres la plenitud de la Revelación divina. La historia del Islam tiene su comienzo oficial en la Hégira, la huida de Mahoma desde la Meca a Medina, el año 622 de la era cristiana que señala cronológicamente el inicio de la era islámica. Antes de la muerte de Mahoma, en 632, su doctrina había triunfado en su tierra natal, la península de Arabia. Después, bajo la dirección de los Califas, sucesores del Profeta, el Islam, por medio de la «guerra santa», se extendió a través del mundo con portentosa celeridad. Siria y Palestina cayeron en pocos años: Damasco fue tomada por los árabes el año 635 y Jerusalén, en 638. En 642, cuando se cumplían los diez años de la muerte de Mahoma, el Imperio sasánida de Persia, en el norte, y Egipto, al oeste, habían caído en manos de los árabes. Alejandría, la gran metrópoli del Mediterráneo oriental, hubo de capitular aquel mismo año. El empuje del Islam progresó en todas direcciones durante las décadas siguientes. La propia ciudad imperial de Constantinopla fue sitiada por los musulmanes, aunque logró rechazar los reiterados ataques. El avance a lo largo de la costa africana fue, en cambio, incontenible. Cartago cayó en el año 698 y, con ello, la totalidad del África bizantina se perdió para siempre. En el año 711, la batalla de Guadalete abría al invasor islámico la Península Ibérica, que fue conquistada en breves y fulgurantes campañas militares. La batalla de Poitiers (732), donde los musulmanes fueron vencidos por Carlos Martel, señala el momento de su más profunda penetración en el Occidente de Europa.
La expansión del Islam se realizó en gran parte por tierras cristianizadas y tuvo una honda repercusión en la vida de las iglesias y de los fieles que quedaron sometidos al poderío musulmán. Ya se sabe que los sentimientos antibizantinos y secesionistas de las poblaciones monofisitas de Siria y Egipto debilitaron la capacidad de resistencia del Imperio de Oriente e hicieron fácil la conquista de aquellas provincias por el Islam. Los residuos donatistas y la fragilidad del dominio imperial en el África cartaginesa produjeron años más tarde parecidos resultados. La rápida conquista de España se debió igualmente, en buena medida, a las asistencias internas –de witizanos y judíos– que los
musulmanes hallaron en el Reino visigótico. Pero, una vez consolidado el dominio islamita, la situación de las iglesias cristianas fue necesariamente precaria. Los musulmanes no pretendieron, por la «guerra santa», obligar a los cristianos a una forzada conversión. Los cristianos, al igual que los judíos, eran considerados por ellos como «gentes del Libro», en atención a tener las tres religiones en común a la Biblia como libro sagrado. Las «gentes del Libro», que se sometían mediante una capitulación a los conquistadores islámicos y reconocían su soberanía, recibían el estatuto de dimmies – protegidos– en virtud del cual se les consentía conservar una existencia autónoma, bajo sus propias autoridades civiles y religiosas, a cambio del pago de unos tributos especiales. Pero la tolerancia de que gozaban los cristianos estaba estrictamente limitada: no podían dificultar la apostasía de quienes quisieran hacerse musulmanes y se les prohibía, en cambio, todo proselitismo cristiano; tampoco se les permitía de ordinario construir o reparar sus templos y buena parte de estos fueron transformados en mezquitas.
Las iglesias cristianas soportaron con diversa fortuna la ruda prueba del dominio musulmán. Esta prueba se hacía más difícil en la medida en que aquel dominio se prolongaba y desaparecían las esperanzas de restauración cristiana. Con el paso del tiempo crecía el conformismo y la religión de los dominadores ganaba nuevos adeptos, mientras los cristianos quedaban reducidos a la condición de simple minoría religiosa. Las comunidades cristianas padecían, además, un continuo debilitamiento, a causa de la progresiva islamización de las costumbres y del medio ambiente. A mediados del siglo IX, cuando España llevaba ya ciento cincuenta años de dominio musulmán, san Eulogio y Álvaro de Córdoba se esforzaron por reanimar la fe y el fervor de los cristianos andaluces; el episodio de los Mártires cordobeses que se presentaban voluntariamente al sacrificio tuvo el sentido de un gesto heroico destinado a sacudir las conciencias de muchos fieles, adormecidas por la presión ambiental, y a galvanizar su espíritu cristiano. Pero, además, el Islam, en ciertas horas de su historia se tornó resueltamente intolerante, como ocurrió en los Imperios africanos almorávide y almohade y entonces trató de eliminar por la violencia los residuos cristianos que pudieran existir.
En estas condiciones, y aunque muy disminuidas, subsistieron las iglesias de Oriente, en especial la monofisita o copta, hondamente arraigada entre la población indígena de Egipto. También en España las comunidades mozárabes lograron sobrevivir hasta el siglo XII, y muchas de ellas pudieron presenciar la reconquista cristiana. La suerte más triste fue la que corrió la Iglesia en el África latina, donde se extinguió totalmente bajo el poder musulmán. Aquella ilustre iglesia de Cartago, que había dado a la Iglesia universal figuras de la talla de san Cipriano y san Agustín, se fue apagando en medio de una larga agonía que se prolongó durante cinco siglos. Todavía, en 1053, tres obispos africanos escribían al papa León IX y, veinticinco años más tarde, otro Papa, Gregorio VII, enviaba varias cartas a la cristiandad cartaginesa y a su metropolitano Ciriaco. Se trataba de una iglesia moribunda y, pese a ello, desgarrada por querellas intestinas. En el siglo XII, a consecuencia de la conquista almohade, se consumó la ruina de la Cartago cristiana y se cerró uno de los capítulos más penosos de la historia de la Iglesia.