Case Study of SCOPF

En general, les dades disponibles sobre la variació dels polimorfismes estudiats al gen NOS1 (taula IV.3) són relativament escases i, per alguns dels microsatèl·lits, els articles publicats no aporten les dades de freqüències sinó només per rangs de mida dels al·lels. A més, s’ha de tenir en compte que les dades disponibles corresponen a estudis epidemiològics i les freqüències al·lèliques corresponents a les mostres controls (en el cas d’estudis cas-control) han de ser utilitzades amb precaució, ja que els criteris emprats per garantir l’homogeneïtat poblacional dels individus no són els mateixos que habitualment s’utilitzen en els estudis de genètica de poblacions humanes.

Sobre el microsatèl·lit 5’-(GT)n, les úniques dades trobades a la bibliografia són

corresponen a una mostra d'individus britànics. Encara que amb petites diferències, aquestes dades mostren una distribució de freqüències semblant a la detectada en les poblacions analitzades en aquest treball, amb una freqüència agrupada al voltant dels al·lels de 19, 24, 28 i 30 repeticions.

Pel trinucleòtid (AAT)n, s’han recollit de la bibliografia dades sobre la variació

d’aquest microsatèl·lit en mostres de britànics, francesos, pacients caucàsics de fibrosi quística i caucàsics sans. Aquestes dades indiquen una baixa variació de les freqüències al·lèliques entre poblacions d’origen caucàsic. Per contra, una mostra

d'afroamericans mostra un patró de distribució diferent, amb una freqüència de l’al·lel de 10 repeticions de 0.110 (en contraposició a les freqüències de 0.44-0.53 observades en les poblacions d’origen europeu) i freqüències de 0.338 i 0.114 pels al·lels de 14 i 15 repeticions (que són de 0.11-0.20 i 0.02-0.06, respectivament, en les poblacions europees). Les poblacions berbers analitzades presenten un patró que s'aproxima al de la mostra d'afroamericans, tot i que lleugerament atenuat. En relació al polimorfisme C3391T, s’han descrit freqüències de l’al·lel T de 0.33- 0.37 en mostres de caucàsics, alemanys i suecs i francesos. Aquestes freqüències s’emmarquen en el rang de variació observat per la majoria de poblacions analitzades en aquest estudi, i fan destacar encara més les freqüències de l’al·lel T presentades per les poblacions del Centre i Sud de la Península i del Mig Atles (0.45-0.54).

Referència N Origen Freqüències al·lèliques

5’-(GT)n 19 20 24 28 29 30 31 33 Chung et al., 1996 60 UK 0.200 0.028 0.182 0.173 0.090 0.282 0.027 0.009 (AAT)n 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 Chung et al., 1996 110 UK 0.000 0.009 0.082 0.463 0.005 0.009 0.227 0.141 0.050 0.014 Twells et al., 1995 88 França 0.000 0.000 0.017 0.526 0.000 0.017 0.267 0.155 0.017 0.000 Grasemann et al., 2000 75 Pacients CF 0.000 0.000 0.047 0.453 0.007 0.013 0.220 0.193 0.060 0.007 Grasemann

et al., 1999a 105 Afroameric. 0.019 0.010 0.033 0.110 0.038 0.110 0.214 0.338 0.114 0.014 Grasemann

et al., 1999a 305 Caucàsics 0.003 0.003 0.053 0.438 0.010 0.010 0.267 0.161 0.053 0.003

C3391T C T Grasemann et al., 1999b 228 Caucàsics 0.670 0.330 Immervoll et al., 2001 127 Alemanya/ Suècia 0.633 0.367 Levecque et al., 2003 482 França 0.675 0.325 3’-(GT)n 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 Grasemann

et al., 1999a 105 Afroameric. 0.000 0.067 0.043 0.405 0.295 0.133 0.014 0.038 0.005 0.000 Grasemann

et al., 1999a 305 Caucàsics 0.000 0.002 0.005 0.770 0.123 0.015 0.013 0.071 0.002 0.000 Takahashi et

al., 1997 147 Japó 0.000 0.207 0.010 0.650 0.116 0.007 0.007 0.000 0.000 0.000

Taula IV.3. Freqüències al·lèliques dels polimorfismes del gen NOS1 recollides de la bibliografia.

La variació prèviament descrita pel microsatèl·lit 3’-(GT)n mostra diferències amb

el 77% de la freqüència en caucàsics de Boston, el 40.5% en afroamericans, i el 62% en japonesos; a més, l’al·lel de 18 repeticions presenta freqüències de 0.12, en caucàsics i japonesos, i 0.30, en afroamericans. La freqüència de l’al·lel de 17 repeticions és superior en gairebé totes les poblacions analitzades en aquest treball. Únicament la mostra d’Alemanya (amb freqüències de 0.79 i 0.11, pels al·lels de 17 i 18 repeticions, respectivament), mostra un patró de freqüències semblant al presentat pels caucàsics de Boston. La resta de poblacions presenta una diversitat menor que aquestes dues poblacions, i molt menor que les mostres de japonesos i afroamericans.

