© 2 0 1 1
K
e vi
nW
i l l i
am
M
y
e r sA
L L R I
G
H T S R E S E R V E D
A
b s t r a c t
A
g
ric u
l
tu r e
in
th
eU
ni
te
d St
at
e sh
a s sh i f
t
ed f
r om
sm
al l
op
e r at
io n s
t
ola r
g
e ri
nd
u st
ri
al
op
e r at
io n s
.T h
e ef f
e ct
s of
t
h is s
h i f
t
o nw
at
e rq
u al i
t
y
h
a v e n ot
b
e e nw
el l
c
h
a r a cte r
i
z ed
T h is s
t
ud
y
e v al
u at
ed m i
c r ob i
al w
at
e rq
ua
l i
t y
in
s u rfa c e
w
at
e r s ad
j
a
c e nt t
o
s
w i
n ela
g
o o nw
a st
e sp
r ay
f
i el d
s.S
u rf
a c ew
at
e r s am p l
e s(
n=
18
9
)
w
e r e c ol le c
t
ed w
e ek l y
f
r om m i d
-F
eb
r u a ry
t
om i d
-A
ug
u st
2 0 10
a nd
t
h
e nm
o nt
h l y
t
h
r o ug h m i d
-J
a n u a r
y
2 0 1 1
f
r om
p
ub l i
c a c c e s sw
at
e r si
np
r o xi m i
t
y t
o sw i
n el
ag
o o n sp
r ay
fi
el d
sin
D
up
l i
nC
o u nt y
,N
o rt
h
C
a r ol i
n a.W
at
e r s am
p
l
e s e x c e ed
ed f
ed
e r al
a nd
st
at
e s u rf
a c ew
at
e rq
u al i
t
y
c rit
e ria
f
o rf
e c al
c ol i f
o rm
s3
8
%
of
t
h
et
i m
e, a nd
e x c e ed
ed
E P A
r e c om m
e nd
ed
c ri
t
e ria
f
o rE
c ol i
a n
d
E
nt
e r o c o c c u s4 3
%
a nd 7 3%
of
t
h
et
i m
e, r e sp
e ct
i
v el
y
.D
N A w
a s e xtr a c
t
ed f
r om
5 0 0m L
of
e a ch w
at
e r s am
p l
ea
nd
te
st
ed f
o rp
r op
o s ed
sw i
n e- sp
e ci f
i cB
a ct
e r oid
al
e sm
a rk
e r sP
i
g
-1
-B
a c ,P i g
-
2
-B
a c, a n
d P i
g
-
B
a c -2
a sw
el l
a sm
et
h
a n og
e nP
2 3
-2
u si
ng t
h
ep
ol
y
m
e r a s e ch
ain
r e a ct
io n
(
P C R
)
.W
ate r
sa
m
p
l
es
d i d
no
t
c o nt
a
in
m
et
h
a n og
e nP 2 3
-2
,b
u
t
w
e r ep
o si
t
i
v ef
o rB
a cte r o
i
d
al
e sP i
g
-1
-B
a c(
17
%
)
,P i g
-
2
-B
a c(
13
%
)
,
a
nd
P
i g
-B
a c-2
(
6 5
%
)
.I
nt
e st
s of k
n ow
n s o u r c ew
a st
e s am
p
l
e s,B
a ct
e r oi d
al
e sP i g
-1
-B
a ca n
d
P
i g
-2
-B
a ch
ad
sp
e ci fi
cit
i
e s of
10 0
%
,w h i l
eP i
g
-
B
a c-2 w
a s ob
s e r v ed
t
oh
a v e ap
o o r sp
e
ci fi
cit
y
of
3 7%
.T h
e s e n sit
i
vit
i
e s of
t
h
e s eB
a ct
e r oi
d
ale s
m
a rk
e r s r a ng
ed fr o
m 8 0
-87 %
)
O
v e r al l
,t
h
e s e r e s ult
s c o ul d h
el p i
nf
o rm m
a n ag
em
e nt
d
e ci
sio n s
f
o rw
a st
ed i
sp
o s al p
r a ct
i
c e s a nd
T
a
b
l
e
o f
C
o n t e n
t
s
In
t
r od
u ct
io n
9
L i
te r a
tu r e
R
e vi
ew
,
12
M
at
e ri
al
s a nd
M
et
h
od
s2 1
R
e s ult
s2 6
D i
s c u s si
o n3 6
R
ef
e r e n c e s4 2
T
ab le s
4 7
F i
g
u r e s6 8
L
i s t
o f
A
b b r e v i a t i o n s
A
F
O
A
ni m
al
F
e ed i
ng O p
e r at
io n
C A F O
C
o
n c e nt
r ated A
ni m
al
F
e ed in
g O p
e r at
i
o nC F U
C
ol
o
ny F
o rm i
ng U
nit
D O
D i
s s olv e
d
O
xy g
e nl A C
I
nt e
r na
l A m
p
l i fi
c at
i
o nC
o nt
r ol
M
R SA
M
e
th i
ci l l i
n-r e sis
t
a nt
S
t
ap
h
y
lo c o c c u s a u r e u s
M
S
T
M
i
c ro
b ia
l So
u
r c eT
r a ck i
ng
N
T
U
N
e
p
h
