3. The relationship between market concentration and APT
3.3 Results
Mediante comunicaciones personales con investigadores del INIAP – Tumbaco se conoció que la planta S. uniloba era portadora de la característica de resistencia a la antracnosis. Las muestras utilizadas en este estudio son los segregantes del cruce de ésta con variedades comerciales de tomate de árbol rojo y amarillo y se esperaba que uno o más de éstos hubieran heredado la característica de interés. Sin embargo, durante el desarrollo de esta investigación no se encontró un patrón de bandas que asocie a las plantas que han probado en fase de laboratorio su resistencia a dicha enfermedad. Unas de las razones para explicar este acontecimiento puede ser el haber cometido un error involuntario en el rotulado de las plantas, o el no haber identificado con claridad a los parentales y a sus respectivos segregantes en el estudio, o que los marcadores utilizados no alcanzaron la región del genoma asociada con la resistencia.
10. Conclusiones
La presente investigación permite concluir que la variabilidad genética entre plantas de tomate de árbol amarillo y rojo en el Ecuador es extremadamente reducida, mostrando valores de similitud muy cercanos al 100%, lo que causa problemas al tratar de identificar correctamente a sus respectivos segregantes.
Algunos patrones de bandas pertenecientes a los segregantes no aparecieron en los parentales, haciendo presumir que las poblaciones estudiadas, o al menos ciertos individuos, no corresponden con la información provista por el INIAP sobre el registro de cruces. Otro factor que pudo influir en este sentido es la calidad de bandas en el gel, ya que en ciertos casos el método de tinción no ayudó a distinguir satisfactoriamente las bandas con el fondo del gel, lo que dificultaba su lectura.
Debido a las razones antes nombradas, y a que la información de los segregantes resistentes a la antracnosis provista por el INIAP, no concordó con ningún patrón de bandas obtenido en este estudio, tampoco fue posible determinar si alguno de los individuos adquirió dicha característica del parental S. uniloba.
11. Recomendaciones
Se recomienda como primer paso asegurarse de que la calidad de ADN y su concentración sea la óptima antes de llevar a cabo la técnica de AFLPs, ya que como se discutió con anterioridad, este paso es crítico para la obtención de un fingerprint de calidad.
El método de tinción utilizado (Benbouza et al., 2006) debería mejorarse, especialmente para aumentar el contraste existente entre las bandas y el fondo, para de esta manera facilitar y evitar errores en la lectura del gel.
Para asegurar que el ADN utilizado en este tipo de análisis sea puro y de calidad, se sugiere utilizar kits comerciales para la purificación de esta biomolécula después del proceso de extracción.
En cuanto al programa de fitomejoramiento del cultivo, se recomienda utilizar individuos de los que se conozca su procedencia con toda seguridad para poder llevar a cabo análisis de identificación de marcadores moleculares ligados a una característica de interés.
Finalmente, se sugiere para posteriores estudios de diversidad genética, la utilización de varios marcadores moleculares para mejorar la confiabilidad de los resultados, especialmente si se quiere clasificar o encontrar diferencias genéticas en individuos de diferentes variedades de S. betaceum.
12. Referencias
1. Albornoz G. “El tomate de árbol (Cyphomandra betacea Sendt.) en el Ecuador”. Universidad Central del Ecuador-Fundagro, Quito (1992).
2. Albornoz G. “Normas para el Cultivo de Tomate de Árbol (Cyphomandra betacea Sendt) en el Ecuador”. Universidad Central del Ecuador, Quito (1989).
3. Atankiewicz, M, G. Gadamski, S. Gawronsi. "Genetic Variation and Phylogenetic Relationships of Triazine-Resistant and Triazine-Susceptible Biotypes of Solanum Nigrum - Analysis Using RAPD Markers." European Weed Research Society 41(2001): 287-300.
4. Azofeifa-Delgado A. “Revisión Bibliográfica: Uso de marcadores moleculares en plantas; aplicaciones en frutales del trópico”. Agronomía Mesoamericana 17: 221-242. (2006)
5. Benbouza H., Jacquemin J.M., Baudoin J.P. & Mergeai, G. “Optimization of a reliable, fast, cheap and sensitive silver staining method to detect SSR markers in polyacrylamide gels.” Biotechnol. Agron. Soc. Environ. 10: 77-81. (2006). 6. Bernardello, Luis, Charles Heiser, Marianela Piazzano. "Karyotypic Studies in
Solanum Section Lasiocarpa (Solanaceae)." American Journal of Botany 81(1994): 95-103
7. Blanca J.M., Prohens J., Anderson G., Cañizares J., Nuez F., Zuriaga E., “AFLP and DNA Sequence variation in an Andean Domesticate, Pepino (Solanum
muricatum, Solanaceae): Implications for Evolution and Domestication”.
