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José Sebastián de Goyeneche y Barreda nació en la ciudad de Arequipa el 19 de enero de 1784. Hijo del capitán español Juan Crisóstomo de Goyeneche y Aguerrevere, que llego al Perú hacia 1765, y de María Josefa Barreda y Benavides, perteneciente a la nobleza local. Sus primeros estudios los realizo particularmente, bajo la dirección del presbítero Nicolás Gallegos. Luego paso al Colegio de la Merced, donde curso filosofía. Para después que termino, estudia los cuatro libros de la Instituta o Leyes, bajo la dirección del abogado Antonio Valdez. Recién entonces viajó a Lima, con el propósito de continuar sus estudios facultativos. De ahí que ingreso al convictorio de San Carlos, allá por 1804, así como también a la Universidad Mayor de San Marcos; recibiéndose de abogado ante la Real Audiencia de Lima en 1808 cuando se incorporo al Colegio de Abogados de Lima, entre sus miembros fundadores.
Enseñó Teología como catedrático en San Marcos. Ya como abogado, fue nombrado asesor de Tribunal del Consulado, y más tarde, asesor de Tribunal del Minería y abogado defensor de pobres.
Sin embargo deseaba vivamente entregarse al servicio de Dios y de su iglesia, para lo cual abrazó la carrera eclesiástica. Siendo el obispo Chávez de la Rosa quien hallándose en Lima, lo ordeno de sacerdote el 31 de mayo de 1807. Y como tal celebro su primera misa en el convento de la Merced, primeramente en calidad de interino y después de propietario, hasta ser promovido a una canonjía de merced en la Catedral de Arequipa. También fue nombrado Examinador Sinodal de las Diócesis de Charcas, Cusco, Santa Cruz de la Sierra y La Paz en 1808 y 1809.
Con motivo de la toma de Arequipa, por el insurgente Pumacahua, Goyeneche emigro a Lima en 1814. Durante su permanencia allí hasta 1815, recibió el titulo de inquisidor apostólico honorario de Limas. A su regreso a Arequipa, fue nombrado, con beneplácito del cabildo eclesiástico. Vicario Capitular en Sede Vacante, a raíz de la muerte del obispo La Encina, acaecida la noche del 18 de enero de 1816. Algún tiempo después, el rey Fernando VII presento a José Sebastián de Goyeneche para obispo de Arequipa y fue preconizado por el Papa Pío VII, en el consistorio del 14 de abril de 1817. Lo consagro el arzobispo de Lima, Bartolomé María de las Heras, en acto que contó con la presencia del virrey Joaquín de la Pezuela. En Arequipa el júbilo fue grande, un hijo de esta tierra tomaba por primera vez el báculo de la Diócesis.
Inaugurado su gobierno con un adicto exhortatorio a los párrocos, tuvo la oportunidad de informar a su rey que la Inquisición quedaba abolida, asó como las mitas, repartimientos de indios y de la pena de azotes. En verdad, son años difíciles los que toco vivir a Goyeneche, precozmente a causa de las luchas independientes. Por tal razón, cuando renuncio a su prelacía el arzobispo Las Heras, el virrey La Serna dispuso desde el Cusco, que monseñor Goyeneche, como el prelado mas antiguo del virreinato peruano, ejerciera las funciones de Metropolitano, según providencia del 10 de julio de 1822.
Su fidelidad a la causa realista hizo pensar al rey de España en trasladarlo a la silla arzobispal de Granada, como un premio y reconocimiento a sus antiguos servicios e indiscutibles meritos. Sin embargo, el obispo Goyeneche rehusó la propuesta por no abandonar su lar nativo y a si feligresía arequipeña, menos aun en momentos tan difíciles para el Perú.
Fue Goyeneche quien dispuso que los dignatarios eclesiásticos, cabildo, clero regular y secular de la ciudad de Arequipa, juraran solemnemente la independencia en la Basílica Catedral el primero de febrero de 1825. Si bien entonces la situación política era otra, distinta al régimen colonial y por lo mismo proclive a contemporizar, Goyeneche, por su parte, invoco a Dios.
Como al único que serviría en todo momento, lejos de cualquier partidismo. Así se lo hizo saber al Libertador Bolívar, cuando este estuvo de paso por Arequipa entre mayo y junio de 1825.
Al proclamar la independencia, la curia romana quedó sin fuentes de información para saber la marcha de los problemas eclesiásticos en estos lugares y sin un personero legitimo que ejecutase sus providencias. Para salvar estos y otros inconvenientes, el Papa Gregorio XVI nombro a Goyeneche, obispo de Arequipa, Delegado Apostólico y visitador de regulares de ambos sexos en el Perú, a partir de 1832. Prelado domestico de su santidad y asistente al Sacro Solio Pontificio, en 1836 desempeña el alto cargo de ministro plenipotenciario por el Estado Sudperuano en el congreso reunido en Tacna, que elaboro la ley fundamental de la confederación Perú – Boliviana (1837). Son cerca
de 42 años que duro su episcopado en Arequipa, durante los cuales defendió los fueros de la política criolla.
Elegido arzobispo de Lima y presentado a su Santidad Pio IX, fue preconizado el 26 de septiembre de 1859, recibiendo la investidura del sagrado palio de manos del obispo de Trujillo, monseñor Orueta y Castrillón, el 19 de octubre de 1860, en presencia de los obispos Bartolomé Herrera de Arequipa y Pedro José Tordota titular de Tiberiópolis. Es cierto que hubo mucho interés por elevar a monseñor Goyeneche al Cardenalato; pero sin éxito. Arequipeño ilustre, fue además un gran benefactor de la ciudad que lo viera