el
om
et
ri
cT
u rb i d i
t y
U
nit
sL
i s t
o f
T
a b l e s
T
ab le
1
.D
e s c ri p
t
i
o n of p
ri m
e r s a nd p
r ob
e st
e st
ed i
nt
h i
s stu
d
y
4 7
T
ab le
2
.P
e r c e nt
ag
e of
s u rf
a c ew
at
e r s am
p
l
e st
h
at
e x c e ed
ed
st
ate
a nd f
ed
e r al
s u rf
a c ew
ate r
q
u al i
t
y
c ri
t
e ri
af
o rF
e c al
c ol i f
o rm
s,E
c ol
i
, a nd
E
nte r o c o c c u s
b
y
si
te
4
8
T
ab le
3
.M
e a n of
p
air
-
w i
s ed i f f
e r e n c e s o
f
c o n c e ntr a
t
io n
of
e a ch i
nd ic a
t
o r(
at
d
ow
n st
r e am
m i
n u s up
st
r e eim sit
e s)
4
9
T
ab l
e4 P
e r c e nt
ag
e of
s u rf
a c ew
at
e r s am p l
e sth
at t
e st
ed
p
o si
ti
v e(
h
ad
at
l
e a st
o n em
a u v ew i
t
h
am
at te
h
al
o c ol
o ny
)
f
o r a nt
i b i
ot
i
c-r e s
is
t
a nt
St
ap
h
y
l
o c o c c u sb
y
sit
e50
T
ab l
e5
.Pe r c e n
t
ag
e of
t
h
ef
o u r c a nd i d
at
em
a rk
e r sd
et
e ct
ed f
r om k
n ow
nso u r c e
s a
m p l
e s5
1
T
ab le
6
.Pe r c e n
ta
g
e of
s u rf
a c ew
ate r s a
m p l
e st
h
at t
e st
ed
p
o sit
i
v ef
o rB
a cte r o
i
d
al
e sm
ol
e
c ul
a rm
a rk
e rs
b
y
si
t
e52
T
ab le
7
.F i
x ed
ef f
e cts
l i
n e a r r eg
r e s si
o nm
od
el
:P
r e s e n c e of
r ain
f
al l
4
8 h
o u r sb
ef
o r es a
m p l i
ng
a nd l
og
i of
e c al i
nd i
c at
o rb
a cte r
i
a c o n c e ntr a
t
i
o n s5
3
T
ab le
8 F i
x ed
ef f
e cts
l i
n e a r r eg
r e s si
o nm
od
el
:P
r e s e n c e of
r ain
f
al l
4
8 h
o u r sb
ef
o r es a
m p l i
ng
a nd l
og
i ofe
c al i
nd i
c at
o rb
a ct
e ri
a c o n c e ntr a
t
i
o n s, a c c o u nt
in
g f
o r s e a s o n5 4
T
ab l
e9
.F
ix e
d
ef f
e cts
l i
n e ai r r eg
r e s si
o nm
od
el
:S p
r ay
e v e nt
s £i nd l
og
i of
e c al i
nd i
c at
o rb
a cte r
i
a c o n c e ntr a
t
io n s
5 5
T
ab l
e1 0
.F
ix e
d
ef f
e ct
sl
og i
st
ic r e
g
r e s sio n
m
od
el
:S
p
r ay
e v e nt
s a nd p
r e s e n c e of
sw i
n e-s
p
e ci f
i cm
a rk
e r s5 6
T
ab le
1 1
.F
ix e
d
ef f
e ct
sl i
n e a r r eg
r e s si
o nm
od
el
:Sw i
n e -sp
e ci f
i cm
a rk
e rp
r e s e n c e a nd
lo
g
i of
e c al i
nd i
c at
o rb
a ct
e ri
a c o n c e nt
r at
i
o n s5 7
T
ab l
e12
.F ix e
d
ef f
e cts
l i
n e a r r eg
r e s si
o nm
od
el
:S w in e
-s
p
e ci fi
cm
a rk
e rp
r e s e n c e a nd
l
og
ic
fe c a
l in
d i
c at
or
b
a cte r
i
a c o n c e nt
r at
i
o n s, ac
c o u nt
in
g
f
o r s e a s o n5 8
T
ab l
e13
.F i
xe
d
ef f
e ct
sl i
ne
ar
re
g
r e s s
i
o
nm
o
d
e
l
:
Sw i
n e
-s
p
e c
i f
i c
m
a r
k
e r
p
r e s e n
c ea n
d
l
og
ic
fe
c al i
nd i
c at
o rb
a cte r
i
a c o n c e ntr a
t
i
o n s, ac
co
u nt
in
g
f
o r c um
ula
t
iv e r a
i
nf
al l 4 8 h
o u r sb
ef
o r e s am
p
l i
ng
59
L
i s t
o
f
F
i
g u r e s
F i g
u r e1
.B
o xp l
ot
of f
e c al
c ol i fo r
m
c o n c e nt
r at
io n s
(
l
og C F U / l OOm L
)
of
al l
s u rf
a c ew
at
e rs a
m p l
e s6 8
