General and Specific Rights

5.6.1 Secuencias nucleotídicas de gyrA: Mediante el análisis de las secuencias nucleotídicas del gen gyrA de las cepas aisladas se encontró una mutación en el aislado USM-LMMB-007 como se muestra en la Figura 17.

B.b-CIP57.17 ---CTACCAGAACATGATGTGTCGACCGGTATTGAACCAGTCAGT 42 B.b-USM-LMMB-006 ---CTACCAGAACATGATGTGTCGACCGGTATTGAACCAGTCAGT 42 B.b-USM-LMMB-005 ---CTACCAGAACATGATGTGTCGACCGGTATTGAACCAGTCAGT 42 B.b-KC583 GTGACCGATCTTACTCGACTACCAGAACATGATGTGTCGACCGGTATTGAACCAGTCAGT 60 B.b-USM-LMMB-007 ---CTACCAGAACATGATGTGTCGACCGGTATTGAACCAGTCAGT 42 ******************************************

B.b-CIP57.17 ATCATTGAAGAAATGCAGTGCTCTTATCTAGATTATGCGATGAGCGTAATTGTGTCGCGC 102 B.b-USM-LMMB-006 ATCATTGAAGAAATGCAGTGCTCTTATCTAGATTATGCGATGAGCGTAATTGTGTCGCGC 102 B.b-USM-LMMB-005 ATCATTGAAGAAATGCAGTGCTCTTATCTAGATTATGCGATGAGCGTAATTGTGTCGCGC 102 B.b-KC583 ATCATTGAAGAAATGCAGTGCTCTTATCTAGATTATGCGATGAGCGTAATTGTGTCGCGC 120 B.b-USM-LMMB-007 ATCATTGAAGAAATGCAGCGCTCTTATCTAGATTATGCGATGAGCGTAATTGTGTCGCGC 102 ****************** *****************************************

B.b-CIP57.17 GCACTGCCTGATGTCCGTGATGGGCTTAAGCCTGTCCATCGGCGCATTCTTCATGCGATG 162 B.b-USM-LMMB-006 GCACTGCCTGATGTCCGTGATGGGCTTAAGCCTGTCCATCGGCGCATTCTTCATGCGATG 162 B.b-USM-LMMB-005 GCACTGCCTGATGTCCGTGATGGGCTTAAGCCTGTCCATCGGCGCATTCTTCATGCGATG 162 B.b-KC583 GCACTGCCTGATGTCCGTGATGGGCTTAAGCCTGTCCATCGGCGCATTCTTCATGCGATG 180 B.b-USM-LMMB-007 GCACTGCCTGATGTCCGTGATGGGCTTAAGCCTGTCCATCGGCGCATTCTTCATGCGATG 162 ************************************************************

B.b-CIP57.17 AATGAAATGGGACTTTTGTTCAATAAGCCTTATCGTAAGTCAGCGGGTGTTGTTGGTGAA 222 B.b-USM-LMMB-006 AATGAAATGGGACTTTTGTTCAATAAGCCTTATCGTAAGTCAGCGGGTGTTGTTGGTGAA 222 B.b-USM-LMMB-005 AATGAAATGGGACTTTTGTTCAATAAGCCTTATCGTAAGTCAGCGGGTGTTGTTGGTGAA 222 B.b-KC583 AATGAAATGGGACTTTTGTTCAATAAGCCTTATCGTAAGTCAGCGGGTGTTGTTGGTGAA 240 B.b-USM-LMMB-007 AATGAAATGGGACTTTTGTTCAATAAGCCTTATCGTAAGTCAGCGGGTGTTGTTGGTGAA 222 ************************************************************

B.b-CIP57.17 GTGATGGGAAAGTTTCATCCTCATGGTGATGCTTCAATTTATGATGCCTTGGTGCGTATG 282 B.b-USM-LMMB-006 GTGATGGGAAAGTTTCATCCTCATGGTGATGCTTCAATTTATGATGCCTTGGTGCGTATG 282 B.b-USM-LMMB-005 GTGATGGGAAAGTTTCATCCTCATGGTGATGCTTCAATTTATGATGCCTTGGTGCGTATG 282 B.b-KC583 GTGATGGGAAAGTTTCATCCTCATGGTGATGCTTCAATTTATGATGCCTTGGTGCGTATG 300 B.b-USM-LMMB-007 GTGATGGGAAAGTTTCATCCTCATGGTGATGCTTCAATTTATGATGCCTTGGTGCGTATG 282 ************************************************************

B.b-CIP57.17 GCACAGGATTTTTCTTTACGAAATCCTCTGATTGATGGACAGGGAAATTTTGGCTCTGTT 342 B.b-USM-LMMB-006 GCACAGGATTTTTCTTTACGAAATCCTCTGATTGATGGACAGGGAAATTTTGGCTCTGTT 342 B.b-USM-LMMB-005 GCACAGGATTTTTCTTTACGAAATCCTCTGATTGATGGACAGGGAAATTTTGGCTCTGTT 342 B.b-KC583 GCACAGGATTTTTCTTTACGAAATCCTCTGATTGATGGACAGGGAAATTTTGGCTCTGTT 360 B.b-USM-LMMB-007 GCACAGGATTTTTCTTTACGAAATCCTCTGATTGATGGACAGGGAAATTTTGGCTCTGTT 342 ************************************************************

Figura 17. Alineamiento múltiple de secuencias nucleotídicas de gyrA de B. bacilliformis KC 583

(ID: 4684252) y las aisladas, utilizando el programa ClustalW 2.1. Se encontró una mutación puntual en el aislado USM-LMM-007 resaltado en color amarillo. La numeración en negrita corresponde al codón traducido de B. bacilliformis.

