5. Applications and Evaluation
5.3. Mining protein-protein interactions
5.3.3. Patterns learned from large samples
a rebelión de Granada fue sofocada en el momento justo. La flota turca volvía a sus correrías por el Mediterráneo y en un momento dado, durante los preparativos, en 1570 y 1571, para la creación de una Liga Santa, formada por España, Venecia y los Estados Pontificios, la situación pareció tan amenazadora que Felipe II ordenó la evacuación inmediata de las Islas Baleares. Esta orden excepcional, que provocó las más vivas protestas de la ciudad de Barcelona, no fue finalmente cumplida, ya porque su ejecución fuese imposible, ya porque hubiese dejado de ser necesaria. La flota de la Liga Santa fue finalmente reunida en Mesina en septiembre de 1571, bajo el mando de Don Juan de Austria, reciente aún su triunfo en Granada, y, tras hacerse a la vela rumbo al mar Egeo, derrotó a la flota otomana el 7 de octubre, en Lepanto. No sólo las Baleares, sino todo el Mediterráneo occidental se hallaban por fin a salvo del Islam.
La victoria espectacular de las fuerzas cristianas en Lepanto, en 1571, iba a compendiar para los contemporáneos las más gloriosas acciones de la cruzada contra el Islam. Fue eterno motivo de orgullo para aquellos que, como Miguel de Cervantes, se habían batido en la batalla y podían mostrar las señales de sus heridas, y de agradecida admiración para los millones de hombres que veían en ella una liberación divina de la cristiandad, del poder del opresor. El propio Don Juan apareció como la imagen resplandeciente del héroe cruzado, del hombre que había llevado a cabo grandes hazañas en nombre del Señor. Los trofeos de batalla fueron mostrados con orgullo y la victoria fue conmemorada en cuadros, medallas y tapices. Pero, en realidad, la batalla de Lepanto resultó ser un triunfo curiosamente decepcionante y el intento de proseguirlo se vio coronado por un fracaso rotundo. Aunque Don Juan se apoderó de Túnez en 1573, esta ciudad se perdió nuevamente al año siguiente y la lucha entre turcos y españoles terminó en un empate.
Las razones del extraño anticlímax de los años que siguieron a Lepanto deben buscarse en parte en la naturaleza misma de la victoria española. Heridos en sus entrañas por la rebelión de los moriscos y tranquilizados, temporalmente, por el éxito aparente del duque de Alba en la empresa de pacificar a los holandeses, los españoles habían concentrado por vez primera toda su fuerza en la lucha en el Mediterráneo. Esto los llevó a la victoria en Lepanto, pero un ataque en tal escala había lógicamente de provocar, por su naturaleza misma, una respuesta de los turcos a escala similar. Después de Lepanto, el Imperio Otomano preparó lentamente su contraofensiva y ésta exigía a su vez, por parte de España, preparativos a mayor escala. Ya hacia 1572 se hizo muy dudoso si España podía lanzarse a fondo a una guerra en el Mediterráneo, ya que el 1 de abril de ese año los Mendigos del Mar holandeses tomaron el puerto de Brielle y quedó de manifiesto que la revuelta de los Países
Bajos distaba mucho de estar sofocada.
España tenía por lo tanto buenas razones para abandonar el frente mediterráneo. Afortunadamente, los turcos tenían también problemas y esto hizo posible que se llegase a un acuerdo tácito. Lentamente, los dos grandes imperios, empeñados en una batalla durante medio siglo, retiraron sus fuerzas, los turcos para volverlas contra sus enemigos persas, los españoles hacia el Oeste, hacia el nuevo frente atlántico. La ofensiva del Islam, que había amenazado la vida española durante tanto tiempo, cedía finalmente y España quedaba con las manos libres, hacia los años setenta y ochenta, ante la amenaza cada vez más grave que representaban las potencias protestantes del Norte de Europa.
Por lo menos, el país estaba ahora preparado para este nuevo y quizá más arduo conflicto. Toda desviación religiosa en el interior de España había sido extinguida con éxito. Las fronteras se habían cerrado a la entrada indiscriminada de ideas extranjeras. Por lo tanto, ahora era posible permitir cierto relajamiento. Bajo el cardenal Quiroga, que se convirtió en Inquisidor General en 1573 y sustituyó a Carranza como arzobispo de Toledo en 1577, tanto la Iglesia como la Inquisición adoptaron, al parecer, una actitud más moderada. Quiroga ordenó la absolución de Fray Luis de León, que había sido encarcelado en 1572 por la Inquisición de Valladolid, y extendió su protección a un importante grupo de universitarios —Arias Montano, Francisco Sánchez el Brocense, Francisco de Salinas, etc...— que habían atravesado épocas difíciles en su intento de introducir los métodos de la ciencia moderna en la vida intelectual española. Fue bajo Quiroga cuando la Inquisición autorizó la aceptación en España de la revolución copernicana, una aceptación tan completa que la obra de Copérnico fue recomendada para el estudio, en 1594, en Salamanca.