F
i
g
u r e2
.B
o xp
l
ot
of
E
c ol
i
c o n c e nt
r at
i
o n s(
l
og
C
F
U /
l
OOm
L
)
of
al l
s u rf
a c ew
at
e rs a
m
p
l
e s6
9
F
i
g
u r e3
B
o xp
l
ot
of E
nt
e r o c o c c u s c o n c e nt
r at
io n s
(
l
og
C
F
U / l OOm L
)
of
al l
s u rf
a c ew
at
e rs a
m
p
l
e s7 0
F
i
g
u r e4
.B
o xp
lo
t
c om
p
a ris o n
of f
e c al
c ol i f
o rm
c o n c e nt
r at
i
o n s(
lo
g
C F
U
/ l OOm L
)
of
al l
s u rf
a c ew
at
e r s am
p
le s
b
y
s e a s o n(
1
=
w in
t
e r,2
=
sp
rin
g
,3
=
s um
m
e r,4
=
f
al l
)
7 1
F
i
g
u r e5
.B
o xp
lo
t
c om
p
a ris o n
of
E
c ol
i
c o n c e nt
r at
i
o n s(
l
og
C
F U
/ l OOm
L
)
of
al l
s u rf
a c ew
at
e r s am
p
l
e sb
y
s e a s o n(
1
=
w i
nt
e r,2
=
sp
rin
g
,3
=
s um m
e r,
4
=
f
al l
)
7 2
F i g
u r e6
.B
o xp l
ot
c om p
a ris o n
of E
nt
e r o c o c c u s co
n c e nt
r at
i
o n s(
l
og C F U / l OOm L
)
of
al l
s u rf
a c ew
at
e r s am p l
e sb y
s e a s o n(
1
=
w i
nt
e r,2
=
sp
rin
g
,3
= s
um m
e r,4
=f
al l
7
3
F i
g
u r e7
.Sp
e ci f
i ci
t
ie s a n
d
s e n si
t
i
vi
t
i
e s of
t
h
r e eB
a ct
e r oi
d
ale s
P
i
g
-1
-B
a c,
P i
g
-2
-B
a c, a n
d
P
i
g
-B
a c-2
7
4
F i
g
u r e8
.P
e r c e nt
ag
e of
s u rf
a c ew
at
er
s am p l
e sin
w h i
ch
sw i
n e-s
p
e ci fi
cm
a rk
e r sw
e r ed
et
e ct
ed
,
b
y
s e a s o n7
5
F
i
g
u r e9
.B
o xp
lo
t
c om
p
a ris o n
of
c um
ul
at
i
v e r ain
f
al
l 4 8
h
o u r sp
ri
o rt
o c ol le c
t
in
g
s u rf
a c ew
at
e r s am
p
l
e sb
y
s e a s o n(
1
=
w i
nt
e r,2
=
sp
rin
g
,3
=
s um m
e r,
4
=
f
al l
)
7 6
F
i
g
u r e1
0
.C
o n c e nt
r at
i
o n s of f
e c al i
nd i
c at
o rb
a ct
e ri
ab
y
am
o u nt
of
r ai
nf
al l
p
ri
o rt
os a
m
p
l i
ng
7 7
F i
g
u r e1
1.
M
e a n c o n c e nt
r at
i
o n s of f
e c al i
nd ic a
t
o rb
a ct
e ria
(
l
og
C F U / l OOm L
)
g
r o up
ed b
y
c um
ula
t
iv e
am
o u nt
of
r ai
nf
al l
(
in
)
2 4 /4 8 h
o
u r sp
ri
o
rt
o s am
p
l i
ng
7 8
F
i
g
u r e1
2
.Pe r c e n
t
ag
e of
sp
r ay
ob
s e r v at
io n s
t
h
at
w
e r e "s
p
r ay
e v e nt
s",b
y
s
e a s o n7
9
F i
g
u r e13
.B
o xp
lo
t
s of f
e c al i
nd i
c at
o rb
a ct
e ri
a co
n c e nt
r at
io n s
(
l
og
C
F
U / l O
O
m L
)
f
r om
g
r o up
ed b
y
"
n o s
p
r ay
"(
O
)
a nd
"s
p
r ay
"(
1
)
e
v e nt
s ob
s e r ve
d fr
o
m S i
t
e
8 0
L
i s
t
o f
A
b b r e v i a t i o n s
A
F
O
A
ni
m
al
F
e ed
i
ng
O
p
e r at
i
o nC
A F
O
C
o nc
e nt
r at
ed
A
ni m
al
F
e ed i
ng
O p
e r at
io n
C
F
U
C
ol
o ny
F
o rm i
ng
U
ni
t
D O
D
i
s s olv e
d
O
xy g
e nl
A C
I
nt
e rn
al A m
p
l i fi
c ati
o nC
o ntr o
l
M
R S A
M
et
h i
c
i l l i
n -r e si
st
a nt
S
ta
p
h
y
l
o c o c c u s a u r e u sM
ST
M
i
c r ob i
al So u r c e
T
r a ck i
ng
N
T U
N
ep h
elo
m
etr
i
cT
u rb i d i
t
y U
ni
ts
L
i s t
o f
T
a
b l e s
T
a
b l
e1
.D
es
c ri p
t
i
on
of p
ri m
e r s a nd p
r ob
e st
e st
ed i
nt
h is s
t
