M8-FOR-013 FORMATO SOLICITUD DE PARÁMETROS OCEANOGRÁFICOS.
M8-FOR-016 FORMATO RECOPILACIÓN DE INFORMACIÓN SOBRE CONJUNTOS DE DATOS OCEANOGRÁFICOS.
CONTROL DE CAMBIOS
VERSIÓN FECHA
dd/mm/aaaa DESCRIPCIÓN DEL CAMBIO
0 02/12/2007 Versión inicial.
1 04/12/2009 Actualización de información referente al Diccionario de Parámetros BODC y el sistema de búsqueda en línea.
2 14/11/2014
Ajuste de estilo. Se amplió el glosario de términos y se reorganizó la metodología. Se eliminaron los anexos. Se amplió la información sobre la búsqueda de parámetros en el ITIS, WoRMS y en el Diccionario de Parámetros del BODC. Se actualizó la información sobre banderas de calidad. Se agregaron apartados sobre “Mejores Prácticas”.
3 06/04/2016
Se reorganizaron los temas de la primera etapa de normalización. Se agregaron recomendaciones del IODE para la asignación de nombres de conjuntos de datos y el manejo de carpetas en disco. Se actualizaron direcciones (URL) e imágenes de las aplicaciones web referenciadas. Se agregaron las características de archivo y entrega de datos.
2016
Una publicación digital de la
Dirección General Marítima (Dimar).
Teléfono: +57 (1) 727 220 0490
Bogotá D.C., Colombia www.dimar.mil.co
y el Centro Colombiano de Datos
Oceanográficos (Cecoldo).
Teléfono: +57 (1) 220 0490
Bogotá D.C., Colombia
https://cecoldo.dimar.mil.co
Ministerio de Defensa Nacional
Dirección General Marítima
Subdirección de Desarrollo Marítimo
Área Investigación Científica Marina
DIRECCIÓN
Contralmirante Pablo Emilio Romero Rojas
Director General Marítimo Dimar
Capitán de Navío Esteban Uribe Álzate
Coordinador General Dimar
Capitán de Fragata Germán Escobar Olaya
Subdirector de Desarrollo Marítimo
Capitán de Corbeta Jairo Eligio Orobio Sánchez
Coordinador Grupo de Investigación Científica y
Señalización Marítima
CONTENIDOS
Ruby Viviana Ortiz Martínez
Coordinadora Técnica del Cecoldo
COORDINACIÓN EDITORIAL
Milton Puentes Galindo
Responsable Área Investigación Científica
Marina
Ángela Liliana Losada García
Control de la Calidad de la Operación del
Cecoldo
EDITORIAL DIMAR
Guía para la Solicitud de Códigos de Parámetros Oceanográficos Versión 1 / 2016 por Dimar se encuentra bajo una licencia de Creative Commons Reconocimiento-NoComercial-CompartirIgual 4.0 Internacional.
La Guía para la Solicitud de Códigos de Parámetros Oceanográficos 2016 del Centro Colombiano de Datos Oceanográficos (Cecoldo) es una publicación institucional de la Subdirección de Desarrollo Marítimo de la Dirección General Marítima (Dimar). Es de carácter técnico e informativo; emitido anualmente y dirigido al sector marítimo, y a la comunidad científica y académica, en idioma Español y en formato electrónico. La información y conceptos expresados en esta publicación deben ser utilizados por los interesados bajo su responsabilidad y criterio. Sin embargo, se entiende que cualquier divergencia con lo publicado es de interés de la Dimar, por lo que se agradece el envío de sus correspondientes sugerencias. Este producto intelectual está protegido por el Copyright y cuenta con una política de acceso abierto para su consulta. Sus condiciones de reconocimiento, uso y distribución están definidas por el licenciamiento Creative Commons (CC), que expresa de antemano los derechos definidos por la Dimar.
