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Evolution of similar sequences evolution in different genomic contexts

VIRAL GENOME CARRYING TWO RNA SILENCING SUPPRESSORS

3.3. Evolution of similar sequences evolution in different genomic contexts

Los centros de investigación pueden agruparse dentro del área de investigación biomédica- biotecnológica española en 3 sectores que tienen características propias en cuanto a personal, finalidad de los mismos, fuentes de financiación, etc.:

 Sector universitario. La masa crítica investigadora suele coincidir con el personal del centro.

El presupuesto con el que cuenta el centro es equivalente al presupuesto que se destina a I+D. Dentro de este sector están incluidas las universidades, los institutos y los centros de universidades.

 Centros de investigación. Engloban a los centros de investigación pertenecientes al Consejo

Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), a otros OPI, como el Instituto de Salud Carlos III y otros centros de investigación, entre los que se encuentran los pertenecientes a las Comunidades Autónomas.

 Sector sanitario. En este sector la masa crítica investigadora difiere del número de personal

del centro y el presupuesto que se destina a I+D es una parte del presupuesto del centro. Los hospitales se encuentran dentro de este sector.

Sector universitario

A nivel nacional las publicaciones biomédicas dentro del sector universitario posicionan a la Universidad de Barcelona en el primer lugar con 7.482 publicaciones seguida de la Universidad

Complutense y la Autónoma de Madrid en tercer lugar durante el periodo 1996-200436.

El sistema de educación universitaria madrileño dispone de 7 universidades públicas: la Universidad de Alcalá, la Universidad Autónoma de Madrid, la Universidad Carlos III de Madrid,

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la Universidad Complutense de Madrid, la Universidad Politécnica de Madrid, la Universidad Rey Juan Carlos y la Universidad Nacional de Educación a Distancia (UNED).

El análisis de la producción científica del sector universitario madrileño realizado engloba a las 6 universidades madrileñas, debido a que poseen una producción relevante en el ámbito de las ciencias médicas:

 Universidad Complutense de Madrid (UCM).

 Universidad Autónoma de Madrid (UAM).

 Universidad de Alcalá de Henares (UAH).

 Universidad Politécnica de Madrid (UPM).

 Universidad Nacional de Educación a Distancia (UNED).

 Universidad Rey Juan Carlos (URJC).

Analizando la producción científica en el ámbito de Biomedicina de las Universidades de la Comunidad de Madrid y la actividad científica principal que desarrollan todas las Universidades madrileñas incluidas en este análisis en el área de las Ciencias de la Vida se sitúa en primer lugar en la disciplina de Bioquímica y Biología molecular, seguida de la disciplina de Neurociencias. Sin embargo, en el ámbito de la Medicina Clínica cada Universidad desarrolla una actividad investigadora distinta:

 La actividad científica principal de la UCM se sitúa en la disciplina de Nutrición y

Dietética.

 La actividad científica principal de la UAM y de la URJC se sitúa en la disciplina de

Oncología.

 La actividad científica principal de la UAH se sitúa en la disciplina de Gastroenterología.

 La actividad científica principal de la UPM se sitúa en la disciplina de Alergia.

 La actividad científica principal de la UNED se sitúa en la disciplina de Psiquiatría.

De las 6 Universidades estudiadas, existe una clara diferencia de producción científica entre la Universidad Complutense de Madrid (UCM) y la Universidad Autónoma de Madrid (UAM) con respecto al resto de Universidades, siendo su producción entre tres y cuatro veces superior al siguiente centro que les sigue en términos de producción científica, que es la Universidad de

Alcalá de Henares (UAH).El resto de Universidades, Universidad Politécnica de Madrid (UPM),

Universidad Nacional de Educación a Distancia (UNED) y Universidad Rey Juan Carlos (URJC) poseen una producción científica entre 3-4 (en el caso de la UPM y la URJC) y 6 veces (UNED)

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Producción de las universidades de la CM en Ciencias Médicas (WoS 2004-2008)

4.062 3.676 1.095 333 320 248 166 0 500 1.000 1.500 2.000 2.500 3.000 3.500 4.000 4.500

UCM UAM UAH UPM URJC USP-CEU UNED

P u b li ca ci on e s ci e n fi ca s e n C C M é d ic a s

Fuente: Indicadores de Producción Científica de la Comunidad de Madrid 2004-2008. Informe 2009. Instituto de Estudios Documentales sobre Ciencia y Tecnología (IEDCYT). Centro de Ciencias Humanas y Sociales (CCHS). Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC).