8. Blanco M., Valverde R. “Análisis de Segregantes Agrupados (BSA) para la Detección de AFLPS Ligados al Gen de Resistencia al PVX en Solanum
commersonii.” Agronomía costarricense vol 29:002 45-55. (2005).
9. Blanco, Monica, R. Valverde. "Identificación y Mapeo de AFLP Ligados al Gen de Resistencia al PVX en Solanum Comersonii." Agronomía Costarricense 29(2005): 57-71.
10.Blanco, Monica, Roberto Valverde. "ANÁLISIS DE SEGREGANTES AGRUPADOS (BSA) PARA LA DETECCIÓN DE AFLPS LIGADOS AL GEN DE RESISTENCIA A PVX EN Solanum commersonii." Agronomía Costarricense 29(2005): 45-55.
11.Bohs, Lynn. "Cyphomandra (Solanaceae)." Flora Neotropica 63(1994): 1-175.
12.Bohs, Lynn. "Ethnobotany of the Genus Cyphomandra (Solanaceae)." Economic Botany 43(1989): 143-163.
13.Bohs, Lynn. "Major clades in Solanum based on ndhF Sequence Data ." Monographs in Systematic Botany 104(2005): 27-50.
14.Bohs, Lynn. “Transfer of Cyphomandra (Solanaceae) and its species to Solanum. Taxon” 44(1995): 583-587.
15.Bohs. Lynn. “Crossing Studies in Cyphomandra (Solanaceae) and Their Systematic and Evolutionary Significance”. American Journal of Botany 78(1991): 1683- 1693.
16.Caballero, Armando, Humberto Quesada and Emilio Rolán-Alvarez. "Impact of Amplified Fragment Length Polymorphism Size Homoplasy on the Estimation of Population Genetic Diversity and the Detection of Selective Loci." Genetics Society of A 179(2008): 539-554.
17.Cadena, Esteban. "Estudio de Prefactibilidad para el Tomate de Árbol." SICA- Ministerio de Agricultura y Ganadería del Ecuador (2001)
18.Chalampuente, Doris, Priscila Prado. “Caracterización morfoagronómica y molecular de la colección de tomate de árbol (Cyphomandra betacea Sendt) del banco de germoplasma del INIAP, Ecuador”. Tesis de grado presentada como requisito para la obtención de título de Ingeniera Agrónoma de la Pontificia Universidad Católica del Ecuador Sede Ibarra. Ibarra-Ecuador (2005).
19.Charlesworth, Deborah. "Effects of Inbreeding on the Genetic Diversity of Populations." The Royal Society 358(2003): 1051-1070.
20.Faleiro, Alessandra, Fabio Faleiro, Uilson Lopes, Gilson Melo, Wilson Monteiro, Milton Yamada, Rita Bahia, Ronan Correa. "Variability in Cacao Selected by Producers for Resistance to Witches' Broom Based on Microsatellite Markers." Crop Breeding and Applied Biotechnology 4(2004): 290-297.
21.Ferreira, M., D. Gratapaglia. Introducción al uso de marcadores moleculares en el análisis genético. Brasilia: EMBRAPA, 1998.
22.Fukunaga, Kenji, Jason Hill, Yves Vigouroux, Yoshihiro Matsuoka, Jesus Sanchez G., Kejun Liu, Edward S. Buckler and John Doebley. "Genetic Diversity and Population Structure of Teosinte." Genetics Society of America 169(2005): 2241–2254.
23.Gray, Alan. "Genetic Diversity and Its Conservation in Natural Populations of Plants." Biodiversity Letters 3(1996): 71-80.
24.Jover, Maria, Lucas del Castillo, Manuel García, Juan Segura. "RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA ASSESSMENT OF DIVERSITY IN
WESTERN MEDITERRANEAN POPULATIONS OF THE SEAGRASS POSIDONIA OCEANICA." American Journal of Botany 90(2003): 364–369. 25.Kelly, James, Lucía Afanado, Seott Haley & Phillip Miklas. "USO DE
MARCADORES MOLECULARES EN EL MEJORAMIENTO DEL FRIJOL." AGRONOMÍA MESOAMERICANA 5(1994): 1-7.
26.Krishna, Girish, Jinfa Zhang, Mark Burow, Roy Pittman, Stanko Delikostadinov, Yingzhi Lu, Naveen Puppala. "Genetic Diversity Analysis in Valencia Peanut (Arachis hypogaea L.) Using Microsatellite Markers." Cellular & Molecular Biology Letters 9(2004): 685-697.
27.Levin, Rachael, Nicole Myers, Lynn Bohs. "Phylogenetic Relationship Among the "Spiny Solanums" (Solanum Subgenus Leptostemonum, Solanaceae)." American Journal of Botany 93(2006): 157-169.
28.MAG-IICA, "Identificación de mercados y tecnología para productos agrícolas tradicionales de exportación: tomate de árbol." 2001 11 Nov 2008 <http://www.sica.gov.ec/agronegocios/biblioteca/Convenio%20MAG%20IICA/r poductos/tomate_arbol_mag.pdf>.