CONTENIDO Pág. INTRODUCCIÓN ...3 1. OBJETIVO ...4 2. ALCANCE ...4 3. NORMATIVIDAD ...4 4. GLOSARIO ...4 5. DOCUMENTOS DE REFERENCIA ...5 6. METODOLOGÍA ...6 6.1. DATOS DEL SOLICITANTE ...6 6.2. DEFINICIÓN DEL PARÁMETRO...6 6.2.1. Modelo de capas del BODC ...6 6.2.2. Modelo semántico del BODC ...9 6.3. OBSERVACIONES ... 10 7. REGISTROS ... 10
INTRODUCCIÓN
Teniendo en cuenta la necesidad de aplicar estándares y mejores prácticas internacionales para gestionar adecuadamente los datos oceanográficos del país, la Dirección General Marítima (Dimar) a través del Centro Colombiano de Datos e Información Oceanográfica (Cecoldo), ha venido analizando, evaluando, y llevando a la práctica las recomendaciones del programa para el Intercambio Internacional de Datos e Información Oceanográfica (IODE) de la Comisión Oceanográfica Intergubernamental (COI).
Referente a la necesidad de codificar los parámetros oceanográficos para brindar información básica y normalizada sobre cada uno de ellos, se encontró que el Diccionario de Parámetros del BODC (British Oceanographic Data Centre) es una de las herramientas más completas que existen en la comunidad marina, para codificar datos de las disciplinas de oceanografía física, oceanografía química, oceanografía biológica, geológica marina, y meteorología marina.
Adicionalmente, el Diccionario de Parámetros del BODC ha sido adoptado por la Infraestructura Europea para la Gestión de Datos oceanográficos y Marinos a través de SeaDataNet, por lo que cuenta con un servicio en línea para realizar la consulta de códigos, así como sencillos métodos de exportación que le permiten a los Centros de datos contar con el Diccionario en formato CSV o en un esquema XML.
Los códigos del Diccionario de Parámetros del BODC se crean de manera sistemática y usando un modelo semántico especial. Además, el proceso de creación involucra el concurso de expertos asociados al BODC en las diferentes disciplinas de datos, quienes analizan la conveniencia de crear un nuevo código.
En el 2008 el Cecoldo adoptó el Diccionario de Parámetros del BODC, y desde entonces ha gestionado con este la creación de nuevos códigos de parámetros, especialmente para datos físicos, biológicos y químicos de la región Pacífica colombiana. Para adelantar esta gestión con el BODC, el Cecoldo debe recibir de los proveedores de datos información básica acerca de los parámetros que no encuentran en el Diccionario. Para lo anterior, el Cecoldo cuenta con el formato M8-FOR-013 Solicitud de Códigos de Parámetros Oceanográficos, cuyo diligenciamiento se explica en la presente guía.
1. OBJETIVO
Definir la metodología para diligenciar el formato M8-FOR-013 Solicitud de Códigos de Parámetros Oceanográficos, teniendo como referencia el modelo semántico del Diccionario de Parámetros del Centro Británico de Datos Oceanográficos (BODC).
2. ALCANCE
Esta metodología aplica para los datos obtenidos en tiempo real o en modo diferido, por la Dirección General Marítima y proveedores de datos asociados, para las disciplinas de datos de oceanografía física, oceanografía química, oceanografía biológica, meteorología marina y geología marina.
3. NORMATIVIDAD
Ley 1712 de 2014, por medio de la cual se crea la Ley de transparencia y del derecho de acceso a la información pública nacional y se dictan otras disposiciones.
Decreto Ley 2324 de 1984, por el cual se reorganiza la Dirección General Marítima y Portuaria. Decreto 5057 de 2009, por el cual se modifica parcialmente la estructura del Ministerio de
Defensa Nacional – Dirección General Marítima y se dictan otras disposiciones.
Decreto 0103 de 2015, por el cual se reglamenta parcialmente la Ley 1712 de 2014 y se dictan otras disposiciones.