UCM: Universidad Complutense de Madrid. UAM: Universidad Autónoma de Madrid UAH: Universidad de Alcalá de Henares. UPM: Universidad Politécnica de Madrid. URJC: Universidad Rey Juan Carlos. USP-CEU: Universidad San Pablo-CEU.

UNED: Universidad Nacional de Educación a Distancia.

El número de publicaciones científicas en el ámbito de las Ciencias Médicas correspondiente a Universidades de la Comunidad de Madrid, ha experimentado un incremento significativo en el periodo 2004-2008, periodo en el que se produjo un incremento del 27,8%. Los incrementos más significativos se produjeron en la Universidad Complutense de Madrid en el año 2007 y en la Universidad Autónoma de Madrid en el año 2006. La UAM y la UCM continúan siendo a lo largo del periodo 2004-2008, las universidades con mayor número de publicaciones científicas, con una tasa media anual de producción científica de 812 documentos en el caso de la UCM y de 735 en el caso de la UAM.

Tras la Complutense y la Autónoma, la Universidad de Alcalá de Henares es la tercera universidad madrileña en términos de producción científica en el ámbito de las Ciencias de la Salud en el período 2004-2008, con una tasa media anual de producción cercana a los 220 documentos. Analizando la evolución temporal de la producción científica de esta universidad se aprecia una tendencia constante en el periodo de estudio.

Le siguen en importancia en cuanto a producción científica en CC Médicas la Universidad Politécnica de Madrid (UPM), la Universidad Rey Juan Carlos (URJC), la Universidad San Pablo- CEU y la Universidad Nacional de Educación a Distancia (UNED). Estas tres Universidades

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mantienen una tendencia creciente en el periodo de estudio, con una tasa media de producción en torno a las 65 publicaciones para la UPM y la URJC y cercana a 50 en el caso de la USP-CEU. Se observa una tendencia ligeramente decreciente en el caso de la UNED con una tasa media de producción anual de 33 publicaciones/año.

Evolución temporal de las publicaciones científicas en Ciencias de la Salud de las Universidades de la Comunidad de Madrid. Período 2004-2008.

0 100 200 300 400 500 600 700 800 900 1000 2004 2005 2006 2007 2008 D oc u m e n tos

UCM UAM UAH UPM URJC USP-CEU UNED

Fuente: Indicadores de Producción Científica de la Comunidad de Madrid 2004-2008. Informe 2009. IEDCYT, CCHS y CSIC.

Centros de investigación

Los centros públicos de investigación de la Comunidad de Madrid engloban a centros de investigación pertenecientes al Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), otros OPIs, como el Instituto de Salud Carlos III y otros centros de investigación, entre los que se encuentran los pertenecientes a las Comunidades Autónomas.

El primer bloque de centros de investigación madrileños en cuanto a número de artículos publicados en el período 2004-2008 está integrado por el Centro de Biología Molecular Severo Ochoa (CBM), centro de mixto de investigación CSIC-UAM, y el CNIO con una tasa media de producción anual superior a 180 publicaciones. Le siguen un segundo grupo de centros con una producción media anual en torno a 150 publicaciones, en el que se encuentran el Centro Nacional de Biotecnología (CNB) y el Centro de Investigaciones Biológicas (CIB). El tercer grupo, con una producción media anual superior a 100 publicaciones está integrado por el Centro Nacional de Microbiología (CNM), los Centros CIBER (Centros de Investigación Biomédica en Red, creados en 2006 dentro del Programa Ingenio 2010) y el Instituto de

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Investigaciones Biomédicas (IIB). Un cuarto bloque de centros es el integrado por el Instituto Nacional de Investigación en Tecnología Agraria y Alimentaria (INIA), el Instituto Cajal (CSIC) y el Instituto de Salud Carlos III con una producción media anual superior a 50 publicaciones en CC de las Salud en el periodo 2004-2008.

Producción en CC Médicas en Centros de Investigación de la Comunidad de Madrid Período 2004-2008. 954 930 757 744 569 536 535 485 416 305 0 200 400 600 800 1000 1200

CBM (CSIC) CNIO (1) CNB (CSIC) CIB (CSIC) CNM (1) C. CIBER (1) IIB (CSIC) INIA (CSIC) I. Cajal ISCIII

P u b li ca ci o n e s ci e n fi ca s e n C C M é d ic a s

Fuente: Indicadores de Producción Científica de la Comunidad de Madrid 2004-2008. Informe 2009. IEDCYT, CCHS y CSIC.

