A
B S T
R
A C T
E
v al
u at
i
o n a nd I
m
p
r o v em
e nt
of
M
et
h
od
st
oR
e c o v e r a nd D
et
e ct
H
ep
at
it
i
sA
vi
r u s a nd
a nI
nd i
c at
o rV i
r u s(
F
+
R
N
A C
ol i p h
ag
eM
S 2
)
i
nR
ep
r e s e nt
at
i
v eF
o od
sA
s s o ci
at
ed w it
h V i
r al
F
o od b
om
eO
ut
br e a
k
sS
e v e nt
y
-s
i
xm
i l l i
o ni l ln e s s e s
a nd 5
,2 0 0 d
e at
h
s a r e e st
i
m
at
ed
t
o o c c u r e a ch y
e a ri
nt
h
eU
nit
ed
S
ta
te s
a s s o ci
at
ed w i
t
h f
o od b
om
etr a
n sm
i
s si
o n of
m
ic
rob i
al p
ath
og
e n s.V i
r al
p
at
h
og
e n s c a u s e a n e sti
m
at
ed
7
o ut
of
1 0
fo o
d b
om
ei l l
n e s s e s of
k
n ow
n eti
ol
og y
.I
m
p
r o v ed
m
et
h
od
st
o r e c o v e r a nd
d
ete c
t
vi
r u s e si
nf
o od
sm
ay
r ed
u c em
o rb id i
t
y
a nd
m
o rta
l i
t
y
a s s o ci
at
ed w i
t
h f
o od b
om
ed i
s e a s eb y i d
e nt
i f y i
ng
r o ut
e s of
vi
r al
t
r a n sm
i
s si
o na n
d b y i
m
p
r o vin
g
s o u r c et
r a ck
i
ng f
o rf
o od b
om
e o utb
r e ak
sM
et
h
od
sw
e r ed
e v el
op
ed
a nd
e v a
l
u at
ed f
o r r e c o v ery
a nd d
et
e cti
o n of
a n e nt
e ri
ch
um
a n vi
r u s.H
ep
at
it
i
sA
vi
m
s(
H A V
)
,a n
d
a ni
nd i
c at
o r vi
r u s,F
+R
N
A
c ol i p h
ag
eM
S 2
(
M
S 2
)
,i
nf
o od
s c om m
o nly
a s s o ci
at
ed
w it
h
vi
r al f
o od b
om
e o utb
r e ak
s.I
nt
h
i
s stu
d y
,H
A V
w
a si
n o cul
at
ed in
to
t
om
ato
s a u c e,s
t
r aw b
e r ri
e s, and
oy
st
e r s,t
h
e n r e c o v e r ed
b y
eit
he r
a n a ci d
-ad
s o rp
t
i
o n-elu
t
i
o n-c o n -c e n
t
r at
i
o n(
A
A
/ E
)
m
et
h
od
o r a n alk
al i
n e-e
l
ut
io n
-c o n -c e n
t
r at
i
o nm
et
h
od
.V i
m
s e sw
e r ed
ete c
t
ed
a nd
e n um
e r at
ed b
y
c el l i
nf
e cti
vi
t
y
o rb y
m
ol
e c ul
a rm
et
h
od
s.F
o rm
ol
e c ul
a rd
ete c
t
i
o n a nd q
u a nt
i f
i c ati
o n, vi
r al R
N
A
w
a s e xt
ra cte
d
a nd
am
p l i fi
ed b y
c o n v e nt
io n a
l
,n e s
t
ed
, o r r e alt
i
m
eR T
-P C R
.
T h
e r e s ul
t
s of
th i
s st
ud y i
nd i
c ate
t
h
at th
eA A / E
m
et
h
od
,i
ni
t
i
al l y
u s ed
t
o r e c o v e rl
ow
l
e v el
s of
e nt
e ri
c vi
r u s e sf
r om
sh
el
l fi
sh
,m
ay
al
s ob
e ap p
l i
ed
f
o rth
e r e c o v e ry
of
vi
m
s e sf
r om
ot
h
e r c om
p l
e xf
o od
s, s u ch
a sp
r odu c e
a nd
s a u c e s.A d d i
ti
o n al ly
,p
r od
u c e a nd
s a u c e s c o nt
ain
f
ew
e r e n zy
m
at
i
ci
nh i
b
i
to r s
to
m
ol
e c ul
a rd
et
e ct
i
o nt
h
a n oy
st
e r s.B
e c a u s e of
t
h i
s,l
a rg
e rp
r odu c e
a nd
s a u c e s am
p l
e s c a nb
ea n a
l
y
z ed
b y
m
ole c u
l
a rd
et
e ct
i
o nm
et
h
od
s,l
e ad
i
ng
to
p
o s si b l y
l
ow
e r vi
m
sd
et
e ct
i
o nl
e v el
sA
ck
n ow
l
ed g
m
e nt
sI w
o ul d l ik
et
o e xt
e nd
t
h
a nk
st
om
y
ad
vi
s o r.P
r of
e s s o rM
ark D
.S
ob
s ey f
o rh i
s s up p
o rt
a n
d g
ui d
a n c e of
m
y
r e s e a r ch
a nd
t
h
em
ak i
ng
of
t
h i
st
e ch
ni
c al
r ep
o rt
.I
w
o ul
d
al
s ol i k
et
ot
h
a nk
t
h
e r e ad
e r s of m y
t
e ch
ni
c al
r ep
o rt
f
o rt
h
ei
rg
ui d
a n c e,
b
ut
e sp
e ci
al l y
:T h
e r e s aC
r om
e a n sf
o r sh
a ri
ng h
er e xp
eri
e n c e a nd i
n sig h
t
s o n vi
ru s re c o v e ry
m
eth
od
s;
Ja
nV i
nj
ef
o rh i
s ad
vi
c e o nm
ol
e c ul
a rd
et
e ct
i
o n of
vi
r u s e s;
a nd
M
i k
eJ
.C
a ste el f
o rp
r o vi
d
i
ng
f
o c u s ed
c o n s ul
t t
h
ro ug h
o ut
.A l
s o,
D
o ug
W
ait
a nd D
o r ot
h y T h
om
p
s o nw
e r eh
elp f
ul i
