Como se puede observar en el cuadro 29, el costo de esta técnica para analizar una muestra es más bajo que al hacerlo por PCR seguido de electroforesis. Sin embargo, es importante notar que los costos podrían variar de acuerdo a los precios de proveedores, primers (influyente significativamente en el precio, de acuerdo al proveedor), costo anual de reactivos, etc.
Otro factor importante que puede que puede disminuir el costo del análisis por hibridización es la posibilidad de re-usar los buffers. Con excepción del buffer de detección, los buffers pueden utilizarse hasta cinco veces. Aún la sonda (en solución de hibridización), puede almacenarse en un recipiente cerrado y re-usarse varias veces. Por tal razón, se recomienda volver a probar con otras sondas la técnica de hibridización porque el análisis de costos sugiere que puede ser más rentable, principalmente porque se está tomando en cuenta que los buffers no son re-usables y que solo se trabaja una membrana a la vez, podrían emplearse más.
Por otra parte, al estandarizar para uso directamente sobre membrana disminuiría el costo, por ejemplo con la técnica squash blot. En esta técnica, se aplican directamente las muestras sobre la membrana sin necesidad de una extracción previa de ADN y luego se realiza la hibridización de los ácidos nucleicos.
Como puede observarse, el costo por muestra al analizarlas con la técnica propuesta es menor que al hacerlo por PCR seguido de electroforesis. Además de no usar reactivos potencialmente peligrosos a la salud.
PARTE IV IV.1 CONCLUSIONES
1. En lo que se refiere a la estimación de la incidencia de 8 begomovirus específicos en mosca blanca en plantaciones de tomate, situadas en Salamá y Laguna Retana, se concluye lo siguiente:
a) De las 266 muestras analizadas de B. tabaci 1741 dieron resultado positivo para begomovirus general, lo que equivale al 65.41% del total de muestras, siendo los promedios por lugar: Salamá 60.4% y Laguna de Retana 71.8%.
b) Los meses con mayor incidencia de begomovirus general varían según el lugar. Hay dos incrementos, uno entre final y principios de año (meses posteriores a las lluvias) y el otro posterior a los meses con menos virulencia.
c) Los meses de menor incidencia de virus son de abril hasta julio.
d) Con un nivel de significancia de α=0.05, la distribución de muestras positivas y negativas de begomovirus general es igual en todos los lugares muestreados.
2. En lo que se refiere a la determinación del begomovirus específico más abundante tanto en Salamá como Laguna Renata se concluye que:
a) Con un nivel de significancia de α=0.05, la distribución de muestras positivas de las cuatro especies de begomovirus (Pepper golden mosaic
virus, Tomato mosaic havana virus, Pepper Huasteco yellow vein y Tomato severe leaf curl virus) es igual tanto el Salamá como el Laguna
Retana.
b) Los resultados muestran que en el campo circulan mayoritariamente las cuatro especies de begomovirus Pepper golden mosaic virus, Tomato
mosaic havana virus, Pepper Huasteco yellow vein y Tomato severe leaf curl virus, seguido por Tomato mild mottle virus, Tomato golden mottle virus y Tomato mottle Taino virus.
c) No se encontró Tomato leaf curl Sinaloa virus en las muestras analizadas 3. En el caso de establecer el límite de detección de la hibridización de ácidos
nucleicos con sondas no radioactivas se concluye que esta técnica puede detectar hasta 100ng de begomovirus en una muestra de extracción de mosca blanca.
4. De acuerdo a la comparación entre los resultados obtenidos con hibridización de ácidos nucleicos con sondas no radioactivas y PCR seguido de electroforesis, se
concluye que con la técnica propuesta se obtienen más falsos negativos que con PCR, sugiriendo que la última es más sensible.
5. En lo que se refiere a la validación de la técnica propuesta (hibridización de ácidos nucleicos con sondas no radioactivas) con respecto a la usada actualmente (PCR seguido de electroforesis) se concluye que la técnica propuesta tiene una sensibilidad del 67%, especificidad del 94%, prevalencia del 0.65 e índice de Youden 0.61 con repecto a los resultados por PCR.
6. Con base en los resultados obtenidos al comparar los costos tanto de la técnica de hibridización de ácidos nucleicos con sondas no radioactivas y PCR seguido de electroforesis, se encontró que la usada actualmente (PCR seguido de electroforesis) tiene un costo de de Q.3.86 por muestra, mientras que la propuesta Q.3.38.
IV.2 RECOMENDACIONES
1. En lo que se refiere a la estimación de la incidencia de 8 begomovirus específicos en mosca blanca en plantaciones de tomate, situadas en Salamá y Laguna Retana, se recomienda lo siguiente:
a) Prolongar el monitoreo por lo menos dos años más determinar si el patrón de comportamiento descrito en esta investigación se repite año con año.
b) Es necesario tomar en consideración otros factores como datos climáticos, debido a que la estos pueden influir en la distribución de los virus analizados.
2. En lo que se refiere a la determinación del begomovirus específico más abundante tanto en Salamá como Laguna Renata se recomienda lo siguiente:
1. monitorear la incidencia de begomovirus en sus hospederos (primarios y secundarios) para determinar si los virus específicos circulantes son adquiridos por las plantas en la misma proporción.
2. Identificación de begomovirus que no se amplificaron con los imprimadores específicos mediante secuenciación y comparación con secuencias previamente analizadas.
3. En el caso de establecer el límite de detección de la hibridización de ácidos nucleicos, se recomienda establecer el límite de detección de la técnica de hibridización de ácidos nucleicos con sondas no radioactivas para detectar
geminivirus específicos.
4. De acuerdo a la comparación entre los resultados obtenidos con hibridización de ácidos nucleicos con sondas no radioactivas y PCR seguido de electroforesis, recomienda aumentar el número de réplicas.
5. En lo que se refiere a la validación de la técnica propuesta (hibridización de ácidos nucleicos con sondas no radioactivas) con respecto a la usada actualmente (PCR seguido de electroforesis) se recomienda validar la técnica de hibridización para detectar geminivirus específicos.
6. Con base en los resultados obtenidos al comparar los costos tanto de la técnica de hibridización de ácidos nucleicos con sondas no radioactivas y PCR seguido de electroforesis, se recomienda usar la técnica propuesta como tamizaje.