DESEQUILIBRI DE LLIGAMENT

La presència de desequilibri de lligament entre totes les parelles de polimorfismes s’ha estimat mitjançant el mètode descrit per Black i Krafsur (1985), implementat en el programa GENETIX. Els valors de ¨’ han estat calculats per les parelles de polimorfismes i poblacions que presentaven desequilibri de lligament significatiu. Els resultats principals es mostren a la figura IV.3 i a la taula IV.4. Cal remarcar que en el conjunt de tots els individus estudiats, totes les anàlisis entre parelles de marcadors mostren un considerable desequilibri de lligament (p<0.001 per totes les comparacions).

Figura IV.3. Representació del desequilibri de lligament detectat entre marcadors del gen NOS1 en les diferents poblacions analitzades. El color indica el grau de significació del desequilibri de lligament codificat com recull la llegenda.

La distribució del desequilibri de lligament entre poblacions indica que la població que mostra un major grau de desequilibri de lligament al llarg del locus NOS1 és la del Nord de la Península, ja que és l’única que presenta desequilibri de lligament significatiu per totes les parelles de marcadors amb valors de ¨’ d’entre els més elevats. S-IBER i SAR-I mostren també un remarcable desequilibri de lligament. D’altra banda, les poblacions que mostren menys desequilibri de lligament són les de C-IBER, SAR-C i ALEM.

N-IBER C-IBER S-IBER M-ATL A-ATL SAR-C SAR-I S-FRA ALEM 5’-(GT)n/ ¨’ 0.2643 0.3220 0.2379 - 0.2383 - - 0.2231 - (AAT)n p 0.0001 0.0007 0.0001 0.1736 0.0001 0.4794 0.4371 0.0061 0.0557 N 82 83 104 81 68 72 68 88 40 5’-(GT)n/ ¨’ 0.2920 - 0.2146 0.1885 - - 0.2064 - 0.3615 C3391T p 0.0010 0.0840 0.0005 0.0067 0.2027 0.4769 0.0267 0.5282 0.0075 N 88 79 112 78 59 71 71 74 32 5’-(GT)n/ ¨’ 0.3282 0.3102 0.2801 - 0.3653 - 0.3898 0.2872 0.2336 3’-(GT)n p 0.0001 0.0001 0.0004 0.9743 0.0001 0.7307 0.0024 0.0003 0.0047 N 93 82 99 87 65 82 75 92 41 (AAT)n/ ¨’ 0.3124 - 0.3448 0.2999 0.2495 0.2254 0.2444 0.3113 0.3349 C3391T p 0.0001 0.0547 0.0001 0.0001 0.0161 0.0047 0.0069 0.0001 0.0054 N 92 83 108 86 62 70 76 72 37 (AAT)n/ ¨’ 0.1516 - - 0.2728 0.1699 0.2993 0.2233 0.2167 - 3’-(GT)n p 0.0001 0.4519 0.1035 0.0001 0.0014 0.0001 0.0001 0.0209 0.6456 N 97 87 101 102 70 81 80 90 48 C3391T / ¨’ 0.1142 - 0.4422 0.1298 - - 0.3010 - - 3’-(GT)n p 0.0290 0.2671 0.0004 0.0138 0.1322 0.7581 0.0165 0.2609 0.2437 N 105 86 101 91 59 80 83 76 38

Taula IV.4. Valors de ¨’, probabilitats de desequilibri de lligament i nombre d’individus per les parelles de marcadors del gen NOS1.

Pel que fa a les parelles de marcadors, la que mostra un major grau de desequilibri de lligament és la formada pel trinucleòtid (AAT)n i el SNP C3391T. Aquests dos

polimorfismes presenten desequilibri de lligament en totes les poblacions excepte en la del Centre de la Península. No resulta sorprenent donat que aquests dos són els marcadors que es troben més propers entre sí (16.12 Kb). El que resulta remarcable és el desequilibri de lligament observat entre els dinucleòtids 5’-(GT)n i

3’-(GT)n; malgrat que aquests dos marcadors es troben separats per unes 147 Kb,

totes les poblacions excepte Mig Atles i Costa de Sardenya mostren un desequilibri de lligament significatiu.

A l’altre extrem es troba la parella C3391T/3’-(GT)n, que només presenta

desequilibri de lligament en quatre de les poblacions, en algunes de les quals amb els valors més baixos de ¨’ (0.1142 i 0.1248, per exemple, en les mostres de N-IBER i M-ATL).