nth
ei
r r ol
e s a sl
ab
o r at
o ry
m
a n ag
e r a nd
c el l
c ult
u r e r e s e a r ch
e r, r e sp
e ct
i
v el y
.I w
o ul d
al
s ol ik
et
ot
h
a nk
m
y f
am
i l y
:W
e nd y
a nd
M
i k
ef
o rt
h
eir e n c o u r a
g
em
e nt
, a nd S
u eT A B L E O F C O N T E N T S
P
ag
eL I S T O F T A B L E
S
..6
L I S T O F F I G U R E S
.8
L I S T O F A B B R E V I A T I O
N
S
.1 0
1
I N T R O D U C T I O N
1
1
.1
G
e n e r a l
O
b j e c
t iv e s
4
1
.2
S
p e c i f i c
O
b j e c t i v e s
5
1
.3
E
x p e r i
m
e n t a l
D
e s ig n
6
2
L I T E R
A
T U R E R E V I E
W
1 0
2
.1
I
n
t ro d u c t i o n t o t h
eL
it e r a t u r e
R
e v
i ew
1 0
2
.2
V
ir u s e s
1 0
2 2 1
I
ntr o
d
u ct i
o n1 0
2 2 2
H
ep
at
i
ti
sA V
ir u s
1 1
2 2 3
N
o r o vi
r u s2 1
2 2 4
B
a ct
e ri
op h
ag
e s2 9
2
.3
F
o o D B O R N E
O
u t b r e a k s A N D
V
i r u s
D
e t e c t i o n
3 3
2 3 1
G
e n e r al
r e vi
ew
of f
o od
b
o r n e o ut
br e a
k
s3 3
2
.3
2
M
et
h
ods
f
o rd
ete c
ti
ng
vi
r u s e si
nf
o ods
3
5
2
.4
S
h e l l f i s h a s a
M
o d e l f o r
F
o o d
Sa f e t y
R
e s e a r c h
4
6
2 4 1
I
ntr o
d
u ct
i
o nt
oM
ol lu s
k
s4
6
2 4
.2
S h
el l
fi
sh
-
b
o r n ei
l l
n e s s e s4
6
2 4 3
P hy
si
c al
a nd B
i
ol
og i
c al P
r op
ert
i
e s of
O
y
ste r s
4
8
2
.4 4
Sh
el l
f
i sh
Mi
c r ob i
ol
og y R
e s e a r ch
4
9
2
.4
.5
S h
el l
f
i sh
H
ar v e st
i
ng
,S
u r v ei
l l
a n c e, a nd R
eg
ul
at
i
o n s5
8
2
.5
S
u
m m
a r y o f
L
i t e r a t u r e
R
e v i e
w
6 2
3
M
E T
H O
D S A
N
D
M
A
T E R I
A
L S
6 4
3
.1
F
O O D
Sa
m
p l e s
6 4
3
.1
.1
T
om
at
o s a u c e6 4
3 1 2
S
t
ra w
b
e r ri
e s6
5
3 1 3
O
y
st
e r s(
C
r a s s o str e a v
i
rg i
ni
c a)
6
5
3
.2
V
i r u s e s
6 6
3 2
.1
H
ep
at i t is
A V i
r u s(H
A V
)
6 6
3
.2
.2
C
ol
ip h
ag
eMS2
6
7
3
2
.3
S
e ed
ed
f
o od
s am p
le s
w
i
t
h l
ab
o r ato r
y
vi
r u s6
7
3
.3
V
i r u s c o n c e n t r a t i o n A N D p u r i f i c a t i o n
6
8
3
.3
.1
E l
u a nts
6 8
3
.3 2
P
ol
y
et
h y l
e n eg ly
c ol
(
P E
G
)
p
r e cip i
ta
t
i
o n6 8
3 3 4
L
arg
e vol
um
eUN
A
ext
ract
i
o n6 9
3 3 5
A l
c oh
ol
n ucl
ei
c a ci d p
re ci
p
i t
at i
o n7 1
3
.4
M
o l e c u l a r
D
e t e c t i o n
M
e t h o d s
7 2
3
.4 1
Co n v e n
t
i
o n al
r e v e r s e-
tr
a n s c rip
t
i
o np
ol
y m
e r a s e ch
ai
n re a ct
i
o n72
3 4 2
N
e st
ed
re v ers et
r a n s crip
t i
o np
oly m
era s e ch
ai
n r e a ct
i
o n73
3
.4
.3
R
e al
-
T i m
eR T
-P C R
am p l
i
f
ic ati
o n a nd d
ete c
t i
o n7 5
3
.5
S
t a t i s t i c a l
A
n a l y s i s
7 7
4
R E S U L T S
7 8
4
.1
O
v e r v i e
w
7 8
4
.2
A
l k a l in e
E
l u t i o n
M
e t h o d s
7
9
4 2 1
R
e c o v ery
of
vi
r u s esf
rom b l
e nde
d
str
aw
b
e r ri
es a nd
t
om
ato s a u c e u s
i
ng
as
i
m p l
e al k
al
in e
el
ut i
on a nd P E G p
re ci
p
i t
at
i
o nm
et
h
od
8 0
4 2 2
R
e c o v e ry
of
vi
r u s e sf
r om
oy
st
e rt
i
s s u e u si
ng
a si m p l
ed ir e c
t
el
uti
o n a nd
P E G p
r e cip i
ta
t
i
o nm
et
h
od
8 5
4
.2
.3
M
ol
e c ul
ard
ete c
ti
o n of
h
ep
at
i
t
i
sA
vi
r u s u si
ng C
o n v e nti
o n al O
n eS
te
p
r e v e r s e
t
r a n s c ri
p
ta s e
p
ol
y m
e r a s e ch
ai
n r e a ct i
o n(
R T
-P C R
)
9 1
4 2
.4
S
am p l
eq
u al
i t
y
a nd
c om p
at ib
i
l i
t
y
w
i
t
h
vi
r u sd
ete c
t io n
m
eth
od
s u si
ng
m
ul
t
ip l
e el
ut
i
o n a nd P E G p
r e cip i
ta
t
io n s
te
p
s93
4 2 5
R
e c o v ery
of
H
A V
fr
om
c om p l
e xf
o od
s u si
