El desarrollo de nuevos marcadores presentado aquí, así como el análisis de datos de segregación de otros marcadores desarrollados por otros laboratorios, ha permitido la construcción de un nuevo mapa formado casi en su totalidad por marcadores de tipo PCR (294, de los cuales 210 son SSRs) y un marcador morfológico (r). La densidad del mapa es de un marcador cada 1,87 centiMorgans. Este valor es un 19,7% menor al obtenido por Sargent et al. (2006), un 25,8% menor al de Vilanova et al. (2008) y un 16,8% mayor al obtenido por Ruiz-Rojas et al. (2010).
La simplicidad técnica del genotipado con marcadores SSR ha sido esencial para conseguir un amplio set de datos de segregación con un mayor número de individuos analizados, mejorando considerablemente el poder de resolución del mapeo de los nuevos marcadores con respecto al mapeo de RFLPs de Vilanova et al. (2008). Las amplias distancias genéticas obtenidas por estos autores podrían ser atribuídas al origen eucromático de las sondas empleadas en el desarrollo de los
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marcadores, ya que el 70% de SSRs de FV x FB son de origen genómico. En ocasiones, los marcadores de origen genómico se localizan en regiones centroméricas o teloméricas (Edmé et al. 2006) generando clusters de marcadores (Liebhard et al. 2002; Sargent et al. 2004a), ya que la recombinación en estos loci no es aleatoria, sino que responde al control ejercido por centrómeros y telómeros que, normalmente, suprimen la recombinación durante la meiosis de los gametos (Simchen y Hugerat, 1993; Dawe, 1998). En las regiones eucromáticas, en cambio, la tasa de recombinación es mayor y, en consecuencia, el ligamiento es menor. Sin embargo, el trabajo de Vilanova et al. (2008) no constata la expresión de los ESTs de P. persica en fresa, por lo que las distancias genéticas descritas pudieron deberse a artefactos instrumentales asociados a la tecnología empleada. Al sustituir estos marcadores por otros de tipo PCR, el orden que ocupan los marcadores AC32, AC24 y AG53 situados en de uno de los extremos del GL4 del mapa de Vilanova et al. (2008) ha quedado invertido en esta investigación, una vez definida la posición de sus marcadores asociados, CFV-3135, CFV-3138 y CFV-3819, que pasan a formar parte de regiones más centrales del grupo. Igualmente, la posición relativa de los marcadores situados en uno de los extremos del GL7 de Vilanova et al. (2008), MC45 y CoMET se mantiene, pero sus marcadores asociados, un SSR y un SNP, cambian su posición; el marcador CFV-3117, que mantiene una distancia física de 16 kpb con MC45, pasa de ocupar la posición 81.7 cM del mapa de Vilanova et al. (2008) a la posición 16.1 cM en el mapa desarrollado aquí. MC45, del que se han detectado secuencias parálogas tanto mediante
southern blot (Vilanova et al. 2008) como in silico aquí (tabla 4), fue mapeado empleando sólo 26
individuos, por lo que es probable que se corresponda con el locus CFV-3117, aunque no podemos concluir que así sea. No se han encontrado duplicaciones del marcador CoMET, que ocupa la posición 90,3cM del grupo en el mapa de Vilanova et al. (2008). Sin embargo, el SNP segregante detectado en el amplicón generado por el par de cebadores CFV-3217 ocupó la posición 51,7 cM de nuestro mapa, cosegregando con EMFv023, reduciendo la longitud del grupo de ligamiento en 26 cM.
La identificación de un SSR de herencia codominante cosegregando con EMFv164, de herencia dominante, y por tanto, menos informativo, ha permitido cerrar el gap que Sargent et al. (2004a, 2006, 2008) y Vilanova et al. (2008) definieron al final del GL1. Igualmente, la caracterización del locus CFV183 ha permitido demostrar que la distancia genética que separaba al marcador EMFv183 del resto de marcadores del grupo es de origen instrumental y no genético.
Aunque la presencia de clusters de marcadores estrechamente ligados es menor aquí que en otras versiones del mapa, pueden identificarse grupos de hasta ocho marcadores ocupando la misma posición (posición 57.8 cM del GL1, por ejemplo). Este fenómeno ha sido descrito en numerosas
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ocasiones en otras especies como el tomate (Arenshchenkova y Ganal, 1999), donde los autores localizan estas regiones en los centrómeros de los cromosomas, ya que la recombinación está generalmente reprimida, dando una errónea impresión de proximidad entre marcadores. Este patrón ha sido también descrito en diversos cultivos como Phaseolus (Blair et al. 2003), Helianthus (Tang et
al. 2002), Pinus (Elsik y Williams 2001) o Hordeum vulgare (Li et al. 2003). Ramsay et al. (2000)
señalaron que la supresión de la recombinación en las regiones centroméricas en cebada puede estar acentuada en cruzamientos entre especies alejadas filogenéticamente. Dado que la población FV x FB deriva de un cruzamiento interespecífico, la lejanía filogenética podría ser uno de los factores implicados en la presencia de clusters de marcadores en el mapa de referencia de Fragaria (Sargent
et al. 2006).
El bin set creado por Sargent et al. (2008) contenía 46 bins y fue generado a partir de los datos de segregación de 200 marcadores moleculares y 3 marcadores morfológicos. Tras la adición de 94 nuevos marcadores al mapa de referencia de Fragaria, el mapa de bins de Sargent et al. (2008) se ha visto sensiblemente modificado y queda ahora formado por 49 bins, tras la aparición de los bins II:62, III:21, IV: 66 y VII:58 y la desaparición del bin II:88, localizado en el extemo del GL2 y definido únicamente por el marcador EMFv183. El marcador CFV183, que sustituye a EMFv183, ha sido incluido en el bin contiguo, II:66. El número de bins dobles se ha mantenido respecto a la versión anterior. Sin embargo, hemos reducido el número de bins no descritos (aquellos que teóricamente deben existir pero que no han sido observados hasta el momento, por ausencia de marcadores ligados a ellos), que ha pasado de 9 a 8 en esta investigación.
El mapa genético generado aquí proporciona una nueva plataforma compuesta exclusivamente por marcadores de tipo PCR para el desarrollo de nuevos recursos genómicos en Fragaria, abriendo las puertas al uso en gran escala de sus marcadores moleculares para el avance en la mejora asistida por marcadores en fresa. Su naturaleza interespecífica garantiza un alto nivel de polimorfismos, esencial para la localización de genes de función conocida, que son menos polimórficos en poblaciones intraespecíficas (Deng y Davis, 2001). Si tenemos en cuenta las relaciones de sintenia y colinearidad identificadas por otros autores entre los genomas diploide y octoploide (Sargent et al. 2009b, Rousseau-Gueutin et al. 2008), los marcadores desarrollados y/o analizados en este trabajo podrán ser analizados en otras poblaciones de Fragaria, tanto silvestres como cultivadas, siendo de gran utilidad para saturar mapas en regiones sinténicas poco caracterizadas, como sucede en la gran mayoría de mapas de Fragaria x ananassa. Además, la mejora en la caracterización de los bins del mapa de Fragaria supone un avance para el mapeo selectivo de nuevos loci en el mapa de
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referencia, que pueden ser transferidos a otras poblaciones en función de su localización en el mapa de bins. Dicho mapa queda ahora reforzado por un mayor número de marcadores al empleado por Sargent et al. (2008), que ha resultado ser de gran utilidad para el mapeo selectivo de nuevos marcadores desarrollados en este trabajo.
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