4. GLOSARIO
Bandera de calidad. Son indicadores de la calidad de los datos oceanográficos. Proporcionan al usuario información clara sobre las medidas adoptadas para modificar los datos originales (brutos). Claves de la OMM. Se utiliza para el cifrado o codificación de observaciones de meteorología marina.
Código del parámetro. Etiqueta que se utiliza para identificar una variable oceanográfica, con lo que se le provee a los datos una descripción estándar evitando así una interpretación subjetiva del contenido de estos. De acuerdo al estándar de datos GF3, el código del parámetro es una llave que utilizando un modelo semántico específico, le adjunta a la variable información referente a qué se midió, cómo fue medido, y cuáles fueron las unidades de medición.
Conjunto de datos. También conocido como dataset, es un grupo de mediciones u observaciones oceanográficas. Más comúnmente un conjunto de datos corresponde a los contenidos de una única tabla o matriz de datos, donde cada columna de la tabla representa una variable en particular, y cada fila corresponde a un elemento del conjunto de datos.
Control de calidad. El objetivo del control de calidad de datos oceanográficos es asegurar la consistencia de los datos dentro de un mismo conjunto de datos y dentro de una colección de conjuntos de datos, y para garantizar que la calidad y los errores de los datos sean conocidos por el usuario.
Datos. Mediciones u observaciones oceanográficas.
Datos en tiempo real. Datos que se entregan inmediatamente después de su obtención. Esto se da de acuerdo a la programación de la transmisión del equipo de medición (Ej. minutos, horas, etc.). Diccionario de parámetros. Es una recopilación de vocabularios controlados para la administración de parámetros construido de manera sistemática y usando un modelo semántico especial. En el campo oceanográfico el más popular es el Diccionario de Parámetros del BODC (British
Oceanographic Data Centre).
Identificador Aphia. Identificador único utilizado en el Registro Mundial de Especies Marinas (WoRMS).
Modelo semántico. Es un modelo que representa un conjunto de atributos que describen una identidad bien definida, permitiendo de esta manera captar mejor el significado (semántica) de los datos contenidos en la base de datos.
Número de Serial taxonómico (TSN). Es un código numérico único y permanente asignado a un nombre taxonómico individual por el Sistema Integrado de Información Taxonómica (ITIS).
Número OMI. Son códigos numéricos únicos que utiliza la Organización Marítima Internacional (OMI) para identificar a los buques de tráfico internacional.
Parámetro. Variable formada por un espacio que contiene una cantidad de valores (datos) y un nombre simbólico (un identificador) que está asociado a dicho espacio.
Proveedor de datos. Es la persona o aplicación software autorizados para entregar y cargar datos en la Base de Datos del Cecoldo.
5. DOCUMENTOS DE REFERENCIA
Roy, L. (2015). The BODC Parameter Markup and Usage Vocabulary Semantic Model (1st ed.).
UK: British Oceanographic Data Centre. Recuperado de http://go- essp.gfdl.noaa.gov/presentations/06_06_05/Lowry/GO-ESSP_semantic_model.ppt%20[Read- Only].pdf.
Seadatanet (2014). (P011) BODC Parameter Usage Vocabulary. Recuperado 3 Marzo 2014,
de http://seadatanet.maris2.nl/v_bodc_vocab/search.asp?name=(P011)%20BODC+Parameter
+Usage+Vocabulary&l=P011.
Seadatanet (2014). SeaDataNet Common Data Index (CDI) V1. Recuperado 3 Marzo 2014, de http://seadatanet.maris2.nl/v_bodc_vocab/vocabrelations.aspx.
British Oceanographic Data Centre (2016). The British Oceanographic Data Centre (BODC)
Parameter Dictionary for marine data. Recuperado 3 Marzo 2014, de https://www.bodc.ac.uk/data/codes_and_formats/parameter_codes.