ng m
ul
t
ip l
e el
uti
o n a nd
P E G
s
t
ep
s9 7
4
.3
V
i r u s
N
u c l e i c
A
c i d
A m
p l i f i c a t i o n a n d
D
e t e c t i o n
1 0 2
4 3 1
M
ol
e c ul
a rd
et
e ct i
o n of
h
ep
at i t
is
A
vi
r u s u si
ng
r e al
ti m
eR T
-P C R
, a nd
n e s
te
d
R T
-P C R
1 0 2
4
.4
A
c i d
-
a d s o r p t i o n
E
l u t io n
M
e t h o d s
10
6
4 4 1
D
evel
op m
e nt
of
a ci
d
-ad
s o rp
t i
o n el
ut
i
o nm
et
h
od
st
o r e c over vi
r u s e sf
rom
f
ruit
a nd
v eg
et
ab l
e(
n o n-oy
st
er)
f
o od m
at
ri
c e s •1 0 6
4 4 2
R
e c overy
of
h
ep
at i t is
A
vi
r u sd
u ri
ng P E G
,RN
A
e xtr a c
t
i
o n a nd U
NA
p
r e cip i
t
at
i
o n1 1 7
4
.4
.3
L i m i
t
of
d
et
e ct
i
o n of
h
ep
at
i
ti
sA
vir u s
i
nf
o od
elu a
t
e s u sin
g
r e al
t
i m
eR T
-P C R
1 1 9
4 4 4
C h
a r a cte r
i
zi
ng
f
o od
-b
a s ed i
nh
i
bi
t
o r sb
y
n e st
ed R T
-P C R
, r e a
l
t
im
eR T
-P C R,
a nd
sp
e ct
rop h
oto
m
etr
y
1 2 8
4
.4 5
R
e c ov e ry
eff
i ci
e n cy
of
vi
r u s e si
n c om p l
e xf
o od
s u si
ng
a ci d
-ad
s orp
t
i
o ne
lu
t
i
o nm
et
h
od
s13
8
4
.5
H
a n d l in g
T
i
m
e
1 5 1
5
D I S C U S S I
O
N
1 5 3
5
.1
In t r o d u c t i o n
15
3
5
.2
R
e c o v e
ri n g v i r u s e s f r o
m
f o o d s
1 5 5
5 2
.1
E
ff
i c a cy
of
a cid
-ad
s o rp
t
io n
st
ep
1 5 7
5 2 2
C
o n c e ntr a
ti
ng
a nd p
u ri
f
y i
ng
vi
ru s e si
nf
o od
el
u at
e s1
60
5
.2 3
C
om p
a ri
ng
r e c o v e ri
e s of
H
A V
to
c ol ip h
ag
eM
S 2
1 6 2
5
.3
D
e t e c t in g v i r u s e s
16
4
5 3
.1
S
amp l
eq
u al i
t
y
a nd
vi
r u sd
ete c
t
i
o nm
et
h
od
s : a st
ud y
of
i
nh i b i
to r s
i
nR T
5 3 2
L i
m
i t
s of
d
ete c
t i
o n of
A l k
al
i
ne el
ut i
o n a nd A
ci
d
-ad
sorp
ti
o n el
u ti
o nm
et
h
ods
1 6 8
5
.4
R
e c o
m m
e n d a t i o n o n p r a c t i c a l a s p e c t s o f p r o c e s s in g s u s p e c t e d v i r a l l y
c o n t a
m
in a t e d f o o d s a
m
p l e s
1 7 1
5 4 1
H
a nd li
ng T i m
e a nd
t
i m
et
oy i
el
d
r e s ul
t
s1 7 2
5 4 2
S
am p
le n u
m b
e r a nd
s am p l
e siz
e1 7 4
5
.5
F
in d s o
ft h i s
S
t u d y a n d t h
eS
ta
te o f t h
eS
c i e n c e
1 7 7
6
C O N C L U S I O N S
1 7 9
L I
ST O F T A B L E S
T
ab
l
e2 2 1 R
el
at
i
o nb
etw
e e nH A V p
o si
t
i
vit
y f
r om
h
um
a n st
o ol
a nd
i
nf
e ct
i
o ni
n a ni
m
al
s.1 7
T
ab l
e2
.2 2 F
o od b
om
et
r a n sm
i
s si
o n of H
ep
at
i
t
i
sA
vi
r u sb y f
o od
t
y p
e1 9
T
ab l
e2 2 3
N
i
n et
y
n o n-b
a ct
e ri
al g
a st
r o e nt
e ri
t
i
s o ut
b
r e ak
sf
r om
1 9 9 6
t
o1 9 9 7
2 5
T
ab
l
e2
.2 4
N
o r o vi
r u sT
r a n sm
i
s si
o ni
nR
e c e nt
V i
r al G
a st
r o e nt
e ri
ti
sO
utb
r e ak
s2 8
T
ab
l
e2
.2 5 O y
st
e r s r el
at
ed
o utb
r e ak
sd
u et
oN
o r o vi
r u s a nd
(p
r e-
h
a r v e st
)
s ew
ag
ec o n
t
am
i
n at
i
o n2 9
T
ab
l
e2
.2
.6 B
a ct
e ri
op h
ag
e si
m
p
o rt
a nt
f
o rw
at
e rq
u al it
y
a s s e s sm
e nt
3 1
T
ab
l
e2
.4
.1 S h
el l f
i sh
-
b
om
ei l l
n e s s e sf
r om
o rg
a ni
sm
s, ch
em
i
c al
s, a nd i
m m
u n ol
og i
c al
r e s
p
o n s e s4 7
T
ab
l
e2
.4
.2 V i
r u s a c c um
ul
at
i
o ni
nSh
el l fi
sh
5 2
T
ab
l
e2
.4
.1
M
ol
e c ul
a r s u r v ei l l
a n c e of
sh
el l fi
sh
f
r om
1 9 9 6
-
2 0 03
5 7
T
ab
l
e2
.4
,2 R
eg
ul
at
o ry
st
a nd
a rd
sf
o r sh
el lfi
sh i
nU S A
a nd
E
u r op
e a nU
ni
o n6 0
T
ab
l
e2
.4
.3
M
o nit
o ri
ng b y
a ct
i
vit
y
a nd
ag
e n cy i
nN
o rt
h C
a r ol i
n a6 0
T
ab l
e3
.1
.
