La distribución de la fauna acuática no demuestra ningún patrón correlacionado con el área geográfica sino con el tipo de hábitat. En Las Diablas (Tabla 4), la composición de peces y macrocrustáceos fue la típica que corresponde a ambientes de aguas salobres encontrados en países de la costa pacífica de América del Sur (Román-Contreras 1991). En los humedales ecuatorianos se halló el mismo conjunto de especies (Bonifaz et al. 1985, IUCN-PMRC-MTA-PNUMA 2000). Esta laguna de agua salobre mostró la riqueza específica más alta en cuanto a peces, macrocrustáceos e insectos (Figuras 2 y 3). La baja salinidad, junto con una gran diversidad del hábitat, fueron probablemente las razones para tal riqueza comparada con otras lagunas del Archipiélago. La riqueza de ictiofauna fue similar a la riqueza específica hallada en los humedales ecuatorianos de Manabí, Esmeraldas (Briones et al. 1997), El Oro (Briones et al. 2001a) y Guayas (Briones et al. 2001b, c) donde no se registraron más de ocho especies por laguna. Comparativamente, las lagunas costeras mexicanas del golfo de California mostraron una riqueza mayor de crustáceos con 43 especies registradas (Hendrickx 1992). Todas las especies encontradas durante nuestro estudio presentan una alta tolerancia a la salinidad y colonizan ecosistemas salobres y de agua dulce. Más aún, observamos una mayoría de especies de Macrobrachium, E. picta y D. maculatus en el crecimiento de kikuyo, y una alta abundancia de ninfas de Odonata y larvas de Diptera en las plantas, destacando la importancia de la variedad de microhábitats para la vegetación. La presencia del camarón M. americanum en Las Diablas no causó sorpresa debido a que esta especie fue observada en Isabela previamente en un riachuelo salobre entre caleta Tagus y el cráter Beagle, y también se la encontró en un riachuelo de agua dulce en Floreana (Hickman & Zimmerman 2000). Fue más inesperado el nuevo registro de M. tenellum. Esta especie habita el Pacífico oriental, desde la parte baja de California hasta Perú (Chirichigno-Fonseca 1970, Fischer et al. 1995), pero nunca había sido encontrada en las Islas Galápagos.
La laguna de Las Diablas (Tabla 4) se caracteriza por su baja salinidad (6-10 g l-1) y una profunda capa de lodo. De acuerdo a Fischer et al. (1995), M. tenellum coloniza aguas dulces y salobres con fondos de arena, lodo o rocas, y se ha observado especímenes en salinidades de hasta 20 g l-1, mientras que los estudios experimentales demuestran que la salinidad máxima tolerada por la especie es de 28 g l-1 (Brailovsky & Galera 1997). Inclusive, a los adultos se los observa frecuentemente en camas marinas de Ruppia o en desembocaduras de lagunas salobres (Fischer et al. 1995). De acuerdo a las preferencias de la especie, el desarrollo de M. tenellum sería posible en otras lagunas costeras de Galápagos. Se necesita realizar muestreos en otras lagunas del Archipiélago para establecer la distribución de esta especie en las islas.
La presencia de E. picta y D. maculatus registradas en Las Diablas, Isabela también es un nuevo registro de población, ya que E. picta era conocida en Galápagos sólo por un espécimen colectado en un riachuelo de agua dulce en Floreana, y D. maculatus es rara y se la registró en Santa Cruz en agua de mar somera (Grove & Lavenberg 1997). La mayoría de los Eleotridae habitan cuerpos de agua dulce y salobre en regiones tropicales; sólo pocas especies habitan ambientes marinos (Allen & Robertson 1994). Estas viven en el fondo, lo que explica por qué los capturamos sólo utilizando
trampas y no con redes. La distribución del chame D. latifrons estuvo restringida a las lagunas del sur de Isabela, pero esta especie también puede estar presente en punta Moreno, al oeste de Isabela (guía naturalista David Day: com. pers. 2001). Grove & Lavenberg (1997) mencionan la presencia de esta especie en las lagunas de Santa Cruz, pero no proporcionan detalles sobre los sitios. Se necesitan más investigaciones para establecer su distribución precisa en el Archipiélago. El chame D. latifrons es muy bien conocida en el Ecuador continental donde es un importante recurso comercial en la costa (Bonifaz et al. 1985). La especie puede haber sido introducida a las Galápagos hace unas dos décadas atrás (Fernando Rivera, ECCD: com. pers.) y haberse diseminado a las varias lagunas de Isabela. La sobreexplotación de otras especies y la competencia por hábitat en Las Diablas y Quinta Playa podrían explicar su alta abundancia, probablemente acentuada por los últimos eventos El Niño que le son favorables para su proliferación local (Grove & Lavenberg 1997). Bonifaz et al. (1985) describieron la biología reproductiva