ud
y
4 7
T
ab l
e2
.P
e r c e nt
ag
e of
s u rf
a c ew
at
e r s am
p
l
e sth
at
e x c e ed
ed
st
at
e a nd f
ed
e r al
s u rf
a c ew
ate r
q
u al i
t
y
c ri
t
e ri
af
o rF
e c al
c ol i
f
o rm
s,E
c ol i
, a nd
E
nte r o c o c c u s
b
y
si
te
4
8
T
ab l
e3
.M
e a n of p
ai
r -w i
s e
d i f f
e r e n c e s of
c o n c e nt
r at
io n
of
e a ch in
d i
c at
o r(
at
d
ow
n st
r e am
m i
n u s up
st
r e am
sit
e s)
4 9
T
ab l
e4
.P
e r c e nt
ag
e of
s u rf
a c ew
at
e r s am p l
e sth
at t
e ste
d p
o si
ti
v e(
h
ad
at
l
e a st
o n em
a u v ew i
t
h
am
at t
eh
al
o c ol
o ny
)
f
o r a nt
i b i
ot
i
c-r e si
st
a n
t
St
ap
h
y
l
o c o c c u sb
y
sit
e5 0
T
ab l
e5 P
e r c e nt
ag
e of
th
ef
o u r c a nd i d
at
em
a rk
e r sd
et
e ct
ed f
r om k
n ow
n s o u r c es a
m p l
e s5 1
T
ab le
6
.P
e r c e nt
ag
e of
s u rf
a c ew
at
e r s am
p
l
e st
h
at t
e ste
d p
o sit
i
v ef
o rB
a cte r o
i
d
al
e sm
ol
e c ul
a rm
a rk
e r sb
y
sit
e5
2
T
ab le
7
.F i
x ed
ef f
e ct
sl i
n e a r r eg
r e s si
o nm
od
el
:P
r e s e n c e of
r ain
f
al l 4 8 h
ou
r sb
ef
o r es a
m
p
l i
ng
a nd l
og
i of
e c al i
nd i
c at
o rb
a ct
e ri
a c o n c e ntr a
t
io n s
5 3
T
ab l
e8
.F i
x ed
ef f
e ct
sl i
n e a r r eg
r e s sio n
m
od
el
:P
r e s e n c e of
r ain
f
al l 4 8 h
o u r sb
ef
o r es a
m p l i
n
g
a nd l
o
g
i of
e c al i
nd i
c at
o rb
a ct
e ri
ac
o n c e ntr a
t
io n s
,a
c c o u nti
ng f
o
rs
e a s on
5 4
T
ab l
e9
F
i
x ed
ef f
e ct
sl i
n e a r r eg
r e s sio n
m
od
el
:S
p
r ay
e v e nt
s a nd l
og
i ofe c a
l in
d i
c at
o rb
a ct
e ri
a c o n c e nt
r at
i
o n s5
5
T
ab le
10
.F i
x ed
ef f
e ct
sl
og
i
st
ic r e
g
r e s si
o nm
od
el
:S
p
r ay
e v e nt
s a nd
p
r e s e n c e of
sw i
n e-s
p
e ci f
ic
m
a rk
e r s5 6
T
ab le
1
1.
F
ix e
d
ef f
e ct
sl i
n e a r r eg
r e s si
o nm
od
el
:S w i
n e-sp
e ci f
i cm
a rk
e rp
r e s e n c e a nd
l
og
i of
e c al in
d i
c at
o rb
ac t
e ri
a c o nc
e nt
ra t
i
o n s5
7
T
ab le
12
.F
ix e
d
ef f
e ct
sl i
n e a r r eg
r e s si
o nm
od
el
:S w i
n e -sp
e ci f
i cm
a rk
e rp
r e s e n c e a nd
lo
g
10f
e c al in
d i
c at
o rb
a ct
e ri
a c o n c e nt
r at
i
o n s, a c c o u nt
in
g
f
o r s e a s o n5 8
T
a
b le
13
.F
ix e
d
ef f
e ct
sl i
n ea
r r eg
r e s si
o nm
od
el
:Sw i
n e-s
p
e ci fi
cm
a rk
e rp
r e s e n c e a nd
l
og
i cfe c a
l in
d i
c at
o rb
a cte r
i
a c o n c e ntr a
t
i
o n s, a c c o u nt
in
g f
o r c um
ula
t
iv e r a
i
nf
al l 4 8 h
o u r sb
ef
o r e s am
p
l i
ng
5
9
T
ab le
14
.F i
x ed
ef f
e ct
sl i
n e a r r eg
r e s si
o nm
od
el
:S w i
n e-s
p
e ci f
i cm
a rk
e rp
r e s e n c e a nd
l
og
i of
e ca
l in
d ic a
t
o rb
a ct
e ria c o n c e n
t
r at
i
o n s, a c c o u nt
i
ng f
o rt
h
ep
r e s e n c e of
r ain
f
al l 4 8
h
o u r sb
ef
o r e s am
p
l i
ng
6 0
T
ab le
15
.F
i
x ed
ef f
e ct