1
N
ut
ri
t
i
o n al
c om
p
o n e nt
si
nt
om
at
o s a u c e a nd
st
r aw
b
e r ri
e s, a nd
oy
st
e r s6 5
T
ab
l
e3
.3
.1 P
r e cip i
t
ati
o n of
vi
r al R
N
A
7 2
T
ab
l
e3
.4 1 P
ri
m
e r s u s ed i
n c o n v e nt
i
o n al R T
-
P C R
a s s ay
s7 3
T
ab
l
e3
.4 2 P
rim
e r sf
o rH
ep
at
i
t
i
sA
vi
r u s, n e s
t
ed
R T
-P C R
a s s a
y
7 5
T
ab
l
e3
.4
.3 O l i g
o n u cl
e ot
i d
ep
ri
m
e r/
p
r ob
e s eq
u e n c e sf
o rH A V i
nR
e al
-
t
im
eR T
-P C R
. ..7 6
T
ab l
e4
.2 1 R
e c o v e ry
of
i
nf
e cti
o u s of
c ol i p h
ag
eM
S2 f
r om
oy
st
e rt
i
s s u e u si
ng
a n el
ut
i
o nm
et
h
od
8 8
T
ab
l
e4
.2 2 R
e c o v e ry
of i
nf
e cti
o u sM
S 2 f
rom
oy
st
e rt
i
s s u e u si
ng
a n el
uti
o nm
et
h
od
f
ol l
ow
ed b y p
oly
et
h y l
e n eg
l
y
c ol
(
P E G
)
p
r e ci p i
t
at
i
o n9 0
T
ab
l
e4
.2
.3 R
e c o v e ry
of i
nf
e cti
o u sH A
V f
rom
oy
st
e rt
i
s s u e u si
ng
a n el
ut
i
o nm
et
h
od
f
ol l
ow
ed b y p
ol y
et
h y l
e n eg l y
c ol
(
P E G
)
p
r e ci p i
t
at
i
o n9 0
T
ab l
e4
.2
.4 D
et
e ct
i
o n of
i
nf
e ct
i
o u sH A V
(
a nd H A V R N A
;
s e eF
i
g
.4
.2
.9
)
i
n u n s e ed
ed
e
l
u at
e s a nd
u n s e ed
ed
P E G m
at
e ri
al
aft
e r sp
e cifi
c st
ag
e s of
s am
p
l
ep
r o c e s si
ng
9 6
T
ab
l
e4
.2
.5 C
om
p
a ni
o nt
oF
i
g
u r e s4
.4
.12
a nd
4
.4
.1 3 g i
vi
ng
e xp
e ct
ed
l
e v el
s of
H
A
V
i
nc e
l l
c ul
t
u r ei
n o c ul
um
s a nd O
n eS
t
ep R T
-P C R
r e a ct
i
o n s,
b
a s ed
o nf
o od
a nd i
ni
t
i
al
i
n o c ul
um
9 9
T
ab
l
e4
.3
.1 D
at
af
r om
q
u a nt
it
at
i
v e r e al
t
i m
eR T
-P C R
s
t
a nd
a rd
c u r v e sf
o rh
ep
at
it
i
sA
vi
r u s1 0 3
T
ab
l
e4
.4
.1
H
A V
r e c o v e r ed f
r om
ad i
s c a rd
ed
s up
e r n at
a nt
d
u ri
ng
a ci d
- a
d
s o rp
t
i
o n el
ut
i
o nm
et
h
od
10 8
T
ab
l
e4
.4
.2
M
S 2
r e c o v e r ed f
r om
t
h
ed
i
s c a rd
ed
s up
e r n at
a nt
of
t
h
e a ci d
-ad
s o r
p
ti
o n el
ut
i
o nm
et
h
od
1 0 8
T
ab l
e4
.4
.3
H A V
r e c o v e r ed f
r om
w
at
e rw
a sh
el
u at
e s ad
j
u st
ed
t
o2 d i f
f
e r e nt
p H
s a nd
c e n
t
ri f
ug
ed
3 d i ff
e r e nt
sp
e ed
s1 1 5
T
ab l
e4
.4
.4 T
om
at
o s a u c ei
nh
i b i
ti
o nt
ot
h
ed
et
e ct
i
o n of H
A V b y
r e alt
i
m
eR T
-P C R
1 1 5
T
ab
l
e4
.4
.5 H A V
r e c o v e r ed f
r om
w
at
e rw
a sh
el
u at
e s ad
j
u st
ed
t
o3 d i f
f
e r e nt
p H
s a nd
3
d
i
f f
e r e nt
c o nd
u ct
i
vit
i
e s1 1 6
T
ab l
e4
.4
.