29.Meadows, L.R.. "Growing Tamarillo Relatives in the New Zealand Home Garden."
(15)2002 223-228. Visitado el 8 Nov 2008.
<http://www.naturalhub.com/grow_fruit_type_tamarillo_relative_new_zealand.h tm>.
30.Nuez, F., J. M. Carrillo. Los marcadores genéticos en la mejora vegetal. Valencia: Editorial Universidad Politécnica de Valencia, 2000
31.Ordóñez, Soledad. Diferenciación de variedades en cultivos de tomate de árbol, Solanum betaceum, mediante la técnica molecular de AFLP. Tesis de grado presentada como requisito para la obtención de título de B.S. en Biotecnología de la Universidad San Francisco de Quito. Quito-Ecuador (2007).
32.Palacios, Jordi. "IDENTIFICACIÓN DE MARCADORES MOLECULARES PARA LA SELECCIÓN ASISTIDA EN LA MEJORA GENÉTICA DE LA JUDÍA DEL GANXET MONTCAU." Escola Superior de Agricultura-Barcelona (2007).
33.Peñafiel, Nicolás. “Evaluación de la variabilidad genética del tomate de árbol (Solanum betaceum cav.) en los cultivos de tres provincias del Ecuador por medio de marcadores microsatelitales.” Tesis de grado presentada como requisito para la obtención de título de B.S. en Biotecnología de la Universidad San Francisco de Quito. Quito-Ecuador (2007).
34.Proaño, Doris. “Caracterización y selección de segregantes de cruzamientos interespecíficos de tomate de árbol (Solanum betaceum Cav.), con resistencia a antracnosis (Colletotrichum gloeosporioides), y atributos agronómicos deseables evaluados en las provincias de Pichincha y Tungurahua”. Tesis de grado presentada como requisito para la obtención de título de Ingeniera Agrónoma de la Universidad Técnica de Cotopaxi. Cotopaxi-Ecuador (2008).
35.Rondón, Esteban. "ESTUDIO BIOLÓGICO Y EPIDEMIOLÓGICO DE LA ANTRACNOSIS (Colletotrichum gloeosporioides, Penz), DEL TOMATE DE ÁRBOL (Solanum betacea, (Cav) Sendt), Y GENERACIÓN DE
ALTERNATIVAS PARA SU MANEJO INTEGRADO EN
36.SICA (s.f.). "TECNOLOGIA DEL CULTIVO DE TOMATE DE ARBOL." SERVICIO DE INFORMACIÓN AGROPECUARIA del MINISTERIO DE AGRICULTURA Y GANADERÍA DEL ECUADOR. Ministerio De Agricultura
y Ganadería del Ecuador. 11 Nov 2008.
http://www.sica.gov.ec/agronegocios/productos%20para%20invertir/frutas/tomat e%20arbol/tecnologia_%20cultivo.htm
37.Tapia, C., E. Zambrano & E. Morillo. “Tomate de árbol (Cyphomanra betacea Sendt.), frutal promisorio para la diversificación del agro andino”. Informe de Proyecto ejecutado por INIAP/DENAREF. (2006).
38.Torres, A, A. Arias, V. Arahana, M. Torres. "Preliminary Assessment of Genetic Diversity and Phenetic Relations for Section Lasiocarpa by Means of
Heterologous SSR Markers." Crop Science 48(2008): 01-09.
39.Tremetsberger, Karin, Tod F. Stuessy, Yan-Ping Guo, Carlos M. Baeza, Hanna Weiss, Rosabelle M. Samuel. "Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) Variation within and among Populations of Hypochaeris acaulis (Asteraceae) of Andean Southern South America." International Association for Plant Taxonomy 52(2003): 237-245.
40.Varshney, Rajeev, Andreas Graner, Mark Sorrells. "Genic Microsatellite Markers in Plants: Features and Applications." Trends in Biotechnology 23(2005): 48-55. 41.Velastegui, Ramiro . Principales Enfermedades del Tomate de Arbol . 01. Ambato:
Universidad Tecnica de Ambato, 1988.
42.Vos, Pieter, Rene Hogers, Marjo Bleeker, Martin Reijans, Theo van de Lee, Miranda Hornes, Adrie Frijters, Jerina Pot, Johan Peleman, Martin Kuiper and
Marc Zabeau. "AFLP: a new technique for DNA fingerprinting." Nucleic Acids Research 23(1995): 4407-4414.
43.Whalen, Michael, Elizabeth Caruso. "Phylogeny in Solanum sect. Lasiocarpa (Solanaceae): Congruence of Morphological and Molecular Data." Systematic Botany 8(1983): 369-380.
44.Williams, John, Anne R.Kubelik, Kenneth J.Livak, J.Antoni Rafalski and Scott V.Tingey. "DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers." Nucleic Acids Research 18(1990): 6531-6535.