sl i
n e a r r eg
r e s sio n
m
od
el
:S w i
n e -sp
e ci f
i cm
a
rk
e rp
r e s e n c e a nd
l
og
1 0f
e c al in
d ic a
t
o rb
a ct
e ria c o n c e n
t
r ati
o n s, a c c o u nt
i
ng
f
o r s e a s o n a nd
c um
ul
at
i
v er a
i
nf
al l 4 8 h
o u r sb
ef
o r e s am
p
l i
ng
6 1
T
ab le
1
6
.F
i
x ed
eff
e ct
sl i
n e a r r eg
r e s sio n
m
od
el
:Sw i
n e-s
p
e ci fi
cm
a rk
e rp
r e s e n c e a nd
l
og
i of
e c al in
d i
c at
o rb
a ct
e ria c o n c e n
t
r ati
o n s, a c c o u nt
i
ng f
o rs
e a s o n a nd
th
ep
r e s e n c e of
r a
i
nf
al l 4 8 h
o u r sb
ef
o r e s am p l i
ng
6 2
T
ab le
17 F i
x ed
eff
e ct
sl i
n e a r r eg
r e s sio n
m
od
el
:Sw i
n e-s
p
e ci fi
cm
a rk
e rp
r e s e n c e a nd
b i
n a ry
cl
a s si fi
c ati
o n of f
e c al i
nd i
c at
o rb
a ct
e ri
a c o n c e ntr a
t
io n
(
l
=
e x c e ed i
ng
sta
t
e a nd
f
ed
e r al
r e c om m
e nd
ed w
at
e rq
u al i
t y
c ri
te r
i
a,O
=
b
el
ow
c
rit
e ria
)
63
T
ab le
18 F i
x ed
eff
e ct
sl i
n e a r r eg
r e s sio n
m
od
el
:Sw i
n e-s
p
e ci fi
cm
a rk
e rp
r e s e n c e a nd
b i
n a ry
cl
a s si fi
c at
i
o n of f
e c al i
nd i
c at
o rb
a ct
e ri
a c o n c e nt
r at
io n
(
l
=
e x c e ed i
ng
sta
t
e a nd
f
ede r a
l
r e c om m
e nd
ed w
at
e rq
u al it
y
c ri
te r
i
a,O
=
b
el
ow
c rit
e ria
)
, a c c o u n
t
i
ng f
o r s e a s o n a nd
c u
m
ula
t
iv e
r ai
nf
al l 4 8 h
o u r sb
e
f
o r e s am
p
l i
ng
6 4
T
ab l
e19
.F i
x ed
ef f
e ct
sl
og i
st
ic
r eg
r ess
io n
m
od
el
:Sw i
n e-s
p
e ci fi
cm
a rk
e rd
et
e ct
i
o n a nd
t
h
ep
r e s e n c e of
r ain
f
al l 4 8 h
o u rs
b
ef
o r e s am
p
l i
ng
6 5
T
ab l
e2 0
.F
ix e
d
ef f
e ct
sl
og i
st
ic
r eg
r e s sio n
m
od
el
:Sw i
n e-s
p
e ci
fi
cm
a rk
e rd
et
e ct
i
o n a nd
t
h
ep
r e s e n c e of
r ain
f
al l 4 8 h
o u r sb
ef
o r e s am
p l i
ng
, a c c o u nt
i
ng
f
o rse a s o n
6 6
L
i
s t
o f
F
i
g u r e s
F i
g
u r e1
.B
o xp l
ot
of f
e c al
c ol i fo r
m
c on
c e nt
r at
i
o n s(
lo
g
C F U / l OOm L
)
of
al l
s u rf
a c ew
at
e rs a
m
p
l
e s6 8
F
i
g
u r e2
.B
o xp
lo
t
of £
. c ol
i
c o n c e nt
r at
i
o n s(
lo
g C F U
/
l
OOm
L
)
of
al l
s u rf
a c ew
ate r
s a
m p l
e s6 9
F i g
u r e3
.B
o xp l
ot
of E
nte r o c o c c u s
c on
c e nt
r
at
i
o
n s(
l
og C F U / l OOm L
)
of
al l
s u rf
a c ew
ate r
s a
m p l
e s7 0
F
i
g
u r e4
.B
o xp
l
ot
c om p
a ri
s o n of f
e c al
c ol i f
o rm
c o n c e nt
r at
io n s
(
l
og
C
F U
/
l
OOm L
)
of
al l
s u rf
a c ew
at
e r s am p l
e sb
y
s e a s o n(
1
=
w i
nt
e r,2
= s
p
ri
ng
,3
=
s um m
e r,
4
=
f
al l
)
7 1
F
i
g
u r e5
.B
o xp
lo
t
c om
p
a ri
s o n of
E
c oli
c o n c e nt
r ati
o n s(
l
og C F
U
/ l
OOm
L
)
of
al l
s u rf
a c ew
at
e r s am p l
e sb
y
s e a s o n(
1
=w
in
t
e r,2
=
s
p
ri
ng
,3
=
s u
m m
e r,4
-f
a
l l
)
7 2
F i g
u r e6
.B
o xp l
ot
c om p
a ri