Existía además una nueva confianza en la Castilla de los años setenta. Los largos años de prueba parecían haber pasado y el espíritu de cruzada de generaciones anteriores había resucitado tras el triunfo de Lepanto y la contención de los avances protestantes. Era esta una época de extraordinaria actividad en la vida espiritual castellana, una actividad que se manifestaba en muchos planos y que se extendía a muy diversas esferas. Se veía reflejada, por ejemplo, en el movimiento reformador de las órdenes religiosas. Santa Teresa, intentando volver a la austeridad de la regla primitiva, fundó en 1562, en Ávila, el primer convento de Carmelitas Descalzas. En la época de su muerte, en 1582, existían catorce prioratos y dieciséis conventos y se llegó a un total de ochenta y uno a principios de la última década del siglo. Junto a las reformas de las órdenes ya existentes, se crearon otras que establecieron nuevos conventos. En Madrid se fundaron diecisiete durante el reinado de Felipe II. Se dio también un gran impulso a las fundaciones benéficas. Se crearon muchos hospitales y casas de misericordia y, con los Hermanos de la Caridad de San Juan de Dios, apareció una nueva congregación religiosa dedicada a cuidar de los enfermos. San Juan de Dios (1485-1550) era un portugués que, tras una dramática conversión, halló su auténtica vocación al fundar en Granada, en 1537, un hospital para enfermos pobres. En 1572, sus seguidores, cuyo número aumentaba constantemente, fueron organizados por Pío V en una congregación sometida a la regla agustina. Los Hermanos tuvieron un éxito notabilísimo: hacia 1590 se decía que había unos 600 entre Italia, España y el Nuevo Mundo y poseían setenta y nueve hospitales con un total de 3.000 camas.
La intensa actividad religiosa de finales del siglo XVI y el nacimiento de una fuerte conciencia social conmovida por los sufrimientos de los enfermos y los pobres, eran en parte una respuesta al programa formulado por el Concilio de Trento. Como la amenaza protestante sobre Roma crecía en fuerza y efectividad, la necesidad de una reforma empezó a ser aceptada y considerada urgente en
todas partes. Quiroga, por ejemplo, en calidad de obispo de Cuenca, antes de su elevación a la sede toledana, ideó minuciosos planes para la promoción de la caridad y los progresos de la enseñanza en su diócesis y dio generosa asistencia a los pobres. Se sentía interesado, también, por la reforma del clero de su diócesis, y, como primado de España, convocó, en 1582, el vigésimo Concilio de Toledo, encaminado a iniciar un movimiento para la reforma del clero y del laicado y poner en vigor los decretos tridentinos. Es difícil determinar hasta qué punto tuvo éxito la reforma del clero. Existían probablemente unos 100.000 religiosos en España en el siglo XVI, y su número variaba considerablemente de una región a otra: en Galicia el clero, regular y secular, representaba un 2 por ciento de la población; en Cataluña el 6 por ciento. En algunas regiones, sobre todo en Cataluña, los párrocos eran muy pobres y el nivel de cultura y moralidad del clero muy bajo, a pesar de los anteriores intentos de reforma. Es probable asimismo, que, a medida que avanzaba el siglo y aumentaba el número de religiosos, existiesen más clérigos incapaces de sentirse interesados por cualquier movimiento de reforma. Frente a éstos hay que colocar, sin embargo, a una élite que representaba los mejores ideales del catolicismo tridentino, pero no hay medio de averiguar qué proporción de esta élite entraba en el total del clero español.
