EU as a perceived constraint

V. vinifera ssp. sativa, y especialmente las var s

cruzamientos dirigidos por el hombre, cuya finalidad era obtener variedades con caracteres deseables para el consumidor, como, en el caso de la uva de mesa, el sabor moscatel, la apirenia o un tamaño y una textura de baya adecuados.

En un estudio de asociación con genes candidatos, es importante conocer si dichos genes han estado sometidos a selección o no, lo cual puede aportar información muy

or Kimura (1968), que establece que la gran mayoría de los polimorfismos

a los mutantes

a, que consiste en el mantenimiento de valiosa para apoyar determinadas asociaciones o saber el grado de implicación del gen en un determinado carácter seleccionado durante el proceso de mejora. Para estudiar la selección es necesario hacer referencia al concepto de neutralismo en la evolución molecular.

El modelo de equilibrio neutral (NE) procede de la Teoría Neutral de Evolución Molecular postulada p

que segregan son selectivamente neutrales, de manera que su evolución es determinada por la deriva genética. En adición a la neutralidad, el modelo NE hace otras asunciones, incluyendo el cruzamiento al azar y un tamaño poblacional constante, que, por otra parte, no suelen darse en las especies cultivadas. La búsqueda de selección consiste en comparar los patrones de variación genética con el patrón del modelo NE, es decir, tratar de detectar una desviación de la neutralidad en la población estudiada. La Teoría Neutral de Evolución Molecular ha sido apoyada por diversos estudios en las últimas décadas, pero principalmente por la confirmación de que los polimorfismos silenciosos, al igual que los pseudogenes, son más frecuentes que los polimorfismos de reemplazamiento en genes funcionales debido a que son neutrales o casi neutrales (Nei 2005).

Una mutación neutral fue definida por Kimura (1968) como aquella que cumple |2Ns|<1, donde N es el tamaño de la población y s es el coeficiente de selección par

heterocigóticos, siendo 2s el coeficiente de selección para el mutante homocigótico. Esta definición era demasiado estricta según Nei, quien propuso una definición estadística más razonable: s√2N<1 para aproximadamente -0,001 ≤ s ≤ 0,001 y N≈106. A diferencia de los genetistas matemáticos, los biólogos moleculares tenían un concepto más relajado de la neutralidad, proponiendo que una mutación era más o menos neutral cuando no modificaba la función del gen apreciablemente. De acuerdo a esta última definición, para las mutaciones neutrales debe darse |s| ≤0,001.

Existen dos tipos de selección natural: la selección positiva, que representa la fijación de una mutación favorable, y la selección equilibrad

múltiples alelos mediante un proceso de selección extenso en el tiempo. Ambos tipos de selección producen patrones característicos de diversidad nucleotídica, y pueden ser detectadas como desviaciones de la neutralidad. Existen diferentes rasgos en una

secuencia que pueden indicar la posible acción de selección, de los cuales, algunos de los más importantes son la cantidad de diversidad, la distribución de las frecuencias de los polimorfismos y el DL. Por ejemplo, una fuerte selección positiva produce una reducción en los niveles de diversidad nucleotídica, un exceso de polimorfismos raros y un incremento del DL.

En las últimas dos décadas se han diseñado diferentes métodos estadísticos para testar la teoría neutral, que pueden dividirse en algunas categorías principales. Un primer

al, se

calcio podría haber estado método consiste en testar la diferencia entre las sustituciones sinónimas (dS) y no

sinónimas (dN), de manera que si dN>dS, hay evidencia de selección positiva (Kimura

1983). Una segunda categoría de tests consiste en estudiar el patrón de la distribución de frecuencias nucleotídicas y evaluar su desviación de la neutralidad (Tajima 1989; Fu y Li 1993). Otro método consiste en examinar la consistencia de la variación de dos o más loci en y entre diferentes especies, de manera que si muestran inconsistencia apuntarían a la existencia de selección (Hudson et al. 1987). Otro test consiste en estudiar el ratio de sustituciones sinónimas y no sinónimas en y entre poblaciones (McDonald y Kreitman 1991). Existen otros tests, pero no se usan con mucha frecuencia (Kreitman 2000).

Es importante mencionar que la selección artificial no funciona exactamente mediante el mismo mecanismo que la selección natural. En el caso de la selección artifici

seleccionan los individuos por encima o por debajo de un valor fenotípico, lo que se denomina selección por truncación. Sin embargo, la metodología estadística existente hoy en día se basa en las teorías establecidas sobre la selección natural, y aunque pueden resultar de gran ayuda para estudiar especies cultivadas, hay que tener en cuenta que no se cumplen las premisas de las que habría que partir. Por ello, muchos de los resultados obtenidos durante los últimos años sobre selección en plantas cultivadas pueden considerarse más orientativos que definitivos. A esto hay que sumar el bajo poder estadístico descrito para los diferentes tests (Kreitman 2000).

En vid apenas existen precedentes de trabajos en este sentido. Lijavetzky et al. (2007) detectó que un gen ortólogo de una ATPasa transportadora de

sometido a selección balanceada, aunque dado el pequeño número de muestras estudiadas, debían tomarse los resultados con cautela. En maíz, sin embargo, son numerosos los estudios centrados en el proceso de domesticación y selección. En determinados genes candidatos se ha detectado evidencia de selección, como por ejemplo en el d8 y el ts2, implicados en la determinación del sexo, o el tb1, implicado en la arquitectura de la planta (Tenaillon et al. 2004). Hufford et al. (2007), mediante una selección de 45 genes (30 supuestamente sometidos a selección y 15 supuestamente

neutrales) y su estudio en tres poblaciones diferentes (en líneas recientes de maíz, en variedades antiguas y en su antecesor Zea mays sp. parviglumis), observaron que 9 genes constituyeron dianas de selección relativamente temprano, durante el proceso de domesticación, mientras 15 genes mostraron evidencia de selección más reciente, durante el proceso de mejora, con lo que concluyeron que, aproximadamente la mitad de los genes sometidos a selección en el genoma de maíz, podrían haber sido dianas de selección antes de la dispersión geográfica de las variedades más antiguas (lo que correspondería a varios cientos de genes, considerando que se ha estimado que aproximadamente 1200 genes de maíz muestran huellas de selección).

Se ha observado que los genes que muestran huellas de selección suelen ser genes sobreexpresados o con alteraciones de expresión (Doebley et al. 2006). La cuestión es si la alta expresión de esos genes facilitó su selección o la selección dio lugar a una regulación de la expresión de los genes.