s o n of
E
nt
e r o c o c c u s c o n c e nt
r at
i
o n s(
lo
g
C F U /
l
OOm L
)
of
al l
s u rf
a c ew
at
e r s am p l
e sb
y
s e a s o n(
1
=
w i
nt
e r,2
=
sp
ri
n
g
,3
=
s um m
e r,
4
=
f
al l
7 3
F
i
g
u r e7
.S p
e ci f
i ci
ti
e sa
nd
s e n si
ti
vi
ti
e s of
t
h
r e eB
a ct
e r oi
d
al
e sP i g
-1
-B
a c,
P i g
-
2
-B
a c, a n
d
P
i
g
-B
a c -2
7 4
F
i
g
u r e8
.P
e r c e nt
ag
e of
s u rf
a c ew
at
e r s am p l
e si
nw h i
ch
sw i
n e-s
p
e ci fi
cm
a rk
e r sw
e r ed
et
e cte
d
,b
y
s e a s o n7 5
F
i
g
u r e9
B
o xp
l
ot
c om p
a ri
s o n of
c um
ula
t
iv e r a
i
nf
al l 4 8 h
o u r sp
rio r
to
c ol l
e ct
i
ng
s u rf
a c ew
at
e r s am
p l
e sb
y
s e a s o n(
1
=
w i
nt
e r,2
=
sp
ri
ng
,3
=
s um m
e r,
4
=
f
a
l l
)
7 6
F i
g
u r e10
.C
o n c e ntr a
t
io n s o
f f
e c al i
nd ic a
t
o rb
a ct
e ria
b
y
am
o u nt
of
r ai
nf
al l p
rio r
to
s a
m p l i
ng
7 7
F i g
u r e1 1
.M
e a n c o n c e nt
r at
io n s o
f fe c a
l in
d i
c at
o rb
a cte r
i
a(
l
og
C F U / l OOm
L
)
g
r o up
ed b
y
c um
ula
t
iv e a
m
o u nt
of
r ai
nf
al l
(
i
n)
2 4 /4 8 h
o u r sp
ri
o rt o s
am p l i
ng
7
8
F i
g
u r e12
P
e r c e nt
ag
e of
sp
r ay
ob
s e r v ati
o n st
h
at
w
e r e "sp
r ay
e v e nt
s" ,b
y
s e a s o n7
9
F
i
g
u r e13
.B
o xp
l
ot
s of f
e c al i
nd ic a
to r
b
a ct
e ria c o n c e n
t
r ati
o n s(
lo
g C F U /
l OOm
L
)
f
r om
g
ro
up
ed b
y
"n o sp
r ay
"(
0
)
a nd
" sp
r ay
"(
1
)
e v e nt
s ob
s e r v ed f
r om S i
t
e8 0
I
n
t
r o d u c t i o n
A
g
ri
c ul
tu r e
in
t
h
eU
ni
te
d St
at
e sh
a s sh i ft
ed f
r om
n um
e r o u s sm
al l
op
e r at
i
o n st
of
ew
e rl
a rg
e ri
nd
u st
ri
al
op
e r at
i
o n s.S
w
i
n ef
a rm i
ng i
nN
o rth
C
a r ol i
n ah
a sg
o n eth
r o ug h
m
a ny
ch
a ng
e s o v e rt
h
ep
a st
fe
w d
e c ad
e s a nd i
t
is
i m p
o rt
a nt t
o u nd
e r st
a nd
t
h
e r e s ul
ti
ng
e n v
i
r o nm
e nt
al i m
p
a ct
s of
t
h i
str a n s
i
t
io n
.F
r om 19
9
1
t
ot
h
e e nd
of 19 9 8
,th
e n um b
e r of
s
w
i
n ein
N
o rt
h C
a r ol i
n a r o s ed
r am
at
i
c al l
y
f
r om 3
.7 m i l l i
o nt
o o v e r10 m i l l i
o n,
p l
a cin
g
N
o r
th C
a r o
l i
na a
st
h
e
se
co n
d l
e a
d in
g
st
at e
in
n at
i
o n al
p
o rk p
r od
u cti
o n(
E
d w
a rd
s a nd
L
ad d
2 0 0 0
)
.D
u ri
ng
t
h i
st
i m
e, a ri
s ein
t
h
e n um b
e r of
sw i
n e c o n c e nt
r at
ed
a ni m
al f
e ed i
ng
o
p
e r at
i
o n s(
C
A
F O
s)
in
N
o rt
h C
a r ol i
n a al
s o o c c u r r ed
, c ul m i
n at
i
ng i
n2
,5 14
sw
i
n eC
A
F O
si
n1 9
9 8
(
W
in
g
et
al
.2 0 0 0
)
.T h
e n um b
e r of C
A
F O
sin
t
h
eU
.S
.h
a sin c r e a s e
d b
y
al m
o st
2 3 0
p
e r c e nt
f
r om 3
,6
0 0 i
n1
9 82
t
o al m
o st
1 2
,0
0 0 i
n2 0
0
2
(
U
S
G
A
O
2
0 0 8
)
.W
h i le
t
h
e r ei
sn o a
g
e n cy
t
h
at
c ol l
e ct
s o rm
ain
t
ain s a c u r r e n
t
d
at
ab