Aunque el Concilio de Trento dio un poderoso impulso a la actividad religiosa, hay que reconocer, sin embargo, que gran parte de esta actividad derivaba de movimientos espirituales que ya existían en España antes de la clausura del Concilio en 1565. Es cierto que el iluminismo y el erasmismo habían sido formalmente suprimidos, pero el fervor espiritual que en un principio los había inspirado se abrió camino, irresistiblemente, por nuevos cauces y resurgió nuevamente en el renacer espiritual de los años sesenta y setenta. En particular, las características neoplatónicas de estos movimientos y su insistencia en la piedad interior y en la comunión directa del alma con Dios, habían provocado una honda respuesta en los monasterios y conventos. En estas instituciones adquirió la forma de una oleada de misticismo que constituye una de las glorias de la Castilla de finales del siglo XVI. En primer lugar, la Inquisición reaccionó, en 1559, incluyendo gran número de obras místicas en el Índice. Pero si, como creía Melchor Cano, la tendencia a la religión interior era la mayor herejía de la época, se trataba de una tendencia tan hondamente arraigada que resultaba imposible arrancarla. Además, difícilmente podían ser considerados los frailes y las monjas aliados naturales de Erasmo, quien había dedicado su vida a atacarlos. Convencida finalmente de que un movimiento místico que podía ser fácilmente controlado en los monasterios no representaba un peligro tan grande como en principio se había creído, la Inquisición cambió su política y decidió tolerar a los místicos. El resultado fue una extraordinaria eclosión de literatura mística y ascética. El clima era favorable, por cuanto el movimiento de reforma progresaba en todas partes y la cruzada nacional contra musulmanes y protestantes estaba alcanzando su punto álgido. Además, hay que tener en cuenta el genio natural de Santa Teresa, que encendió a los otros con su ejemplo, y alabó con tanto entusiasmo las obras de espíritus hermanos, como Fray Luis de Granada, que los escritos de los místicos lograron cierta fama. Fue también un feliz azar que la literatura mística floreciese en una época en que la lengua había alcanzado una calidad fuera de serie en la expresión literaria, pues los místicos podían así transmitir un extraordinario sentimiento de relación personal al describir, en prosa o en verso, su difícil persecución de la unión del alma con Dios.
Numerosos místicos hallaron en la religión personal un refugio ante la confusión y el desorden del mundo, pero otros prefirieron afrontar directamente los problemas religiosos e intelectuales de la época. El más urgente de todos los problemas, en el mundo de la contrarreforma, era el de la relación de la religión con la cultura humanista del Renacimiento. En algunos terrenos, como el del
pensamiento político, la oposición era clarísima. La España de finales del siglo XVI produjo una serie de escritores, como Arias Montano y el jesuita Pedro de Ribadaneyra, que se dedicaron a refutar las enseñanzas del pagano Maquiavelo, reafirmando la tradición escolástica, según la cual todo poder es de origen divino y su ejercicio debe sujetarse a los dictados de una ley natural grabada en los corazones de todos los hombres. En otros campos, sin embargo, las dificultades eran mucho más sutiles, aunque la respuesta última era quizá más satisfactoria que la de los teóricos políticos. El humanismo renacentista halló su expresión filosófica en el neoplatonismo, por el que se sentían especialmente atraídos los escritores españoles de principios del siglo XVI. Este neoplatonismo era muy evidente en la moda de la novela pastoril, con su visión idealizada de un paraíso terrenal, visión difícil de reconciliar con la doctrina cristiana de la caída del hombre. Esta incompatibilidad fundamental significaba que, tarde o temprano, había de producirse una reacción a la vez contra el idealismo de la cultura renacentista y contra su énfasis en el antropocentrismo. Como había puesto de relieve la campaña contra los erasmistas, existían en Castilla muchos conservadores dispuestos a rechazar en bloque toda la tradición renacentista, pero frente a éstos formaban otros hombres, como Fray Luis de León o Alonso Gudiel, deseosos de preservar todo cuanto pudiesen de los ideales del Renacimiento y fundirlos con el revigorizado catolicismo de la era postridentina.
La fusión de los ideales del Renacimiento y de la Contrarreforma constituyó la tarea de las últimas décadas del siglo XVI. Ya había comenzado en filosofía, con el robustecido y renovado escolasticismo de la escuela de Salamanca. En la literatura, tomó la forma de un tránsito gradual del idealismo al realismo, un realismo preocupado por un mundo corrompido por la condición pecadora del hombre, cuya redención sólo podía llegar mediante la realización de buenas obras y una confianza absoluta en la gracia de Dios. Aunque el Lazarillo de Tormes, publicada en 1554, tenía ya un tono realista, correspondería a Mateo Alemán, con su Guzmán de Alfarache (1599) el convertir las memorias de un pícaro en la mordaz y realista autobiografía de un pecador convertido: un libro en el que el sentido del pecado es extraordinariamente acusado. No sólo existía, en las obras maestras de la literatura española de finales del siglo XVI y principios del XVII, una nueva conciencia de la condición pecadora inherente al hombre, sino también una nueva preocupación por la psicología humana, que quizá debía algo al movimiento místico de las décadas anteriores. Pero se necesitaba un nuevo factor para completar el paso al crudo realismo de finales del siglo XVI. Era éste la posibilidad de plantear los problemas morales y materiales del individuo ante el telón de fondo de su contexto social. Fueron las desgracias que se abatieron sobre España, en los últimos diez o quince años del siglo, las que de algún modo arrojaron una luz repentina sobre el cuadro y proporcionaron a los autores españoles esa aguda comprensión de la inexplicable complejidad de la vida, al ver, con desilusión y sin comprender, el hundimiento de una nación que parecía haber sido abandonada por su Dios.