6
T
om
at
o s a u c ei
nh i b i
ti
o nt
ot
h
ed
et
e ct
i
o n of H
A V
b
y
r e alt
i m
eR T
-
P C
R
1 1
6
T
ab
le
4
.4
.8
.I
nh i b i
ti
onf
r om
c om
p l
exf
o od
el
u ate s to th
ed
ete cti
on of H A V i
n r e alt
i
m
eR T
-P C R
12 1
T
ab
le
4
.4
.9 D i g
e st
io n
of f
o od
sw it
h G
uS C N l y
si
sb
uf f
e r : aq
u al i
ta
t
iv e
a n al
y
si
s1 2 5
T
ab
l
e4
.4
.1 0 R
e c o v e ry
a nd d
et
e ct
io n
of
H A V f
r om
st
r aw
b
e r ry
s a u c e elu a
t
e s u si
ng
r e a
lt
i
m
eR T
-P C R
1 2 7
T
ab l
e4 4
.1 1 R
e c o v e ry
a nd d
et
e ct
i
o n of H A V f
r om
t
om
at
o s a u c e el
u at
e s u si
ng
re al
t
im
eR T
-P C R
1 2 7
T
ab l
e4
.4
.1 2 R
e alt
i
m
eR T
-
P C R d
et
e ct
i
o n of h
ep
at
i
t
i
sA
vi
r u si
nf
o od
sb
y
sh
o rt
a ci d
-a
d
s o rp
t
i
o n el
ut
i
o nm
et
ho
d
1 3 2
T
ab l
e4
.4
.1 3
M
o n o v al
e nt
c at
i
o n si
n al
c oh
ol
n u cl
ei
c a ci d p
r e cip i
t
at
i
o n a nd
t
h
eir
ab i l it
y
t
os o
l
ub
al i
z ep l
a nt
p
ol y
s a c ch
a ri d
e sin
to
m
at
o s a u c e1 3 7
T
ab l
e4
.4
.1 4
M
a s s of H
A
V R
N
A b
a s ed
o nSp
e ct
r op h
ot
om
et
ri
c a n al y
si
s1 3 8
T
ab l
e4
.4
.1 5 R
e c o v e ry
of
c ol i p h
ag
eM
S 2
f
r om
T S
a nd
S S
u sin
g
t
h
e a ci
d
-ad
s o rp
ti
o ne
l
ut
i
o nm
et
h
od f
r om
F i g
u r e4
.4
.1 1
1 4 0
T
ab l
e4
.4
.16
I
nf
e ct
i
vi
t
y
, n e s
te
d R T
-P C R
, a n
d
r e al
ti
m
eR T
-
P C R R
e s ul
t
sfo r
th
e%
r e c o v e r
y
of H A
V f
r om
t
om
ato
s a u c e u si
ng
a sh
o rt
a ci d
ad
s o rp
t
io n
elu
t
i
o nm
et
h
od
14 6
T
ab l
e4
.4
.17 R
e alt
i m
eR T
-
P C R
to
d
et
e ct
h
ep
at
it
i
sA
vir u s r e c o v e r e
d
f
r om
t
om
at
o s a u c eb
y
a sh
o rt
a cid
ad
s o rp
t
i
o n el
ut
i
o nm
et
h
od
1 4 7
T
ab
l
e4
.4
.1 8 D
ete c
t
i
o nl i
m
i
t
of
H A V in
t
om
ato
s a u c e u si
ng
a sh
o rt
A
ci d
-ad
s o rp
t
i
o ne
lu
t
i
o nm
et
h
od
1 4 9
T
ab
le
4
.4
.1 9 D
et
e ct
i
o nl i
m
i
t
of
H A V i
n st
r aw b
e r ry
s a u c e u si
ng
a sh
o rt
A
ci d
-a
d
s o rp
t
i
o nL I S T O F F I G U R E S
F i g
u r e2
.2 1 H
ep
at
i
t
i
sA g
e n om
e al
o ng w i
t
h
st
r u ct
u r al
a nd
n o n-s
t
r u ctu r a
l p
r ote
i
n s1 2
F i g
u r e4
.2
.1 P
r oto c o
l f
o r r e c o v e ry
of
H A V
a nd
M
S 2 f
r om
st
r aw b
e r ry
s a u c e u si
ng
a na
m
in o
a ci d
el
ut
i
o np
r o c ed
u r ew
it
h
p H
ad
j
u st
m
e nt
8 2
F
i
g
u r e4
.2
.2 R T
-
PC R
of
H A V
r e c o v e r ed f
r om
str a
w
b
e r ry
h
om
og
e n at
e s8 3
F i g
u r e4
.2
.3 P
r ot
o c ol f
o r el
ut
i
o n of
H
A V
a nd
ot
h
e r vi
r u s e sf
r om
t
om
at
o s a u c e8 4
F i g
ure4
.2
.4 R T
-
P C R
of H A V
re c o v ere
d f
r om
t
om
at
o s a u c e sam
p l
e s8 4
F i g
u r e4 2
.5 D i
r e ct
E lu
t
i
o n a nd P E G p
r e cip i
t
at
i
o nm
et
ho
d f
o rt
he r e c o v e r
y
of
vi
r u s e sf
r om
oy
ste r s
8 7
F i g
u r e4 2
.6 R
e c o v e ry
of
H A
V
a nd
M
S 2 f
r om
oy
st
e rt
i
s s u ein
d
up l i
c ate
d
e xp
e ri
m
e nt
s u si
ng
a n el
ut
i
o nm
et
h
od f
ol l
ow
ed b y p
oly
et
h y l
e n eg l y
c ol
(
P E G
)
p
r e ci p i
t
at
i
o n9 1
F i g
u r e4
.2
.7 T i
t
r at
i
o n of H A V H
M
1 7 5
u si
ng
ch
em
i
c al
e xtr a c
t
i
o n of R N A f
ol l
ow
ed b y
O
n eSt
ep R T
-P C R
: r el
at
i
o n sh ip
t
oin
f
e ct
i