a s e o nt
h
e n um b
e r of
p
e rm i
t t
ed
C A
F
O
si
nt
h
eU
.S
.,.th
e s e n u
m b
e r s a re
b
a s ed
o nU SD A
d
at
a c ol l
e ct
ed
a
b
o ut
l
a rg
ef
a rm
s(
U S G A O 2 0 0 8
)
.T h i
s sh i ft in
ag
ri
c ult
u r eh
a sg
r a nt
ed
A
m
e ri
c a n st
h
e ab i l i
t y
t
op
u r ch
a s em
o r em
e at
a
t
a ch
e ap
e rp
ri
c e.T
h
e a v e r ag
eA m
e ric a n
sp
e nt
4
.2
%
of h i
s o rh
e ri
n c om
et
ob
uy 1
9
4
p
o u nd
s of
r ed m
e at
a nd p
o ul
tr
y
a rm
u al l
y
i
n19 7 0
(
P E
W
2
0 0 8
)
.A ft
e r ap
e ri
od
of 3 5
y
e a r s,th
e a v e r ag
eA m
e ric a n
sp
e nt
o nl
y 2
.1
%
of h i
s o rh
e ri
n c om
et
ob
uy
t
h
e s am
eq
u a nt
i
t
y
of
r ed m
e at
a nd
p
o ult
ry p
l
u s a n ad d it
i
o n al 2 7
p
o u nd
s a nn
u al l
y
(
P E
W
2
0 0 8
)
.W
h i le
t
h i
s
is
g
re
at
ne
w
sf
o rt
h
e a v e r ag
eA
m
e ric a n
'sw
al l
et
,t
h
e r e s ul
t
in
g
e n vir o n
m
e nt
al
I
nN
o rt
h
C
a r ol
i
n a, sw i
n eC
A F O
sh
o u s el
a rg
eq
u a nt
i
t
i
e s of
a ni m
al
sw
h
o s ew
a st
ei
sc o
l l
e cte
d
a nd
st
o r ed i
n op
e n-p
i
t
l
ag
o o n sb
ef
o r ei
t
i
s sp
r ay
ed
o nt
o ag
ri
c ul
tu r a
l fi
el d
sI
n2
0 0 2
,fi
v e ad
j
a c e nt
c o u nt
i
e si
nN
o rt
h
C
a r ol i
n a(
B
l
ad
e n,D
up
l i
n,G
r e e n e,S
am p
s o n, a nd
W
ay
n e)
w
e r e e sti
m
at
ed
t
oh
a v e ap
op
ul
ati
o n of
o v e r7 5
m
i l l i
o n sw
i
n ew
h i
ch
c o ul d
p
r od
u c e up
t
o15
.5 m i l l i
o nt
o n so
f m
a n u r e a n n u al l
y
(
U S G A O 2 0 0 8
)
G
o v e r nm
e nt
o
f fi
ci
al
s a nd
ag
ri
c ul
t
u r al
e xp
e rt
s a r e c o n c e r n ed
t
h
at
t
h i
sq
u a nt
i
t
y
of m
a n u r ep
r od
u c ed i
ns u c
h
a sm
al l
a r e a c o ul d l
e ad
t
o o v e r ap p
l i
c at
i
o nt
o ag
ri
c ul
tu r a
l fi
el d
sw
h
i
ch
c o ul d
c o n
ta
m i
n at
ew
ate r
b
od i
e s(
U S G A O
2
0 0
8
)
.T
h
eU
ni
te
d S
t
at
e sG
o v e r rm
i e nt
A
c c o u nt
ab i l i
t
y O
f f
i c e(
U
S
G
A O
)
h
a s r e c og
ni
z ed
t
h
at
m
o r ei
nf
o rm
at
i
o n o nC
A
F O
si
s r eq
ui
r ed f
o r r eg
ul
at
o ry
ag
e n ci
e s s u ch
a st
h
eE
n vi
r o nm
e nta
l
P
r ot
e ct
i
o nA g
e n cy
(
E P A
)
t
o s af
eg
u a rd
t
h
eq
u al i
t
y
of w
ate r
(
U SG
A
O
2 0
0 8
)
.W
h i l
et
h
eU S
G
A
O
a ck
n ow l
ed
g
e st
h
at
s om
e st
ud i
e sh
a v eb
e e n e x e c ut
ed
t
h
at
e v a
l
u ate
d
w
at
e rq
u al
i
t
y
,t
h
ey f
e el
t
h
at t
h
eE P
A
"
l
a ck
sk
ey
d
at
a o nt
h
e am
o u nt
of
p
ol
l
ut
a nts
t
h
at
a r eb
ei
ng
em i
t t
ed f
r om
a ni m
al f
e ed i
ng
op
e r at
i
o n s"(
U S G
A
O 2 0 0 8
)
.D
at
ai
s n e ed
ed
t
oq
u a nt
i f
y
a nd
ch
a r a ct
e ri
z ef
e c al
c o nt
am i
n at
i
o ni
np
ro
xi m i
t
y
t
oC
A
F O
s.A l
s o ,b
et t
e rt
o ol
s a nd
t
e ch
n ol
og
i
es
a r e ne
ed
ed
t
od i
st
i
ng
ui
sh
s o u r c e s of
p
ol l
ut
i
o ni
nt
h
e s em i
x ed
-u s ew
at
e r sh
ed
s.