Indudablemente, el conflicto religioso internacional de finales del siglo XVI operó como poderoso incentivo sobre la sensibilidad religiosa e intelectual española, colocando obstáculos que fueron a menudo superados con éxito. Pero también parece que el precio fue elevado, pues los sabios fueron hostigados y perseguidos y se impusieron nuevas trabas a la libre expresión de las ideas. Hay algo sofocante en la atmósfera de la España de finales del siglo XVI, como si la vida religiosa del país hubiese llegado a ser demasiado intensa y las válvulas de escape demasiado escasas. En una ciudadela tan cerrada ante el mundo exterior era quizá natural que abundasen las rencillas y las rivalidades. Fueron éstos años de duras disensiones entre las diferentes órdenes religiosas y también de rivalidades en el seno mismo de las órdenes, donde conservadores y progresistas luchaban por
controlarlas. Los jesuitas, sobre todo, fueron atacados por el clero secular y por las demás órdenes, en especial los dominicos, que sospechaban de ellos que abrigaban en su seno tendencias iluministas y heréticas. El propio Felipe II, influido por Melchor Cano y Arias Montano, desconfiaba profundamente de los jesuitas e intentó en varias ocasiones evitar que el Papa concediese nuevos privilegios a una orden que ya resultaba muy difícil de controlar por la Inquisición y la Corona. A medida que los jesuitas, sin desanimarse por la frialdad del rey, iban consolidando con éxito su posición, el cariz de la controversia religiosa era cada vez más duro y alcanzó su punto álgido con la publicación, en 1588, en Lisboa, de la Concordia Liberi Arbitrii, del jesuita español Luis de Molina, libro que inició un violento debate entre jesuitas y dominicos en torno a los problemas de la gracia y el libre albedrío.
En el seno de las órdenes también se desarrollaron encendidas polémicas. Rivalidades entre los agustinos jugaron un papel en la detención de Fray Luis de León por la Inquisición, la reforma de los Carmelitas por Santa Teresa se vio obstaculizada en los años ochenta por una rebelión nacida en el seno de la orden y dirigida por el conservador Nicolás Doria. Estas rencillas, exacerbadas por las enemistades personales, eran en realidad reflejo de la lucha, que continuaba, entre el Renacimiento y el anti-Renacimiento, entre aquellos que aceptaban ciertos elementos de la tradición humanista y aquellos que los rechazaban.
Muchas energías se consumieron en esta lucha, y si un espíritu de derrotismo se apoderó de las generaciones posteriores, esto podría muy bien achacarse a que la tensión del conflicto fue finalmente muy difícil de soportar. La España de mediados del siglo XVI no sólo había luchado contra los musulmanes y los protestantes, sino que también había intentado resolver las tensiones internas originadas por la presencia de los conversos y los moriscos; y, al mismo tiempo, había tenido que hacer frente al enorme problema de determinar sus relaciones con una Europa que la atraía y la repelía por un igual. En estas circunstancias, no era sorprendente que se tambalease. Por un momento había parecido que la solución era fácil y el enemigo fácilmente vencible. Mientras Valdés y Cano luchaban por imponer el cristianismo español al erasmista en la península, el duque de Alba luchaba por imponerlo a los rebeldes de los Países Bajos. Pero toda cruzada tiende, por su naturaleza misma, a una simplificación excesiva, y a veces, resulta peor el remedio que la enfermedad. Mientras los cruzados pudieron creer en su cruzada, la religión española ardió con gran intensidad. Pero la fe militante no podía sostenerse indefinidamente al rojo vivo y, ya hacia 1570, empezó a advertirse que, junto con la herejía, algo de un valor inapreciable se había consumido entre las llamas.