o u s u ni
t
s9 3
F i g
u r e4
.2
.8
M
ul
t
i p l
e el
ut
i
o n a nd P E G p
r e cip i
t
at
i
o nm
et
h
od
f
o r vi
r u s r e c o v e ry
a nd
d
ete c
t
i
o n9
4
F i g
u r e4
.2
.9 O
n eSt
ep R T
-
P C
R
of
R N A
ch
em
i
c al
l
y
e xt
r a cte
d f
r om
H A V
s am
p l
e st
h
at
h
ad
b
e e n s e ede
d i
nt
o oy
st
e r elu a
t
e a nd
th
e np
r e ci p
it
at
ed
w it
h
P E G
(
s e eT
ab
l
e4
.2
.5
f
o rs a
m
p l
ed
e s cri p
ti
o n s)
9 7
F i g
u r e4
.2
.1 0
M
ul
t
ip l
e el
uti
o n a nd P E G
m
et
h
od
9 8
F i g
u r e4
.2
.1 1 O
n eS
t
ep R T
-
P C R
of H A V
r e c o v e r ed f
r om
t
om
ato
s a u c e, str a
w b
e r ry
s a u c e, a nd
oy
st
e r s amp l
e s(
f
o od
s am
p l
e s s e ed
ed
w i
th 1 0 0 P F U
o r3 9 0 0 R T P C R U
)
1 0 0
F i g
u r e4
.2
.1 2 O
n eS
t
ep R T
-
P C R
of
H A
V
re c o v e r e
d f
r om
t
om
at
o s a u c e, st
raw b
e r ry
s a u c e, a nd
oy
st
e r s am
p l
e s(
f
o od
s amp l
e s s e ede
d w it
h 10 0 0 P F U
o r3 9 0 0 0 R T P C R U
)
....1 0 0
F i g
u r e4
.3
.1 T i
t
r at
i
o n of
st
o ck H
ep
at
i
t
i
sA
vi
r u sb y N
e ste
d
R T
-P C R
1 0 5
F i g
u r e4
.4
.1 A
ci d
-ad
s o rp
t
i
o n of
vi
r u s e st
ot
om
at
o s a u c e a nd
b
l
e nd
ed
str a
w b
e r ri
e s1 0 7
F
i
g
u r e4
.4
.2 E
f f
i ci
e n cy
of
H
A
V
a nd
M
S 2 A
ci d A
d
s o rp
t
i
o nt
oF
o od
s1 0 9
F i g
u r e4
.4
.3 E
f
f
e ct
s of
s am
p
le
d i l
ut
io n
o n c o nd
u ct
i
vit
y
of
t
om
ato
s a u c e a nd
st
r aw
b
e r ri
e s1 1 0
F i g
u r e4
.4
.4
.E f f
e ct
of
s am
p l
ed i l
ut
i
o n o np H
of
t
om
at
o s a u c e a nd
st
r aw b
e r ri
e sI l l
F i g
u r e4
.4
.5 A
ci d
-a
d
s o rp
t
i
o n el
ut
i
o nm
et
h
od f
o rt
h
e r e c o v e ry
of
vi
r u s e sf
r om
c om
p l
e xf
o od
s am
p l
e s1 2 0
F i g
u r e4
.4
.6 O
v e r vi
ew
of
sh
ort
a nd l
o ng
a ci d
-a
d
s o rp
t
i
o n el
ut
i
o nm
et
h
od
s1 3 0
F i g
u r e4
.4
.7 S h
o rt
a ci d
-a
d
s o rp
t
i
o n el
ut
io n
m
et
h
od
t
o r e c o v e rH A V f
r om
p
r od
u c e1 3 1
F i g
u r e4
.4
.8 E f f
e ct
of
s am
p
le
d i l
ut
i
o n o nd
et
e cti
o n of H
A V
R
N
A b y
r e al
t
i
m
eR T
-P C R
1 3 3
F i g
u r e4
.4
.9 E f f
e ct
of f
o od
s am
p l
ed
i l
ut
i
o n o n n e st
ed R T
-P C R
de
t
e cti
o n of H A V R
N
A i
nt
om
ato
s a u c e e xtr a c
t
s1 3 5
F i g
u r e4
.4
.1
0
E f
f
e ct
of f
o od
s am
p
le
d i
lu
t
i
o n o n n e st
ed
R T
-
P
C
R
d
ete c
t
i
o n of
H
A
V R
N
A
i
n st
r aw b
e r ry
e xt
r a cts
1 3 5
F
i
g
u r e4
.4
.1 1
A
ci d
-ad
s o r
p
t
io n
el
ut
i
o nm
et
h
od f
o rth
e r e c o v e ry
of
vi
r u s e sf
r om
c om
p
le x
F i g
ur e4
.4 12
O
neS
tep
R
T
-P C
R
of R
N
A
fr o
m
H A V
r e c ove r ed f
r om
to
m
ato s auc e.Str a
w
b
e r ry
s a u c e, a nd
oy
ste r s a
m
p
l
e s u si
ng
a n a ci d
-ad
s o r
p
t
i
o n el
ut
i
o nm
et
h
od
(
f
o od
s a
m p
l
e s s e ed
ed
w
i
th
1 0 0 P F
U
o r3 9 0 0 R T P C R
U
)
14 2
F i g
u r e4
.4
.1 3 O
n eSt
ep R T
-P C R
of
R
N
A f
r om
H A V
r e c o v e r ed f
r om
to
m
at
o s a u c e ,s
t
raw
b
erry
s a u c e, a nd
oy
ste r s a
m
p l
e s u si
ng
a n a ci d
-ad
s or
p
ti
o n el
ut
i
o nm
et
h
od
(
f
o od
s a
m
p l
e s s e ed
ed
w
i
th 1 0 0 0 P F U
o r3 9 0 0 0 R T P C R U
)
1 4 2
F i g
u r e4
.4 1 4 S h
o rt
a ci d
-ad
s o rp
t
i
o n elu
t
i
o nm
eth
od
t