T
h
ep
u rp
o s e of
t
h i
s st
ud
y
w
a st
o e v al
u ate
t
h
ei m
p
a ct
of
c o n v e nt
i
o n al C A F O w
a st
ed i
sp
o s al
p
r a ct
i
c e s o nt
h
e s a ni
ta r
y q
u al i
t
y
of
n e a rb
y
s u rf
a c ew
ate r s
i
nN
o rt
h C
a r ol i
n a.T h i
sw
a s a c c om
p
l i
sh
ed b
y
:1
E
v al
u at
i
ng
s u rf
a c ew
at
e r s ad
j
a c e nt t
ol
ag
o o n sp
r ay
fi
el d
sf
o rf
e c al i
nd i
c at
o rb
a ct
e ri
a a nd
a nt
i b i
ot
i
c-r e s
i
st
a nt
S
ta
p
h
y
l
o c o c c u s2
.V
al i d
at
i
ng
a nd
c om
p
a ri
ng
f
o u rm
o
l
e c ul
a rm
a rk
e r st
h
at
m
ay b
e sp
e ci f
i ct
o sw i
n ew
a st
e u si
ng
k
n ow
n s o u r c e s am p l
e sf
r om N
o rt
h C
a r ol i
n a, a nd
t
e st
i
ng
s u rf
a c ew
ate r s
f
o rt
h
ef
o u rm
a rk
e r s'p
r e s e n c e3
.P
e rf
o rm
i
ng
ap
r el i m i
n a ry
a s s e s sm
e nt
of
t
h
e a s s o ci
a
ti
o nb
et
w
e e nm i
c r ob i
al
m
e a s u r e s a nd
r ai
nf
al l
a nd
sp
r ay
e v e nt
st
of
a ci l i
t
at
eh
y p
ot
h
e si
s-b
L
i t e r a t u r e
R
e v
i
e
w
F
e c al i
nd i
c at
o r s a r e ag
r o up
of
o rg
a ni
sm
st
h
at
i
nd i
c at
et
h
ep
r e s e n c e of f
e c al
c o n
t
am i
n at
i
o n(
A
sh b
ol
t
et
al
.2
0
0 1
)
.T
h
ey
a r em
e a s u r ed w h
e n e v al
u ati
ng
w
at
e rq
u al i
t
y
b
e c a u s et
e st
i
ng
f
o r e v e ry p
at
h
og
e ni
nw
at
e rw
o ul
d
b
et
i m
e a nd
c o st
i
nt
e n si
v e(
L
e cl
e r c et
a
l
.2 0 0 1
)
.T y p
i
c al l
y
t
h
e r e a r e aw i d
e v a ri
et
y
of
p
at
h
og
e n si
nw
at
e r a nd
th
ey
a r ep
r e s e nt
i
nn u
m b
e r st
o ol
ow
t
ob
ed
et
e ct
ed
(
L
e cl
e r c et
al
.2 0 0
1
)
.F
e c al i
nd i
c at
o rb
a ct
e ri
a o nl
y
s u
g
g
e st t
h
ep
ot
e nt
i
al
p
r e s e n c e of p
at
h
og
e n s a nd
a r et
h
em
s el
v e s n ot
n e c e s s a ri l
y
p
at
h
og
e ni
c(
A
sh b
olt
et
al
.2 0 0 1
;
L
e cl
e r c et
al
.2
0 0 1
)
.O
n em
ai
ng
r o up
of f
e c al i
nd i
c at
o rb
a ct
e ri
ai
s c ol i f
o rm b
a ct
e ri
a.T
ot
al
c ol i f
o rm
sa r e
d
efi
n ed b y
t
h
eW
o rl d H
e al
t
h O
rg
a ni
z at
i
o n(W
H O
)
a s "g
r am
-n eg
ati
v e, r od
-s
h
ap
ed
b
a ct
e ri
a, c ap
ab l
e of
g
r ow
t
h i
nt
h
ep
r e s e n c e of b i l
e s alt
s o r ot
h
e r s u rf
a c e-a c
ti
v e ag
e nt
sw i
t
h
si m i l
a rg
r ow
t
h
-i
nh i b i
ti
ng
p
r op
e rt
i
e s a nd
ab l
et
of
e rm
e nt
l
a ct
o s e at
3 5
-3
7
°C
w
i
t
h
t
h
ep
r od
u ct
i
o n of
a ci d
,g
a s, a nd
al d
eh
y
d
ew i
t
h i
n2 4
-4 8 h
o u r s"
(W
H O
,19 9 6
)
.F
e c al
c o
l i f
o rm
s a r ed
efi
n ed
a s "g
r am
-n eg
at
i
v eb
a ci l l i
, n ot
sp
o r ul
at
ed
, o xi d
a s e -n eg
at
i
v e,o
p
t
i
o n al
a e r ob i
c o r a n a e r ob i
c, ab l
et
om
ult
i
p
l
y
i
nt
h
ep
r e s e n c e of b i l
e s al
t
s o r ot
h
e rs u r
f
a c e ag
e nt
sth
at
h
a v e eq
ui
v al
e nt
p
r op
e rt
i
e s, a nd
a r e ab l
et
of
e rm
e nt
l
a ct
o s ew i
th
a ci d
a n
d g
a sp
r od
u ct
i
o ni
n4 8 h
at t
h
et
em p
e r at
u r e of
4
4
±
0
.5
°
C
"(
D
oy l
e a nd
E
ri
ck
s o n2 0
0 6
)
E
c ol
i
i
s a n ot
h
e r c om m
o nl y m
e a s u r ed f
e c al i
nd i
c at
o rb
a ct
e ri
a a nd i
s a s ub
s et
of f
e c al
c o
l i f
o rm
s.E
c ol
i
i
s a ni
nd i
g
e n o u sb
a ct
e ri
af
o u nd i
nth
el
a rg
ei
nt
e st
i
n
et
h
at
c om
p
ri
s e sa
b
o ut
1
%
of
t
h
et
ot
al b
a ct
e ri
al b i
om
a s s of h
um
a n s a nd
ot
h
e rw
a rm
-b l
o o