Con el mismo sentido práctico que caracteriza a estos hombres, se van a dar cuenta, al igual que lo hiciera Manuel González Prada, de la existencia de una realidad con la cual es menester contar: el indígena. Mientras que otros países como México y la Argentina, en esta misma etapa de su desarrollo, no ven en el indígena sino un elemento negativo, algunos de los positivistas peruanos se empeñarán en mostrar el aspecto positivo del mismo, pese a todos sus defectos, ya que éstos no son sino fruto de circunstancias provocadas por el blanco.
Villarán es el que defiende con más calor este punto de vista positivo sobre el indígena. “Piensan muchos —dice— que esa gran mayoría de habitantes, los moradores aborígenes, constituyen un factor negativo de la nacionalidad, y bajo esa errónea idea, ponen su única esperanza en afirmar nuestra nación sin el indio y a pesar de él, con gente traída de Europa para reemplazarlo y acaso extinguirlo” (Villarán 1908). No era el camino seguido por los Estados Unidos o la Argentina el más indicado para el Perú. El indio, a diferencia de estos países, formaba la gran mayoría de la población. En sus espaldas se había apoyado una economía de siglos. No era tan negativo, todo lo contrario: toda una sociedad había podido subsistir contando con su trabajo. De este tipo de explotación se habían originado todos los males, pero no era esto culpa de él, sino de sus explotadores. Así, lo importante era regenerar al indígena, orientando su capacidad de trabajo por el camino que lo dignificase y con él a la nación de la cual era parte muy importante.
Se considera al indio como una clase parasitaria, que no produce. Mal se podía decir tal cosa del indio, ya que él había sido la fuente de muchas formas de explotación. Cierto, el indio no produce como lo haría si el fruto de su trabajo fuese para su propio bienestar. Además, el indio carece de campo de acción donde desarrollar su propio esfuerzo, ya que ha sido despojado de sus tierras y aislado del resto de la sociedad. “Comuníquense las ciudades con los valles y altiplanicies —dice Villarán—, trácense vías comerciales entre los lugares más poblados de la sierra y la costa, y los millones de los hoy miserables indios se levantarán de su forzada inercia
y, a la vuelta de pocos años, han de ser, tal vez, más ricos y más poderosos que nosotros” (Villarán 1908).
Es falso que el indio sea un incapaz y un degenerado. “Es hoy, como en los tiempos de su grandeza, sano y fuerte, sobrio y prolífico. Las hazañas de ingenio y de trabajo que levantaron el monumento de la civilización de los incas, pueden repetirse hoy, engrandecidas por el auxilio de las ciencias y las artes modernas”. En vez de explotarlo, hay que darle los recursos necesarios a la explotación para que haga fructificar su medio. La ciencia puesta a su servicio hará de él un pueblo vigoroso y activo. “Si conseguimos darle facilidades para que pueda enriquecerse y educarse, el porvenir nos reserva, podemos estar ciertos, cambios inesperados”. La mejor manera de educarlo es romper el aislamiento a que se le ha sometido, poniéndolo en contacto con el blanco que trabaja. “Un distinguido ingeniero, conocedor profundo del indígena, decía que el martillo y la llave inglesa tienen, por hoy, para el indio, más poder educativo que el alfabeto”. Esto no quiere decir que se haya de “rehusar a la raza aborigen el universal instrumento de la educación escolar, sino de ofrecerle, al mismo tiempo, la educación objetiva del trabajo y del ejemplo; la escuela aparece entonces, no como el comienzo de la cultura, sino como el auxiliar de ella” (Villarán 1908).
Ante un proyecto de ley mediante el cual se quiere quitar a los analfabetos el derecho al voto, Mariano Cornejo reacciona impugnándolo. Quitar el voto al que no sabe leer, dice, es quitar el último derecho al indígena. “Queréis quitar los derechos políticos a una raza que es la base de la nación” (Cornejo 1902). A estos hombres, “que os dan los recursos para vuestras haciendas y que cuando hay una guerra nacional atraviesan desiertos inmensos y van a morir a la frontera por el honor del pabellón, y cuando hay una guerra civil vienen a las calles de Lima a defender, descalzos y desnudos, el orden constitucional”. A estos “hombres queréis negarles todos los derechos y dejarles todos los deberes”. El amor a la patria no es algo que sólo puede aprenderse en las escuelas. “El amor a la patria es un instinto de la naturaleza, lo mismo que el amor a la familia y a la humanidad. Existe en todos los pueblos pegados a la naturaleza” y, por lo tanto, en el indígena. Pensar lo contrario, apoyados en un puro sentimiento de utilidad, es desconocer por completo la realidad. Y más concretamente, en defensa del indígena, Cornejo apoya una proposición para que sea reglamentado el trabajo del indígena, de manera que obtenga del Estado la protección de sus derechos. En contra de esta tesis no vale hablar de la libertad de trabajo, a la manera como lo entendía la escuela liberal; tal libertad no existe en la realidad y se presta a múltiples abusos. En las escuelas liberales, decía, “la libertad, en materia del contrato de trabajo, es todo; no hay que desconocer que el trabajador tiene facultad para vender su trabajo al precio que guste y en la forma que quiera”. Pero esta tesis es falsa y pasada por la misma razón. Los hombres “se han convencido de que esa libertad no existe [...] que el individuo que lucha contra el hambre y la necesidad se encuentra en la obligación de aceptar lo que se le propone”. Por esta causa “hoy los legisladores más conservadores son intervencionistas; establecen la protección del Estado al trabajo y su constante vigilancia, para evitar que bajo la apariencia de una libertad engañosa, la necesidad económica resulte cadena de opresión temible, que obligue al trabajador a someterse a duras condiciones, dictadas por el imperio arbitrario de su patrón”. Ahora bien, “¿quién puede negar que ésa es, en la mayor parte de los casos, la condición de los indígenas?” (Cornejo 1902).