de la especie en la región costera ecuatoriana: D. latifrons migra desde regiones río arriba hacia áreas estuarinas donde se lleva a cabo la puesta; el período reproductivo dura de diciembre a marzo cuando la mayoría de los individuos muestran gónadas maduras. El incremento de la salinidad parece ser uno de los factores más importantes para la inducción al desarrollo de gónadas. En nuestro estudio, las lagunas en las que hallamos D. latifrons eran cerradas o semicerradas (infiltraciones) sin ninguna conexión marina, por lo que no existía gradientes de salinidad en estos ecosistemas. Por ende, la especie es capaz de reproducirse en ambientes cerrados con una salinidad baja estable (6–10 g l-1, Las Diablas, Tabla 4), pero también con una salinidad muy alta y variable (30–130 g l-1, Quinta Playa, Tabla 7). De acuerdo a las observaciones de Bonifaz et al. (1985), la alta salinidad registrada en Quinta Playa podría explicar la gran proporción de hembras ovígeras en comparación con los resultados obtenidos en Las Diablas. Las mismas causas (sobrepesca y competencia con el chame) pueden explicar la desaparición de Chanos chanos en la laguna Las Diablas. Sólo una vez, en abril de 2001, vimos un ejemplar de esta especie en la laguna en la red de un pescador local quien nos dijo que hasta unos pocos años atrás la especie aún era muy abundante. Efectivamente, en el pasado, la diabla C. chanos era tan prolífico que existía una pesquería organizada regular para su captura, razón por la cual la laguna lleva su nombre. El ciclo biológico de C. chanos está implícitamente relacionado con el hábitat salobre ya que después de la eclosión de las larvas en el mar, las larvas mayores migran y se establecen en los humedales costeros durante su estadio juvenil (Bagarinao 1994). Los juveniles y subadultos regresan al mar donde alcanzan su madurez sexual. En los humedales de Galápagos, la falta de datos previos no permite la comparación de la situación actual con la de años anteriores, lo que imposibilita correlacionar una caída de la densidad poblacional con factores bióticos o abióticos. Nuestra hipótesis es que durante inundaciones y eventos El Niño, el influjo del agua del mar permitió a las larvas entrar a la laguna. Sin embargo, la especie no puede reproducirse a baja salinidad. Presiones humanas y naturales podrían haber sido responsables de la declinación poblacional.
Un escenario diferente lo proporciona punta Cormorant, Floreana, donde se da una alta mortalidad crónica en la laguna. Ciertamente, numerosos guías naturalistas de Galápagos que visitan el sitio de manera periódica con sus turistas, indican que cada dos o tres años, durante la época de sequía, C. chanos grandes son hallados muertos en las orillas de la laguna. Las larvas podrían entrar a la laguna durante aguajes y luego quedar atrapadas. Las severas condiciones durante la época de sequía, especialmente en términos de niveles de salinidad y temperatura, inducirían una alta mortalidad en la población de adultos.
La lisa M. galapagensis es la única especie endémica que se registra en las lagunas, y parece adaptarse muy bien tanto a ambientes de agua dulce (Las Diablas) como de agua salada (Los Flamingos, La Barahona). Es más, Mugilidae frecuentemente forma cardúmenes en aguas salobres y dulces (Allen & Robertson 1994). De acuerdo con nuestros resultados, la especie se reproduce en Las Diablas en donde se han visto individuos juveniles. En la laguna Los Flamingos, es más probable que las larvas o juveniles lleguen a ella con los aguajes y crezcan dentro de la laguna. La ausencia de adultos en esta laguna puede ser consecuencia de una alta mortalidad durante la época seca debido a condiciones anóxicas, alta temperatura y elevados niveles de salinidad. A esto se añade una alta tasa de depredación por aves que se da durante esta temporada cuando la laguna queda tan somera. Pudimos observar a muchas garzas y pelícanos pescando en las partes más bajas, donde los peces
estaban casi en la superficie del agua. En México, se sabe que las lisas juveniles (M. curema) entran a los estuarios en grandes cardúmenes durante la estación de lluvia que dura de julio a septiembre-octubre (Yañez-Arancibia 1976). Allí permanecen por casi 12 meses, alimentándose de detrito y algas filamentosas hasta que alcanzan la madurez sexual. Los adultos dejan el sistema estuarino y entran al mar para desovar entre noviembre y enero. Y de nuevo, el siguiente otoño, el sistema de la laguna se ve invadido por individuos pequeños, producto del desove del año anterior. El tamaño máximo observado en las lagunas fue de 46.5 cm, comparado con 40.0 cm registrado por Allen & Robertson (1994).