o r e c o v e rH A V f
r om
p
r od
u c e1 4 3
F i g
u r e4
.4
.1 5
N
e ste
d R T
-
P C R
of H A V i
nt
om
at
o s a u c ep
r o c e s s ed
b y
sh
o rt
a ci d
L I S T
O
F
A
B B
R
E
V
I
A
T I
O
N S
5 0
-T C I D
5 0
%
ti
s s u e c ul
t
u r ei
nf
e ct
i
o u sd
o s eC D C
C
e nt
e r sf
o rD i
s e a s eC
o nt
r ol
a nd P
r e v e nt
i
o nC T A B
c et
y l
t
ri
m
et
h y l
am m
o ni
um
b
r om
i d
eB A
M
B
a ct
e ri
ol
og i
c al A
n al y
t
i
c al
M
a n u al
of
t
h
eF D A
D
A L
D
o ub
l
eA g
a rL
ay
e rm
et
h
od
D E H
N
o rt
h C
a r ol i
n aD i
vi
si
o n of E
n vi
r o nm
e nt
al H
e al
th
D
M
F
N
o rt
h C
a r ol i
n aD i
vi
si
o n of
M
a ri
n eF i
sh
e ri
e sD N A
d
e o xy
ri b
o n u cl
ei
c a ci d
D
W
Q
N
o rt
h C
a r ol i
n aD i
vi
si
o n of
W
at
e rQ
u al i
t
y
E
M
el
e ct
r o nm
i
c r o s c op y
F D A
F
o od
a nd
D
r ug A d
m i
ni
st
r ati
o nF D
C
F
ed
e r al F
o od
a nd D
r ug C
o sm
et
i
cA
ct
G I
N
oro vi
r u sg
e n og
ro up I
G
i l
N
o r o vi
r u sg
e n og
r o up I I
G
U I
N
o r o vi
r u sg
e n og
r o up I I I
G
I V
N
o r o vi
r u sg
e n og
r o up I V
G
uS C N
G
u a ni d i
ni
um
I
s ot
h i
o ci
n at
eH A V
H
ep
at
i
ti
sA
vi
r u sH I V
H
um
a ni m m
u n od
ef
i ci
e n cy
vi
r u sI D
-5 0
d
o s et
oi
nf
e ct
h
al f
of
al l p
at
i
e nt
sl E
M
i
m m
u n e el
e ct
r o nm
i
c r o s c op y
M
P N
m
o st
p
r ob
ab l
e n um
b
e rM
S 2
C
ol ip h
ag
eM
S 2
N
V
N
o r o vi
r u sN
S S P
N
at
i
o n al S h
el l
fi
sh S
a ni
t
at
i
o nP
r og
r am
P
C
R
p
ol
y
m
e r a s e ch
ai
n r e a ct
i
o nP B S
p h
o sp h
at
eb
uf f
e r ed
s ol
ut
i
o nP D U
p
ol y
m
e r a s e ch
ai
n r e a ct
i
o nd
et
e ct
ab
l
e u ni
t
sP
F U
p l
aq
uef
o rm
i
ng
unit
R
N
A
rib
o n u cl
ei
c a ci d
sR T
r e v e r s et
r a n s c ri p
ti
o nR T
-P C R
r e v e r s et
r a n s c ri p
t
a s ep
ol y
m
e r a s e ch
ai
n r e a ct
i
o nS A L
S i
ng l
eA g
a rL
ay
e rm
eth
od
S R V S
sm
al l
r o u nd
str u ctu r e
d
vi
r u s e sT
M
D L
to
t
al m
a xi
m
um
d
ai l y l
oad
U S
U
ni
t
ed
S
ta
t
e s1
I
nt
r od
u ct i
o nH
um
a n sm
ay b
e e xp
o s ed
t
op
at
h
og
e n sth
ro ug h
m
a ny d i f f
ere nt
ro ut
esi
n cl
ud i
ng w
a ste
,w
at
er,a
i
r, s o
i l
,f
o od
s, v e ct
o r s, o rf
om
i
te s
.A
m
o ng
t
h
e e st
i
m
at
ed 3 8
.6
m
i l l i
o ni l l
n e s s e s ca u s ed b y
k
n ow
np
ath
og
e n s e a ch y
e a ri
nt
h
eU
ni
te
d St
ate s
, a n e st
i
m
at
e1 3 8
m
i l l i
o ni l l
n e s s e s(
3 6
%
)
r e s u
l
t
fr o
m
f
o od b
om
et
r a n sm
i
s si
o n(
M
e ad
,S l
ut
sk
e r et
al
.19 9 9
)
I
t
i
s al
s o e st
i
m
ate
d
t
h
at
a r o u n
d 7
of
e v e ry
1 0 f
o od b
om
ei l l
n e s s e s of k
n ow
n eti
ol
og y
a r e c a u s ed b y
vi
r al p
at
ho
g
e n s(
M
e ad
,S l
ut
sk
er et
al
.1 9 9 9
)
.E
st
i
m
ate s
f
o rth
e n um
b
er of
vir
al f
o od b
om
e o utb
re ak
s a r e u s ed
b
e c a u s e;
1
)
o nl y
af
r a ct
i
o n of f
o od b
om
e o ut
br e a
k
s a r e r ep
o rte
d
a nd
i
n v e sti g
at
ed
(
O l
s e n ,M
a cK i
n n o n et
al
.2 0 0 0
)
;
a nd 2
)
al
th
o ug h
t
e ch
n ol
og y
e xi
st
sf
o rd
ete c
t
i
ng
n o n-c ul
t
i
v ab l
e vi
r u s e sb y p
oly m
e r a s e ch
ai
n r e a ct
i
o n(
P C R
)
,t
h
e ap p l i
ed
u s e of
th
at
t
e ch
n ol
og y
t
od
et
e ct
vi
r al
p
ath
og
e n sin
f
o od b
om
e o ut
br e a
k
si