6. METODOLOGÍA
El formato M8-FOR-013 Solicitud de Códigos de Parámetros Oceanográficos está dividido en tres secciones que deben ser diligenciadas siguiendo las indicaciones de la presente guía y sin alterar su esquema. Las secciones del formato son:
1. Datos del solicitante 2. Definición del parámetro 3. Observaciones
A continuación se explica la información que debe tener en cuenta para diligenciar cada una de estas secciones.
6.1. DATOS DEL SOLICITANTE
En este primer apartado, el usuario solicitante deberá incluir la fecha, el nombre de la institución u organización que provee los datos, información de contacto (nombre completo, correo electrónico y número telefónico).
6.2. DEFINICIÓN DEL PARÁMETRO
En este apartado, se debe incluir la información de los parámetros cuyos códigos no fueron encontrados en el Diccionario de Parámetros del BODC. Como preámbulo a la definición del parámetro se dará una breve explicación del modelo de capas y el modelo conceptual del Diccionario.
6.2.1. Modelo de capas del BODC
El Diccionario de Parámetros del BODC está organizado en cuatro capas para facilitar su consulta, estas son: Disciplinas, Grupos, Vocabularios y Parámetros:
D025: Water column temperature and salinity.
TEMP: Temperature of the water column.
PSAL: Salinity of the water column. DISCIPLINAS (P081) GRUPOS (P031) VOCABULARIOS (P021) PARÁMETROS (P011) DS03: Physical oceanography PSSTTS01: Temperature of the water body by in-situ thermometer.
SSALSG01: Salinity of the water body by
Antes de hacer la solicitud es importante que agote todas las opciones en la búsqueda para evitar la solicitud de códigos de parámetros que ya existen. Par ello, tenga en cuenta que:
El BODC cuenta con dos sistemas de búsqueda:
El primero, a partir de la relación del parámetro y las demás capas de información disponible en http://seadatanet.maris2.nl/v_bodc_vocab/vocabrelations.aspx. Con este método el usuario podrá ir haciendo clic desde la capa superior (Disciplinas), pasando por las capas de Grupos y Vocabularios hasta encontrar el parámetro de interés.
El segundo, un sistema de búsqueda por términos disponible en http://seadatanet.maris2.nl/v_bodc_vocab/search.asp?name=(P011)%20BODC+Par ameter+Usage+Vocabulary&l=P011. Con este método, se escribe el término en el campo “Free search” y se hace clic en el botón “Search”.
La búsqueda de parámetros se debe hacer con términos en el idioma inglés.
Los códigos de los parámetros fecha, hora, latitud y longitud, y en general los parámetros de administración y dimensiones, se encuentran fácilmente utilizando la búsqueda por capas, en la disciplina “Administración y dimensiones”.
Para buscar parámetros medidos con un instrumento específico, es recomendable utilizar el término del nombre común abreviado del instrumento (Ej. ADCP) o el nombre del instrumento en idioma inglés (Ej. mass spectrometer), en lugar del nombre del parámetro (Ej. temperature), ya que este último le podría arrojar gran cantidad de registros coincidentes.
Para buscar códigos de banderas de calidad utilice el término Data quality flag.
Para buscar códigos específicos que provienen de otros sistemas, consulte el capítulo “Uso de Vocabularios” del documento M8-GUI-001 GUÍA PARA LA NORMALIZACIÓN DE CONJUNTOS DE DATOS OCEANOGRÁFICOS:
o Para observaciones de meteorología marina que han sido codificadas utilizando las claves de la OMM1, utilice el término de búsqueda WMO.
o Para datos recopilados en buques de tráfico internacional, utilice el término de búsqueda
IMO number.
o Si se trata de parámetros biológicos, utilice como término de búsqueda, bien sea el TSN o el identificador Aphia.
Si se trata de parámetros microbiológicos, expresados en Unidades Formadoras de Colonia (UFC), utilice los términos colony-forming units para la búsqueda.