(1) Centros que pertenecen o están vinculados al Instituto de Salud Carlos III

Centros del CSIC:

La distribución temporal de las publicaciones científicas en el ámbito de las Ciencias Médicas en los centros de investigación del CSIC, muestra que el CBM, con una tasa media anual de producción superior a 190 documentos, seguido por el CNB, con una tasa media anual de 151 documentos, y en tercer lugar por el CIB, con una tasa media anual de 148 publicaciones, son los centros del CSIC de la Comunidad de Madrid que mayor producción científica han tenido durante el período 2004-2008. En los tres casos se mantiene una tendencia más o menos estable en el periodo de estudio.

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Distribución temporal de las publicaciones científicas biomédicas en los centros de investigación del CSIC en la Comunidad de Madrid. Período 2004-2008.

0 50 100 150 200 250 2004 2005 2006 2007 2008 D oc u m e n tos

CBM CNB CIB IIB I. Cajal

Fuente: Indicadores de Producción Científica de la Comunidad de Madrid 2004-2008. Informe 2009. IEDCYT, CCHS y CSIC.

En cuanto a las publicaciones realizadas por los otros centros del CSIC, el IIB ha experimentado un ligero incremento en el año 2007 mientras el Instituto de Neurobiología Ramón y Cajal ha seguido una trayectoria estable en el periodo de estudio a lo largo del período 2004-2008, unos años la producción anual se ha visto reducida y otros años se ha visto incrementada. La tasa media de producción anual del IIB se sitúa en 107 documentos y la del Instituto de Neurobiología Ramón y Cajal en 83 documentos.

Dentro del ámbito de la Biomedicina, las publicaciones científicas de dichos centros documentadas a través de las líneas de investigación se detallan a continuación:

- Las publicaciones científicas del CBM abarcan temas como enfermedades neurodegenerativas como el Alzheimer, el cáncer, la inflamación, las infecciones virales, o las alteraciones del sistema cardiovascular e inmune.

- Las publicaciones del CNB se centran en Biología celular y molecular, Biotecnología microbiana, Genética molecular de plantas, Estructura de macromoléculas, Inmunología y Oncología.

- Las publicaciones del CIB se centran en Biología ambiental, Biología celular y del desarrollo, Biología físico-química, Medicina celular y molecular y Microbiología molecular y biología de la infección.

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- Las publicaciones del IIB se centran actualmente en Biología celular y molecular del cáncer, Bioquímica y genética de levaduras, Endocrinología molecular, Enzimología y patología molecular, Estructura y función biomolecular, Regulación de la expresión génica y señalización celular.

- Las publicaciones del Instituto Ramón y Cajal se centran principalmente en Neurobiología molecular celular y del desarrollo y Neurobiología funcional y de sistemas.

Centros del ISCIII:

El ISCIII posee a su vez varios centros que realizan actividades de investigación en áreas tales como epidemiología, medicina tropical, microbiología, sanidad ambiental, medicina del trabajo,

enfermedades raras y evaluación de tecnologías sanitarias. El ISCIII es el OPI que tiene más

publicaciones en el campo de la Biomedicina. Dado que algunos centros que pertenecen o están vinculados a este Instituto tienen una producción importante, se ha considerado oportuno presentar por separado sus datos.

La tasa media anual de producción científica del ISCIII se sitúa en 61 documentos anuales. La tendencia en el periodo 2004-2008 es claramente creciente situándose en 84 documentos en el año 2008.

Distribución de la producción científica biomédica del ISCIII. Período 2004-2008. 0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 2004 2005 2006 2007 2008 D oc u m e n tos ISCIII

Fuente: Indicadores de Producción Científica de la Comunidad de Madrid 2004-2008. Informe 2009. IEDCYT, CCHS y CSIC.

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Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas (CNIO)

El CNIO destina sus recursos hacia la investigación básica y aplicada del cáncer bajo un enfoque integrado, favoreciendo la interacción de los programas de investigación básica con los de diagnóstico molecular y de descubrimiento de nuevos fármacos, todo ello apoyado en una sólida infraestructura de equipamientos y servicios técnicos.

La evolución en la producción científica del centro durante el período 2004-2008 se ha incrementado significativamente respecto a la de otros centros. Mientras que en el año 2004 la producción científica fue de 118 documentos, en el año 2008 ésta ha alcanzado la cifra de 215 con un máximo de 254 en el año 2007. La tasa anual media de producción científica durante este período se sitúa en 186 artículos.