27

C R

56

5.6.2 Secuencias aminoacídicas de GyrA: Mediante el análisis de las secuencias aminoacídicas para GyrA, se encontró una diferencia en el codón 27, un cambio de Cisteína por Arginina en el aislado USM-LMMB-007 y sin evidencia de cambios en la región determinante de resistencia a quinolonas (QRDR) para las cepas aisladas, como se muestra en la Figura 18.

B.b-USM-LMMB-005 ---LPEHDVSTGIEPVSIIEEMQCSYLDYAMSVIVSRALPDVRDGLKPVHRRILHAM 54 B.b-KC583 MTDLTRLPEHDVSTGIEPVSIIEEMQCSYLDYAMSVIVSRALPDVRDGLKPVHRRILHAM 60 B.b-CIP57.17 ---LPEHDVSTGIEPVSIIEEMQCSYLDYAMSVIVSRALPDVRDGLKPVHRRILHAM 54 B.b-USM-LMMB-007 ---LPEHDVSTGIEPVSIIEEMQRSYLDYAMSVIVSRALPDVRDGLKPVHRRILHAM 54 B.b-USM-LMMB-006 ---LPEHDVSTGIEPVSIIEEMQCSYLDYAMSVIVSRALPDVRDGLKPVHRRILHAM 54 E.c-str.K-12-MG1655 ---MSDLAREITPVNIEEELKSSYLDYAMSVIVGRALPDVRDGLKPVHRRVLYAM 52 *:: * **.* **:: ***********.****************:*:**

B.b-USM-LMMB-005 NEMGLLFNKPYRKSAGVVGEVMGKFHPHGDASIYDALVRMAQDFSLRNPLIDGQGNFGSV 114 B.b-KC583 NEMGLLFNKPYRKSAGVVGEVMGKFHPHGDASIYDALVRMAQDFSLRNPLIDGQGNFGSV 120 B.b-CIP57.17 NEMGLLFNKPYRKSAGVVGEVMGKFHPHGDASIYDALVRMAQDFSLRNPLIDGQGNFGSV 114 B.b-USM-LMMB-007 NEMGLLFNKPYRKSAGVVGEVMGKFHPHGDASIYDALVRMAQDFSLRNPLIDGQGNFGSV 114 B.b-USM-LMMB-006 NEMGLLFNKPYRKSAGVVGEVMGKFHPHGDASIYDALVRMAQDFSLRNPLIDGQGNFGSV 114 E.c-str.K-12-MG1655 NVLGNDWNKAYKKSARVVGDVIGKYHPHGDSAVYDTIVRMAQPFSLRYMLVDGQGNFGSI 112 * :* :**.*:*** ***:*:**:*****:::**::***** **** *:********:

B.b-USM-LMMB-005 DGDPPAAMRYTECRLEKVAEELLADIDKDTVDFQDNYDGREHEPIVLPARFPNLLVNGSG 174 B.b-KC583 DGDPPAAMRYTECRLEKVAEELLADIDKDTVDFQDNYDGREHEPIVLPARFPNLLVNGSG 180 B.b-CIP57.17 DGDPPAAMRYTECRLEKVAEELLADIDKDTVDFQDNYDGREHEPIVLPARFPNLLVNGSG 174 B.b-USM-LMMB-007 DGDPPAAMRYTECRLEKVAEELLADIDKDTVDFQDNYDGREHEPIVLPARFPNLLVNGSG 174 B.b-USM-LMMB-006 DGDPPAAMRYTECRLEKVAEELLADIDKDTVDFQDNYDGREHEPIVLPARFPNLLVNGSG 174 E.c-str.K-12-MG1655 DGDSAAAMRYTEIRLAKIAHELMADLEKETVDFVDNYDGTEKIPDVMPTKIPNLLVNGSS 172 ***..******* ** *:*.**:**::*:**** ***** *: * *:*:::********.

B.b-USM-LMMB-005 GIAVGMATNIPPHNLGEVIDGCVALIDNPNITIDEMLAIIPGPDFPTGGIILGHSGVR-- 232 B.b-KC583 GIAVGMATNIPPHNLGEVIDGCVALIDNPNITIDEMLAIIPGPDFPTGGIILGHSGVRSA 240 B.b-CIP57.17 GIAVGMATNIPPHNLGEVIDGCVALIDNPNITIDEMLAIIPGPDFPTGGIILGHSGVR-- 232 B.b-USM-LMMB-007 GIAVGMATNIPPHNLGEVIDGCVALIDNPNITIDEMLAIIPGPDFPTGGIILGHSGVR-- 232 B.b-USM-LMMB-006 GIAVGMATNIPPHNLGEVIDGCVALIDNPNITIDEMLAIIPGPDFPTGGI--- 224 E.c-str.K-12-MG1655 GIAVGMATNIPPHNLTEVINGCLAYIDDEDISIEGLMEHIPGPDFPTAAIINGRRGIEEA 232 *************** ***:**:* **: :*:*: :: ********..*

Figura 18. Alineamiento múltiple de las secuencias aminoacídicas de GyrA de la cepa de B.

bacilliformis KC 583 y las aisladas, comparadas con GyrA de E. coli K-12, utilizando el programa

ClustalW 2.1. Se indica el QRDR comprendido en el recuadro rojo, y las sustituciones aminoacídicas (Ser por Ala) resaltado en color negro. La numeración en la parte inferior corresponde a las posiciones de los aminoácidos de la proteína GyrA de E. coli K-12 (NP_417491.1) y en la parte superior su equivalente en B. bacilliformis (YP_989035.1).

66 83 87

QRDR

57