Para buscar parámetros relacionados con Hidrocarburos Aromáticos Policíclicos (HAP), utilice la abreviación PAH como término de búsqueda.
Si a pesar de incluir términos muy concretos para la consulta, la lista de resultados sigue demasiado extensa (Ej. buscar suspended particulate material), entonces utilice la opción de exportar el resultado de su búsqueda para hacer un filtro mayor apoyándose en una hoja de cálculo.
1 World Meteorological Organization. 2011. Manual de claves: Claves internacionales. Volumen I.1. Parte A – Claves
alfanuméricas. Edición de 2011 [en línea] [03 de marzo de 2014].
6.2.2. Modelo semántico del BODC
Una vez agotadas todas las opciones de búsqueda en el Diccionario de Parámetros del BODC, proceda con la descripción de los parámetros que requiere codificar para realizar la solicitud al BODC.
Para ello deberá tener en cuenta el modelo semántico del Diccionario que se compone de tres temas:
Tema 1.
¿Qué? – Qué fue medido. Equivale al nombre de la medición u observación. A continuación se incluyen algunos ejemplos para diferentes disciplinas:
Temperatura
Concentración de oxígeno disuelto Abundancia de zooplancton Presión atmosférica
Concentración de metales Abundancia de peces Tema 2.
¿Dónde? – Dónde fue medido. No hace referencia a la distribución geográfica del parámetro sino a la relación de la variable con el medio en el que fue recolectado. A continuación se incluyen algunos ejemplos para diferentes disciplinas:
Por unidad de volumen en la columna de agua Por unidad de área en la columna de agua En el cuerpo de agua
En la atmósfera
Por unidad de peso húmedo del organismo Por unidad de peso seco del sedimento
Adicionalmente, para algunos parámetros se deben incluir elementos adicionales para lograr una completa caracterización de la variable. Por ejemplo, el modelo semántico del BODC recomienda cuatro campos para las variables relacionadas con sedimentos:
i. Nombre: sedimento
ii. Subgrupo del nombre: <63um
iii. Fase: particulado, aerosol, gaseoso, disuelto, etc. iv. Subgrupo de la fase: >GF/F, 22-20um
Tema 3.
¿Cómo? – Cómo fue medido. Considera tres elementos representados en una única descripción, estos son:
i. Procesamiento de la muestra: Ej. Incubación en luz natural. ii. Análisis: Ej. Conteo proporcional.
Una vez identificados los tres temas, podrá proceder con la definición del parámetro en el formato M8-FOR-013 Solicitud de Códigos de Parámetros Oceanográficos. Debe apoyarse en las definiciones de parámetros que ya se encuentren codificados en el Diccionario y que más se aproximen a la descripción de su(s) parámetro(s).
Tema 1. ¿Qué? Tema 2. ¿Dónde? Tema 3. ¿Cómo? Definición del parámetro
Blenniidae
ITIS: 171124 WoRMS 125519
En el cuerpo de agua por unidad de volumen
Microscopio óptico Abundance of Blenniidae (ITIS:
171124: WoRMS 125519) per unit volume of the water body by optical microscopy.
Temperatura En la atmósfera Termómetro de bulbo seco
Temperature of the atmosphere by dry bulb thermometer.
Profundidad En el cuerpo de agua Sensor de presión y conversión usando un algoritmo no especificado
Depth below surface of the water body by fixed in-situ pressure sensor and conversion to depth using unspecified algorithm
Concentración de nitrógeno (total) Por unidad de peso seco de material suspendido Particulado >GF/F Filtración y análisis
Concentration of nitrogen (total) per unit dry weight of suspended particulate material >GF/F by filtration and elemental analysis
6.3. OBSERVACIONES
Para finalizar, incluya las observaciones o comentarios que desee realizar y que puedan ayudar a la definición del parámetro que se solicitará al BODC.