Distribución de la producción científica biomédica del CNIO. Período 2004-2008. 0 50 100 150 200 250 300 2004 2005 2006 2007 2008 D oc u m e n tos CNIO (1)

Fuente: Indicadores de Producción Científica de la Comunidad de Madrid 2004-2008. Informe 2009. IEDCYT, CCHS y CSIC.

Centro Nacional de Investigaciones Cardiovasculares (CNIC)

La investigación en el CNIC tiene por objetivo ser un referente de excelencia en áreas de investigación como Biología vascular e inflamación, Aterotrombosis e Imagen Cardiovascular, Cardiología Regenerativa y Biología del desarrollo cardiovascular. La evolución de la producción científica del centro desde el año que se inauguró, año 2002, ha experimentado un incremento exponencial durante los primeros años de funcionamiento del centro. Actualmente la tasa media anual de producción científica del CNIC se sitúa en torno a 47 documentos/año.

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Distribución de la producción científica biomédica del CNIC. Período 2004-2008.

0 10 20 30 40 50 60 70 80 2004 2005 2006 2007 2008 D oc u m e n tos CNIC

Fuente: Indicadores de Producción Científica de la Comunidad de Madrid 2004-2008. Informe 2009. IEDCYT, CCHS y CSIC.

Centros de Investigación Biomédica en Red (CIBER)

Los CIBER, creados en 2006 dentro del Programa Ingenio 2010, se han incorporado a los primeros puestos en cuanto a producción científica en los años 2007 y 2008, con un fuerte incremento de la producción en el año 2008.

En la actualidad existen 9 CIBER que se agrupan en las siguientes áreas temáticas: bioingeniería, biomateriales y nanomedicina, diabetes y enfermedades metabólicas, epidemiología y salud pública, obesidad y nutrición, enfermedades respiratorias, salud mental, enfermedades hepáticas y digestivas, enfermedades neurodegenerativas y enfermedades raras.

Distribución de la producción científica biomédica de CIBERs. Período 2004-2008.

0 50 100 150 200 250 300 350 400 450 2004 2005 2006 2007 2008 D oc u m e n tos C. CIBER (1)

Fuente: Indicadores de Producción Científica de la Comunidad de Madrid 2004-2008. Informe 2009. IEDCYT, CCHS y CSIC.

74 Otros centros:

Instituto de Medicina Molecular Príncipe de Asturias (IMMPA) pretende

convertirse en un referente europeo en esta área científica. El centro investiga en torno a la Medicina del siglo XXI, y está gestionado por una fundación gobernada por el Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), la Comunidad de Madrid y la Universidad de Alcalá de Henares. Entre los objetivos de las actividades de investigación que se desarrollan en el nuevo centro se encuentran comprensión de enfermedades inmunológicas, inflamatorias y tumorales, así como el conocimiento de los procesos del envejecimiento humano.

Centro de Investigación Enfermedades Neurológicas (CIEN): el Centro está

formado por núcleos de investigación básica, clínica y epidemiológica distribuidos por la geografía española y articulados como Centros de investigación en red. La Unidad de Investigación del Proyecto Alzheimer del Centro Alzheimer de la Fundación Reina

Sofía está integrada en la Fundación CIEN. Sector sanitario

El sector sanitario de la Comunidad de Madrid engloba a todos los centros de salud de las 11 Áreas de Salud definidas, así como los 26 hospitales de la Comunidad, 8 de ellos de nueva creación:

 Hospital Universitario Ramón y Cajal.

 Hospital Universitario 12 de Octubre.

 Hospital Universitario La Paz.

 Hospital General Universitario Gregorio Marañón.

 Hospital Clínico San Carlos.

 Hospital Universitario de La Princesa.

 Hospital Fundación Jiménez Díaz.

 Hospital Carlos III.

 Hospital Universitario Príncipe de Asturias.

 Hospital Infantil Universitario del Niño Jesús.

 Hospital Universitario de Getafe.

 Hospital Universitario Fundación Alcorcón.

 Hospital Central de la Cruz Roja San José y Santa Adela.

 Hospital Universitario Severo Ochoa.

 Hospital Universitario de Fuenlabrada.

 Hospital Universitario de Móstoles.

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 Hospital de Virgen de la Torre.

 Nuevos hospitales: Hospital Infanta Sofía, Hospital Universitario del Henares, Hospital Universitario Infanta Leonor, Hospital del Sureste, Hospital Infanta Cristina, Hospital del Tajo, Hospital Universitario Puerta de Hierro Majadahonda y Hospital Infanta Elena.