El chiaparal G. cinereus también fue hallado tanto en salinidades altas como bajas. La reproducción probablemente se realiza en Las Diablas en donde se observaron hembras ovígeras. Individuos jóvenes de esta especie estuvieron presentes en las lagunas Los Flamingos y La Barahona. Como en el caso de M. galapagensis, la conexión de Los Flamingos con el mar durante aguajes podría permitir que los juveniles entren a la laguna. En La Barahona, los juveniles observados son el resultado de la reproducción en la laguna ya que no existen conexiones con el mar. A esta especie se observa por lo general en aguas costeras someras, canales de manglar (Robins & Ray 1986) y entra a aguas salobres, inclusive a veces a agua dulce (Randall & Vergera 1978). El tamaño máximo dado por Bussing (1995) es 41.0 cm; durante este estudio observamos individuos con un máximo de 23.5 cm. El robalo C. nigrescens habita bahías y estuarios, entra en áreas y lagunas de manglar, y también puede alcanzar ríos y riachuelos (Allen & Robertson 1994). Generalmente, los robalos exhiben una alta tolerancia a la fluctuación de la salinidad permitiéndoles colonizar un amplio rango de hábitats (Allen & Robertson 1994). L. jordani habita áreas cercanas a la orilla, incluyendo bahías festoneadas con mangles pero también ocurre en aguas más profundas de troleo (Allen & Robertson 1994). El tamaño máximo observado en las lagunas fue de 42.5 cm; aún así se sabe que la especie puede alcanzar casi 60.0 cm (Allen 1985, Allen & Robertson 1994).
El cangrejo Callinectes arcuatus está descrito como raro en Galápagos y es la única especie del género reportada para las Islas (Hickmann & Zimmerman 2000); en 1975, una hembra de C. toxotes fue reportada en Isabela (Garth 1991). Hasta la fecha, la población de C. toxotes registrada en la laguna Los Flamingos es la única que se conoce en Galápagos. Callinectes arcuatus es el decápodo más abundante en los estuarios y lagunas costeras del sur de Sinoloa, México (Hendrickx 1984). Encontramos esta especie sólo en la laguna Los Flamingos donde durante los aguajes existe una conexión temporal con el mar. Esta especie es completamente acuática y debe migrar al mar abierto para desovar (Hendrickx 1984). Por ello, la conexión con el mar puede explicar por qué su presencia está limitada a esta laguna. El intercambio de agua entre el mar y las lagunas debe ser un factor esencial para la supervivencia de especies en los humedales. Los insectos acuáticos son un importante componente de la red alimenticia en las marismas. T. reticulata fue el insecto más abundante encontrado en las lagunas. Nuestros resultados mostraron que Trichocorixa parece ser la dieta principal para la mayoría de peces.
Tindle & Tindle (1978) mencionan que este insecto es la principal presa de aves como los flamencos. Sería, por lo tanto, uno de los más importantes nexos en la red alimenticia, particularmente en aquellas lagunas no se ha observado alguna otra especie de insecto. En experimentos semicontrolados (Hart et al. 1998), la densidad de la especie se incrementó al aumentar la salinidad a 65 g l-1. Sin embargo, nuestros resultados combinados para todos los sitios y hábitats mostraron una importante correlación positiva entre densidad y salinidad en el rango del 7 a 40 g l-1. Si se incrementaba más la salinidad, se registró una reducción de T. reticulata. El orden Odonata fue visto tan solo en la laguna Las Diablas. Ya que la mayoría de larvas de Odonata no pueden tolerar condiciones salinas (Peck 1992), se esperaría que pocas vivan en las lagunas remanentes donde la salinidad es mucho mayor. Las tres familias presentes en Galápagos (Aeshnidae, Libellulidae y Coenagrionidae) (Peck 1992) son trepadoras típicas de vegetación (Lehmkuhl 1979) lo que explica su alta densidad en el monte kikuyo y en Eleocharis. Los dípteros estuvieron representados principalmente por la familia Chironomidae. Ecológicamente, este es un grupo de extrema importancia, a menudo dominando la fauna bentónica de los lagos (Lehmkuhl 1979). Otras familias de dípteros encontrados en nuestro estudio fueron: Dixidae, Culicidae, Tabanidae y Syrphidae.