7. REGISTROS
CONTROL DE CAMBIOS
VERSIÓN FECHA
dd/mm/aaaa DESCRIPCIÓN DEL CAMBIO
0 14/11/2014 Versión inicial.
Una publicación digital de la
Dirección General Marítima (Dimar).
Teléfono: +57 (1) 727 220 0490
Bogotá D.C., Colombia www.dimar.mil.co
y el Centro Colombiano de Datos
Oceanográficos (Cecoldo).
Teléfono: +57 (1) 220 0490
Bogotá D.C., Colombia
https://cecoldo.dimar.mil.co
Ministerio de Defensa Nacional
Dirección General Marítima
Subdirección de Desarrollo Marítimo
Área Investigación Científica Marina
DIRECCIÓN
Contralmirante Pablo Emilio Romero Rojas
Director General Marítimo Dimar
Capitán de Navío Esteban Uribe Álzate
Coordinador General Dimar
Capitán de Fragata German Escobar Olaya
Subdirector de Desarrollo Marítimo
Capitán de Corbeta Jairo Eligio Orobio Sanchez
Coordinador Grupo de Investigación Científica y
Señalización Marítima
CONTENIDOS
Ruby Viviana Ortiz Martínez
Coordinadora Técnica del Cecoldo
COORDINACIÓN EDITORIAL
Milton Puentes Galindo
Responsable Área Investigación Científica Marina
Ángela Liliana Losada García
Control de la Calidad de la Operación del Cecoldo
EDITORIAL DIMAR
Guía para la Documentación de Metadatos de Conjuntos de Datos Oceanográficos Versión 2 / 2016 por Dimar se encuentra bajo una
licencia de Creative Commons Reconocimiento-NoComercial- CompartirIgual 4.0 Internacional.
La Guía para la Documentación de Metadatos de Conjuntos de Datos Oceanográficos 2016 del Centro Colombiano de Datos Oceanográficos (Cecoldo) es una publicación institucional de la Subdirección de Desarrollo Marítimo de la Dirección General Marítima (Dimar). Es de carácter técnico e informativo; emitido anualmente y dirigido al sector marítimo, y a la comunidad científica y académica, en idioma Español y en formato electrónico. La información y conceptos expresados en esta publicación deben ser utilizados por los interesados bajo su responsabilidad y criterio. Sin embargo, se entiende que cualquier divergencia con lo publicado es de interés de la Dimar, por lo que se agradece el envío de sus correspondientes sugerencias. Este producto intelectual está protegido por el Copyright y cuenta con una política de acceso abierto para su consulta. Sus condiciones de reconocimiento, uso y distribución están definidas por el licenciamiento Creative Commons (CC), que expresa de antemano los derechos definidos por la Dimar.
CONTENIDO Pág. INTRODUCCIÓN ...3 1. OBJETIVO ...4 2. ALCANCE ...4 3. NORMATIVIDAD ...4 4. GLOSARIO ...4 5. DOCUMENTOS DE REFERENCIA ...5 6. METODOLOGÍA ...6 6.1. PASO 1. IDENTIFICAR INVOLUCRADOS ...6 6.2. PASO 2. ESTABLECER CONTACTO ...6 6.3. PASO 3: RECOPILAR INFORMACIÓN ...7 6.4. PASO 4: DOCUMENTAR EL METADATO ...7 6.4.1. Metadato ... 10 6.4.2. Identificación ... 12 6.4.3. Referencia Espacial ... 17 6.4.4. Distribución ... 18 6.4.5. Control de calidad ... 19 7. REGISTROS ... 22
INTRODUCCIÓN
La presenta guía describe los pasos necesarios documentar metadatos de conjuntos de datos de las disciplinas de oceanografía física, oceanografía química, oceanografía biológica, meteorología marina, y geología marina, que serán gestionados a través del Catálogo de Metadatos del Centro