Analizando la producción científica del ámbito sanitario de la Comunidad de Madrid se observa que existe un primer grupo de hospitales con una elevada producción científica seguido de un segundo grupo de hospitales con una producción ligeramente inferior y un tercer grupo de hospitales con una producción científica significativamente inferior a los anteriores:

 Grupo 1: Hospital Universitario 12 de Octubre, Hospital Universitario Ramón y Cajal,

Hospital Universitario La Paz, Hospital Clínico San Carlos y Hospital General Universitario Gregorio Marañón.

 Grupo 2: Hospital Universitario de La Princesa, Hospital Fundación Jiménez Díaz y

Clínica Puerta del Hierro.

 Grupo 3 (engloba al resto de hospitales de la Comunidad de Madrid): dentro de este

grupo destacan el Hospital Carlos III, el Hospital Universitario Fundación Alcorcón, el Hospital Universitario Príncipe de Asturias y el Hospital Infantil Universitario Niño Jesús. Distribución de la producción científica biomédica de los centros sanitarios de la Comunidad de

Madrid. Período 2004-2008. 2.187 2.1672.137 1.976 1.950 1.249 1.236 929 578 412 349 322 298 270 241 208 206 135 123 93 0 500 1.000 1.500 2.000 2.500 d e d oc u m e n tos

Fuente: Indicadores de Producción Científica de la Comunidad de Madrid 2004-2008. Informe 2009. IEDCYT, CCHS y CSIC.

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La producción media de los centros sanitarios que integran el primer bloque de hospitales se sitúa en entorno a las 400 publicaciones anuales con los siguientes valores: Hospital Universitario 12 de Octubre (producción media anual de 437 documentos), seguido del Hospital Universitario Ramón y Cajal (producción científica media anual de 433 documentos), del Hospital Universitario La Paz (producción media anual de 427 documentos), el Hospital Clínico San Carlos (producción media anual de 395 documentos) y el Hospital General Universitario Gregorio Marañón (producción media anual de 390 documentos).

En cuanto a la evolución de la producción científica se ha mantenido una tendencia general creciente en todos los hospitales de este grupo. El Hospital Universitario 12 de Octubre y el Hospital Universitario Ramón y Cajal han experimentado oscilaciones en los años 2006 y 2007, con tendencia creciente en términos generales. La tendencia del Hospital Universitario La Paz es claramente ascendente. El Hospital Clínico San Carlos y el Hospital General Universitario Gregorio Marañón mantuvieron una tendencia creciente hasta el año 2008, en el que experimentaron un ligero descenso.

La evolución temporal de la producción científica de los hospitales que constituyen el segundo

bloque en términos de producción científica ha sido en términos generales ascendente con

variaciones cíclicas en algunos casos como el Hospital Puerta de Hierro. La tasa media anual de producción científica de estos hospitales se sitúa en 249 documentos en el caso del Hospital Universitario de La Princesa, 247 documentos en el caso del Hospital Fundación Jiménez Díaz, y 186 en el caso de la Clínica Puerta de Hierro.

La producción científica del tercer bloque de hospitales a lo largo del período 2004-2008 ha sido creciente en términos generales. Destaca el caso del Hospital Universitario de Fuenlabrada, que ha pasado de 5 publicaciones en 2004 a 57 en 2008. A su vez, cabe destacar el incremento del Hospital Universitario Fundación Alcorcón y del Hospital Universitario de Getafe (que prácticamente han duplicado su producción entre 2004 y 2008). El Hospital Universitario Príncipe de Asturias y el Hospital Universitario de Móstoles han disminuido su producción con respecto al año 2004. En cuanto a la tasa media de producción anual destaca el Hospital Carlos III que supera las 100 publicaciones anuales. La mayoría de los Hospitales de este grupo se sitúan entre las 40-80 publicaciones anuales.

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Distribución anual de la producción científica biomédica de los centros sanitarios de la Comunidad de Madrid. Período 2004-2008.

0 100 200 300 400 500 600 2004 2005 2006 2007 2008 D oc u m e n tos

H. 12 Oct H. Ramón y Cajal H. La Paz H. Clin San Carlos

H. Gregorio Marañón H. La Princes F. Jiménez Diaz C. Puerta de Hierro

H.Carlos III F. H. Alcorcón H.Principe Asturias H.Niño Jesús

H. de Getafe C. y Serv. No Hosp Madrid Hospitales (varios) H.Severo Ochoa

H.Móstoles H.Fuenlabrada H.Gomez Ulla H.Ruber Int.

Fuente: Indicadores de Producción Científica de la Comunidad de Madrid 2004-2008. Informe 2009. IEDCYT, CCHS y CSIC.