s s el d
om
u s ed
—
r e s ult
in
g
i
n c o nf
u sin
g
la
b
el i
ng
of
vi
r u s e sa s "u n
k
n ow
n ag
e nt
s" o r "n o n-b
a c
te r
ia
l p
ath
og
e n s. "T h i
sw
r o ng f
ul l
ab
el i
ng d
e-e
m
p h
a si
z e st
h
eim
p
o rt
a n c e of
vir u s e s
i
nf
o od
bo
m
e o ut
b
r e ak
s, a nd l
e ad
s r eg
ul
at
o r sto
m
ak
ed
e ci
si
o n sw i
t
h
o ut
k
n ow
i
ng
al l
t
h
ef
a ct
s.T h
ed
ata
p
r e s e nt
ed
ab
o v eb y
M
e ad
a nd
c ol l
e ag
u e s sho
w
sd i
s e a s e c a u s ed
b y k
n ow
np
at
h
og
e n s,b
ut
l
o ok i
ng
at t
h
ed
at
af
r om
th
ep
oi
nt
of
vi
ew
of
u nk
n ow
np
at
h
og
e n sy i
el d y
e a rl y
e sti
m
at
e s of 6 2
m
i l l i
o n(
8 2
%
)
i
l l
n e s s e s a nd
3
,4 0 0
(
6 5
%
)
d
e ath
sd
u et
o a c ut
eg
a st
r o e nte r
i
t
i
s c a u s ed b y
u nk
n ow
nf
o od b
om
e ag
e nts
(
M
e ad
,S lu
t
sk
e r et
al
.1 9 9 9
)
.F
r om
t
h i
s ,u n
k
n ow
n ag
ent
si
s s ol
a rg
e(
a r ou nd
$
1 7 b i l l i
o np
e ry
e ar)
"t
h
at
i
n creased
ef f
o rts
t
oi d
e nt
i f y
t
h
ec a u s a
l
ag
e nt
s arew
a r r a nte
d
"(
F
r e n z e n2 0 0 4
)
.C
o nt
r ol l i
ng f
o od b
om
e o ut
b
r e ak
s a r ei m
p
o rta n
t
f
o r ot
h
e r r e a s o n st
h
a nt
om
ai
nta
i
np
ub l i
ch
e al
t
h
T h
e r ei
s a n u nk
n ow
n,b
ut
h i g h
c o st
a s s o ci
ate
d
w
i
t
h
m
o st
f
o od b
om
e o ut
b
re ak
s.P
at
i
e nt
sm
ad
ei l l b y f
o od b
om
e o ut
b
r e ak
f
a c e e c o n om
i
c r ep
e r c u s si
o n s of
t
h
ei
ri l l
n e s si
n cl
ud i
ng
l
o s s of
w
o rk d
ay
s, r ed
u c ed q
u al i
t
y
of l i f
e,h
o sp i
t
al
vi
si
t
s, a nd i
n s om
e c a s e sd
e at
h
.F
a rm
s,d
i
st
ri b
ut
o r s,r e s
t
a u r a nts
a nd
c at
e r e r s al
s o s uf f
e r e c o n om
i
cl
o s s e sf
r om
f
o od
bo
m
e o ut
b
r e ak
st
r a c ed
t
oth
ei
ro
p
e r at
i
o n.I
nf
a ct
, o nly 1 i
n5
r e sta u r a n
t
s e v e r r e c o v e r e c o n om
i
c al l y f
r om
s u sp
e ct
ed
f
o od b
om
eo u
t
b
r e ak
s(
J
e nk i
n s2 0 0 4
)
, s o e v e n "f
al
s e al
a rm
s"h
a v eg
r a v ei m p
a ct
o n r e st
a u r a nt
e u r s a nd
p
o s si b ly
ot
h
e r si
nt
h
e ch
ai
n of f
o od
p
r odu c
t
i
o n a nd
s al
e.C
r e at
i
ng
t
h
e c a u s at
i
v el i
nk b
et
w
e e nf
o od
s a nd d
i
s e a s e al
s o ap p
l i
e st
o ot
he r
fi
el
d
s s u ch
a sf
o od
s af
et
y
,b i
ot
e r r o ris
m
, a nd f
o r e n sic
cr
i
m
i
n ol
og y
.S
u ch w
a st
h
e c a s ew i
t
h
t
h
ep
urp
o s ef
ul S
al m
o n el l
a c o nt
am
i
n at
i
o n of
s al
ad
b
a r sb y
a r el i g i
o u s c ul
t
i
nO
r eg
o n(
T
o r ok
,T
a u x e et
al
.1 9 9 7
)
.
M
et
h
od
st
o r e c o v e r a nd
d
et
e ct
p
at
h
og
e ni
c vi
r u s e sin
t
h
e e n vi
r o nm
e nt
a r e c om
p l i
c at
ed b y
l
ow
n u
m
b
e r s of
vi
r u s e st
h
at
a r ed i
sp
e r s ed
n o n-r a nd
om
l y i
nm
at
ri
c e s n ot
e a si l y
am
e n ab
l
et
o vi
m
sr e c o v e r
y
a nd d
et
e ct
i
o n .G i
v e nt
h
e s e ch
al l
e ng
e s, s ci
e n c eh
a sm
ad
ep
r og
r e s s o n e nte r
i
c vi
r al
i
nf
e ct
i
o n, r ep l i
c at
i
o n,f
ate
,t
r a n sf
e r, a nd d i
si
nf
e ct
i
o n.I
nl
ab
o r at
o ry b
e n ch
e xp
e ri
m
e nt
s,H A V
a n
d
M
S 2
, a s si
ng l
e-s
t
r a nd
ed R
N
A
vi
m
s e s,
m
ay
a ct
a sm
od
el
sf
o r ot
h
e r si
ng l
e-s
t
ra nd
ed f
e c al l y
a s s o c